Métodos basados en distancias. UPGMA • Es el método más simple. • UPGMA significa Unweighted Pair-Group Method with Arithmetic means (agrupamiento pareado no ponderado utilizando media aritmética). • Asume la existencia de un reloj molecular evolutivo. • Ultramétrico, se obtiene un árbol enraizado.
• La hipótesis del reloj molecular supone que para una determinada macromolécula (proteína o gen) el ritmo de cambio es constante y proporcional al tiempo.
UPGMA
Métodos basados en distancias. Neighbor-joining • No asume la existencia de un reloj evolutivo. • Principio de “minimum evolution”: el mejor árbol es aquél que minimiza la longitud total de las ramas. • Heurístico. Greedy algorithm. • Muy rápido. • Aditivo, se obtiene un árbol sin raíz.
Primer paso: se calcula la matriz de distancias
Segundo paso: se calcula la divergencia de cada nodo con el resto de nodos
Tercer paso: se calcula una nueva matriz de distancias usando la fórmula:
Cuarto paso: se elige la pareja de nodos con menor Mij y se calcula su distancia a un nodo interno U
Quinto paso: se calcula la distancia del nodo U al resto de nodos externos y se construye una nueva matriz de distancias
Sexto paso: partiendo de un árbol estrellado, se construye el árbol resultante.
Séptimo paso: se repite el proceso a partir del paso 2 hasta que se termina el árbol.
Neighbour-joining
Métodos basados en distancias. Ventajas y desventajas
Métodos basados en caracteres. Se basan en características del árbol filogenético.
-Máxima parsimonia
-Máxima verosimilitud
- Métodos bayesianos
Búsqueda de árboles
Búsqueda de árboles
Búsqueda de árboles
Métodos heurísticos: stepwise addition
Métodos basados en caracteres. Máxima parsimonia.
Árbol más parsimonioso
Árbol más parsimonioso
Métodos basados en caracteres. Máxima parsimonia.
Métodos basados en caracteres. Máxima verosimilitud.
Aplicación en filogenia
Métodos basados en caracteres. Máxima verosimilitud.
Métodos basados en caracteres. Métodos bayesianos.
Métodos basados en caracteres. Métodos bayesianos.
Métodos basados en caracteres. Métodos bayesianos.
Contrastes de hipótesis de árboles
Métodos para comprobar la robustez de un árbol Bootstrap: reestimación del árbol mediante la variación en la posición y la repetición de caracteres de la secuencia.