Iatreia ISSN: 0121-0793 [email protected] Universidad de Antioquia Colombia

Genética de poblaciones y mapeo genético Iatreia, vol. 23, núm. 4, diciembre, 2010, pp. S-135-S-146 Universidad de Antioquia Medellín, Colombia

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menor proporción de los casos. Solo algunas de estas asociaciones han sido replicadas, debido a la heterogeneidad genética y fenotípica del trastorno. Objetivos: identificar regiones cromosómicas y genes en ellas de susceptibilidad al Autismo en una muestra de población Colombiana. Metodología: es un estudio de casos y controles, con controles poblacionales y familiares. Los sujetos participantes son casos que cumplen con los criterios diagnósticos del DSM-IV para Autismo o Síndrome de Asperger, de diferentes regiones de Colombia. Los controles son sujetos de población general y padres de los casos. Se genotipificaron SNPs alrededor del genoma con la plataforma Human610Quaddv de Illumina. Se realizo el análisis de asociación, utilizando regresión logística, ajustada por estructuración poblacional criptica. Resultados y conclusiones: se obtuvo una muestra de 98 casos y 285 controles con una tasa de genotipificación del 99.8% para 524.656 SNPs que cumplieron criterios de control de calidad. Para inferir estructura poblacional se utilizo el método de Escalamiento Multidimensional. Se identificó asociación alélica significativa al nivel de 1x10-6 para SNPs en las regiones cromosómicas: 1q44, 3p14-21, 6q14.1, 7q31.1, 8p22, 12p13, 18q23 y 19q13, ajustando por sexo y por la primera dimensión factorial de estructuración poblacional. Algunas de estas regiones han sido asociadas previamente al Autismo y todas portan genes candidatos funcionales para la etiología del trastorno.

16. A Sequential Test Algorithm for DNA Pooling/ Bootstrap-Based Studies Jorge I. Vélez, Mauricio Arcos-Burgos National Human Genome Research Institute, USA Correo electrónico: [email protected] Teléfono: 6091628 DNA pooling is a practical way to reduce the cost of large-scale association studies to identify susceptibility loci. In contrast to individual genotyping, in DNA pooling we can combine samples from N cases and M controls into two single pooled sample tests and estimate the

allele frequency of hundred of thousand SNPs using high-throughput genotyping technologies. Selection of disease-associated SNPs is performed based on their P-value after a statistical test has been run. For the subset of those SNPs determined to be significant, all individuals are then genotyped to corroborate results from the pooled samples. The strategy described above has been successfully used for years. However, there are situations in which either it is not possible to recruit the number of patients (cases) needed based on power estimations or replication of DNA pools is important. In both situations, the limitation is the availability of DNA samples. When using sequential testing, formally presented in 1945 as sequential probability ratio test (SPRT), units of interest are sequentially included as they are generated, and a statistical test is run at every stage. In the context of DNA pooling, units would be represented by the pooled samples coming from each group of cases and controls while using a bootstrapping re-sampling strategy. We have developed a SPRT algorithm for identifying diseaseassociated SNPs when comparing cases and controls via DNA pooling that is at least as powerful as the strategy previously described, but that needs less DNA samples than the strategy described above. Along with our algorithm, we also provide a way to estimate the number of stages needed, i.e., the number of SNP-chip pairs to stop the algorithm achieving a desired significance and power levels. We illustrate how our approach works using GWAS on Oppositional Conduct Disorder (OCD) and Attention Deficit Hyperactivity Disorder (ADHD).

Genética de poblaciones y mapeo genético 1. Variación genética presente en el ADNmt de nativos americanos de la Amazonía colombiana Leonardo Arias, Yamid Braga, Guillermo Barreto Universidad del Valle Correspondencia: [email protected] Teléfono: 3212152 El Suroriente colombiano es una de las regiones geográficas más ricas en el mundo a nivel biológico y cul-

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tural, esta región caracterizada por tierras bajas y surcadas por grandes ríos alberga cerca del 40 % de la diversidad lingüística nacional; sin embargo ésta riqueza es aún desconocida, ó, pobremente entendida. Como una forma de contribuir al conocimiento de la diversidad cultural y las relaciones biológicas existentes entre grupos de nativos americanos de la Amazonía colombiana, se secuenció un fragmento de 546 nucleótidos de la región control (16024-16569) del ADN mitocondrial (ADNmt) de 57 individuos pertenecientes a grupos Tucano Oriental, colectadas en los departamentos de Vaupés y Guaviare, y 20 individuos Guahibo, que habitan el Guaviare. El proceso de secuenciación se realizó en las dos cadenas del ADNmt (Pesada y Ligera), en un Analizador Genético AB 3130 (Applied Biosystems). La variación nucleotídica se determinó respecto a la secuencia de referencia Cambridge revisada (rCRS); En Tucanos del Vaupés se encontraron 38 sitios polimórficos (35 transiciones y 3 transversiones), caracterizando 24 haplotipos, En Tucanos del Guaviare fueron 34 sitios polimórficos y 18 haplotipos y en Guahibos 16 sitios polimórficos y 6 haplotipos. Tucanos del Vaupés y Tucanos del Guaviare comparten 7 haplotipos, sin embargo los Guahibos no comparten ninguno con estas, indicando poco flujo génico entre estos grupos, probablemente a causa de procesos de aislamiento geográfico y cultural. La diversidad nucleotídica fue relativamente alta cuando se compara con otras poblaciones de Nativos americanos, para la muestra de Tucanos Vaupés (0.013547 +/- 0.007236) y Tucanos Guaviare (0.014015 +/- 0.007600). La ausencia de haplotipos compartidos entre Tucanos y Guahibos y las diferencias en la distribución de la variación genética parecen probar una correlación entre diferenciación lingüística y biológica entre estos dos pueblos amazónicos.

2. Aproximación a la estructura e historia poblacional de Peque usando datos de apellidos (isonimia) William Arias, Winston Rojas, Sara Ruiz, Gabriel Bedoya Correspondencia: [email protected] Teléfono: 2196467 Universidad de Antioquia Introducción: en poblaciones Iberoamericanas la transmisión de apellidos es similar a la transmisión

genética del cromosoma Y, por lo tanto su análisis puede ser útil para inferir la estructura poblacional en términos de tasas de migración y niveles de endogamia (isomia). En este estudio se usaron datos de apellidos de dos períodos históricos de la población de Peque y otros municipios de la subregión Noroccidental de Antioquia. Objetivo: evaluar la estructura poblacional de Peque y su relación con otros municipios del noroeste de Antioquia por medio de análisis de isonimia. Materiales y métodos. a partir de los datos de apellidos del censo poblacional de 1858 y de la base de datos del Sistema de Identificación de Beneficiarios de los Programas Sociales, Sisbén 2006, se calcularon los parámetros poblacionales: coeficiente de parentesco (φii), estimadores B y C (porcentaje poblacional de los siete y 15 apellidos más frecuentes), diversidad de apellidos (D), porcentaje de apellidos únicos (A), tasa de migración reciente (ѵ) y riqueza de apellidos (α de Fisher). Además se estimó la distancia de la cuerda de acuerdo a Cavalli-Sforza entre siete poblaciones de Antioqua. Resultados: En 1858 (n=441) se estimó una diversidad de apellidos (# apellidos/n) de 0,077 mientras que en 2006 (n=7836) fue 0,027. Los estimativos B y C fueron mayores en 1858 (66,3% y 86,0%) y menores en 2006 (40,8% y 61,5%); el estimador A fue mayor en 1858 (1,8%) y menor en 2006 (0,8). El coeficiente de endogamia (Φii) fue menor en 2006 (0,009) y mayor en 1858 (0,02). La menor distancia se encontró entre el municipio de Peque con el municipio de Dabeiba (0,001911) y la mayor entre Peque y Giraldo (0,006224). Conclusiones: la mayor frecuencia de siete apellidos en ambos períodos sugiere un crecimiento interno de la población a partir de estos apellidos fundadores. Peque tiene características de las poblaciones con alto grado de aislamiento, por lo tanto constituye una población modelo para el estudio de enfermedades con etiología genética; en esta población se ha reportado una frecuencia aumentada de enfermedad de Parkinson lo cual puede ser explicado en parte por la estructura genética de la población. Este método es útil y de bajo costo para el estudio de poblaciones humanas ya que permite una aproximación inicial a la estructura genética, antes de em-

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prender investigaciones mas finas con marcadores genéticos.

3. Determinacion de la frcuencia de haplotipos ligados a la hemoglobina s en individuos afectados con anemia y rasgo falciforme en Cartagena, Bolivar Guillermo Barreto, Cristian Fong, Ma. Alejandra Lizarralde Universidad del Valle -Grupo de Genética Molecular HumanaCorreo electrónico: [email protected] Teléfono: 3127390516 Introducción: la Anemia Falciforme, es una enfermedad recesiva que afecta en su mayoría a las negritudes, causando una alta mortalidad en los menores de 3 años. Esta enfermedad de origen Africano, se caracteriza por tener 5 haplotipos diferentes ligados a la mutación: Bantu, Benin, Senegal, Camerún y ArabeIndio que han sido utilizados para estudios de origen geográfico de poblaciones negras en América. En Colombia, la frecuencia de estos haplotipos sólo se ha establecido para la región Pacífica, resultando en un predominio de haplotipo Bantú y Benín. Usando los sitios de restricción 5’ epsilon, 5’ gama G y 5’ Beta globina ubicados dentro del cluster de Beta globina se estableció la frecuencia de los haplotipos ligados a la hemoglobina S en un grupo de individuos con anemia y rasgo falciforme de Cartagena (Bolívar). Resultados y conclusiones: se han obtenido resultados que podrían indicar orígenes diferentes de afrodescendientes de la costa atlántica y de la pacífica. En la muestra de afectados de Cartagena se ha encontrado un predominio del haplotipo Senegal, lo que significaría un origen geográfico distinto de estos individuos (región atlántica de África) con respecto a los de la costa pacífica (sur y centro de África). Del mismo modo esto podría señalar que entre estos dos grupos de afectados existen características genéticas diferentes que podrían influir en la simtomatología de la enfermedad y en su tratamiento.

4. Detección de portadoras de hemofilia “A” en familias con riesgo mediante análisis de ligamiento en tres poblaciones de Colombia Barreto Guillermo, Franco Fabián Andrés, Cortés Carolina, Ocampo Sandra Patricia Laboratorio de Genética Molecular Humana, Sección Genética, Departamento de Biología, Universidad del Valle Correspondencia: [email protected] Teléfono: 0923212152 El análisis de ligamiento ha sido ampliamente usado para la detección de portadoras y el consejo genético de familias afectadas con Hemofilia A. Sin embargo, existe poco conocimiento sobre las frecuencias de heterocigotos (heterocigosidad) para los marcadores moleculares del gen del factor VIII (F8) en poblaciones Colombianas, información útil para optimizar el empleo de esta metodología en dichas poblaciones. Por consiguiente, el objetivo de este estudio fue el establecer las frecuencias de cuatro marcadores polimórficos intragénicos en F8 para tres poblaciones Colombianas, Antioquia, Valle del Cauca y Nariño, para así determinar cuales de estos marcadores son los más informativos para la detección de portadoras y el diagnóstico prenatal para la Hemofilia A. Con este objetivo se estudiaron 15 hemofílicos A y sus familias, frente a 18 mujeres control no relacionadas en cada población, en donde se evaluaron la heterocigosidad, desequilibrio de ligamiento e informatividad de los marcadores STRs (Repeticiones cortas en tándem) Ivs22 e Ivs13 y el RFLPs (Polimorfismos de longitud de fragmentos de restricción) BclI y HindIII. El marcador más efectivo para Antioquia fue Ivs13, dado que presentó la heterocigosidad observada más alta (0.93), además este puede ser empleado junto con BclI e Ivs22 para alcanzar una informatividad de 83%, aunque hay cierta redundancia en la información que aporta Ivs22, puesto que está ligado con los otros dos loci. En el Valle del Cauca la mayor heterocigosidad observada fue de Ivs22 (0.78), el cual combinado con Ivs13, presentan una informatividad de 63%. Para Nariño fue Ivs22 (0.78), que presenta 96% de información en combinación con BclI e HindIII.

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5. Genotipo ApoE, diabetes y otras comorbilidades en pacientes con enfermedad de Alzheimer. Medellín, Colombia Luz Elena Botero, Juan Camilo Suárez, Andrés E. Toro, Alber J. Patiño, Guillermo Salazar, Juan Camilo Rodríguez, Gustavo Alarcón GA, Sun Yong Jeong, Cristina Osorio y Oscar Alzate. Universidad Pontificia Bolivariana - Medellín, Instituto Neurológico de Antioquia - Medellín, University of North Carolina - North Carolina - USA Correo electrónico: [email protected] Teléfono: 3007803983 La Enfermedad de Alzheimer (EA) es el tipo de demencia más común, que afecta entre 60 y 80% de la población adulta. Los signos típicos son pérdida de la memoria episódica y bloqueos anímicos, seguida por alteración del lenguaje, la orientación espaciovisual, el pensamiento abstracto y el juicio. El diagnóstico definitivo se logra postmorten con el hallazgo histopatológico de ovillos neurofibrilares, placas amiloides y pérdida generalizada de neuronas corticales. La forma esporádica de inicio tardío de EA es la más común. La etiología aún no se ha esclarecido, pero se ha reportado apolipoproteína E (ApoE) como un componente de las placas amiloides. Existen tres alelos del gen APOE (APOE ε2, ε3 y ε4). El alelo APOE4 está asociado con el incremento del riesgo de EA y el inicio a más temprana edad, comparado con el alelo APOE3. Se estudiaron 43 pacientes con EA esporádica de inicio tardío y 43 individuos sanos pareados por edad y género, residentes en el Valle de Aburrá y se determinó: genotipo de ApoE, presencia de enfermedad diabética y otras comorbilidades. Los pacientes con EA presentaron diferencias estadísticamente significativas frente a los individuos sanos en diabetes tipo II; presencia de reflejos frontales primarios; alteraciones en la marcha, postura y equilibrio. No se encontraron diferencias significativas en pruebas metabólicas, índice de masa corporal, cifras de presión arterial y perímetro abdominal. El promedio de glicemia en ayunas en pacientes EA fue de 90,8 mg/dL (DS: 31) y en los sanos 80,7 mg/dL (DS: 12,5).

Otras comorbilidades más frecuentes en los pacientes con EA fueron hipertensión arterial, tabaquismo, hipotiroidismo, enfermedad bronco-pulmonar obstructiva crónica, falla cardíaca, infarto agudo de miocardio, trauma encéfalo craneano, epilepsia y cáncer. El genotipo de ApoE predominante en los pacientes EA fue APOE3/3. No se encontraron individuos con APOE4/4. El alelo APOE4 se ha relacionado con EA. En esta investigación no se encontró asociación entre EA y APOE4, como tampoco se pudo demostrar su efecto dosis. Sin embargo, la diabetes fue mayor en los pacientes que en el grupo de individuos sanos. Es necesario extender la investigación a un mayor número de pacientes y a la búsqueda de biomarcadores que permitan encontrar una relación de AD con el genotipo de ApoE y otras comorbilidades.

6. Diversidad genética de la región control del ADN mitocondrial humano en poblaciones colombianas Campo Nieto Omer, Rojas Montoya Winston, Bravi Claudio, Duque Vélez Constanza Elena, Ibarra Rodríguez Adriana Alexandra, Bedoya Berrio Gabriel, Ruiz Linares Andrés Universidad de Antioquia Correo electrónico: [email protected] Teléfono: 2196467 En las poblaciones humanas de Colombia existe una limitada diversidad de linajes maternos, representada por los haplogrupos amerindios A, B, C y D; un aporte materno africano restringido a algunas áreas y una muy baja contribución materna europea. Sin embargo, existe poca información de la diversidad nucleotídica natural de secuencias de ADN mitocondrial de poblaciones colombianas. Por esto, este estudio pretende contribuir al establecimiento de una base de datos de secuencias de alta calidad de la Región Control completa del ADN mitocondrial usando una muestra de 50 individuos de varias poblaciones humanas mestizas y nativas de Colombia (Bolívar, Magdalena, Antioquia, Norte de Santander, Santander, Cundinamarca, Meta, Cauca, Chocó, Valle y Nariño; una población afrodescendiente de Chocó), la cual podrá ser usada en estudios antropológicos, forenses

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y de genética médica. La región control completa se ha ensamblado usando la secuencia de referencia (Andrews y col. 1999). Después de definir las mutaciones que identifican los principales haplogrupos mitocondriales, el análisis de las secuencias incluyó establecer la frecuencia de haplotipos privados y compartidos entre poblaciones, además la diversidad nucleotídica, diversidad haplotípica y distancias genéticas por pares de poblaciones. Un análisis de auto correlación espacial permitirá evaluar la estructura genética del ADN mitocondrial en las poblaciones de Colombia. Hasta el momento se tiene información de secuencias D-loop completa del haplogrupo A para las poblaciones de Boyacá/ Casanare/Cundinamarca, Chocó, Valle/Cauca, Huila, Meta, Nariño y Quindío. La diversidad de haplotipos mtDNA de Colombia, estimada como el número promedio de diferencias pareadas entre secuencias, es similar a la distribución reportada previamente (Fagundes y col 2008). La distribución de diferencias pareadas del haplogrupo A fue en general unimodal, excepto en Nariño, donde fue bimodal, lo cual sugiere que allí circulan haplotipos A muy diferenciados. La diversidad haplotípica, expresada como la probabilidad de encontrar dos haplotipos diferentes en la muestra, estuvo entre 0,9 en Chocó y 1,0 en Nariño. La diversidad nucleótidica, la cual expresa la probabilidad de encontrar sitios nucleótidicos diferentes entre secuencias de la misma población, es mayor en Nariño (0,016) y menor en Quindío y Chocó (0,00434 y 0,00473, respectivamente).

7. Relación de los haplogrupos del ANDmit y el polimorfismo fok-I del receptor de vitamina d, en un grupo de pacientes con esclerosis múltiple Wilmer A. Cárdenas, Helena Groot, Maria C. Lattig, Maria M. Torres, Claudia S. Perea, Claudia M. Guio, Jaime Toro Universidad de los Andes Correspondencia: [email protected] Teléfono: 3153378332 La Esclerosis Múltiple (EM) es considerada de baja prevalencia en Colombia (1.48 a 4.98), es una enferme-

dad desmielinizante del SNC. Se ha sugerido que está influenciada por un componente étnico, relacionado con el origen caucásico de las poblaciones en donde la enfermedad tiene una mayor prevalencia; o recientemente polimorfismos en el receptor de vitamina D como el Fok-I posiblemente asociado con la alteración funcional de este receptor; factores ambientales, como la correlación positiva de la prevalencia de la enfermedad con la latitud, hecho que parece estar asociado con la alteración del metabolismo de vitamina D. Esto sugiere que la interacción entre estos factores puede incrementar la susceptibilidad a desarrollar la enfermedad. Por tal motivo se ha venido evaluando cuales factores de riesgo están involucrados en el desarrollo de la enfermedad en pacientes con EM residentes de la ciudad de Bogotá. En 58 pacientes y 116 controles, se amplifico por PCR y posteriormente se secuencio la región HVS-I del ADNmit, para determinar el haplogrupo característico de cada uno, el polimorfismo Fok-I (rs10735810) del receptor de vitamina D se gentipifico mediante la amplificación por PCR de la región donde se encuentra el polimorfismo y posterior análisis RFLP´s con la enzima de restricción Fok I. Nosotros encontramos que la mayoría de los pacientes son de origen amerindio (A=32%, B=26%, C=14% y D=7%), solo un pequeño grupo pertenecía a haplogrupos de un origen diferente (L-5%, T-1% y J-4%). No se encontraron diferencias entre las frecuencias de los haplogrupos entre los pacientes y los controles sin embargo al corregir la muestra por el sexo de los pacientes, encontramos que las mujeres con el haplogrupo B parecen ser más susceptibles a desarrollar la enfermedad p=0.043 y las que presentan el haplogrupo C, por el contrario podrían desarrollar un carácter protector contra la enfermedad p=0.026. Aunque el polimorfismo Fok-I (rs10735810) del receptor de vitamina D parece no estar directa! mente re lacionado con la EM, si parece estar jugando un papel importante afectando el metabolismo de vitamina D y esto podría aclarar la interconexión compleja entre factores ambientales y genéticos en Esclerosis Múltiple, que se observa en el patrón de distribución de la enfermedad. Nosotros pensamos que esta interacción genética ambiente debe ser estudiada más a fondo y que se deben hacer más estudios sobre la subestructura poblacional, para esclarecer mejor el comportamiento de la enfermedad en nuestra población.

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8. Análisis de asociación del transportador del gen de serotonina (HTTLPR) con la conducta suicida en pacientes con trastorno depresivo mayor (TDM) Mauricio Cuartas Arias, Carlos Palacio Acosta, Jenny Garcia Valencia, Gabriel Montoya Montoya, Omer Campo Nieto, Winston Rojas Montoya, Carlos Lopez Jaramillo, Gabriel Bedoya Berrío Correo electrónico: [email protected] Teléfono: 2196467 Universidad de Antioquia El suicidio es el acto intencional de terminar con la vida. La mortalidad por suicidio en Antioquia, según el sistema de Vigilancia Epidemiológica SIVILA para el 2008 ha documentado una tasa de 5,7/100.000 habitantes - año. Por tal razón, este estudio tuvo como propósito evaluar una de las variantes moleculares mas estudiadas en el mundo para esta entidad la cual es el transportador de serotonina (5-HTT). El gen SLC6A4 presenta dos variantes dentro de la región polimórfica ligada al transportador (HTTLPR) y que genera una inserción/delección de 44 bp, dando lugar a dos isoformas una larga y una corta. Para los cálculos del HWE (Equilibrio de Hardy Weinberg) y los análisis estadísticos del polimorfismo, sus frecuencias alélicas y genotípicas se hizo inicialmente de manera manual y se confirmaron usando el programa SNPStats. http://bioinfo.iconcologia.net/ SNPstats. Adicionalmente, para el análisis de asociación evaluando los modelos de herencia más probable se usó el algortimo propuesto por Sole [1]. Los resultados fueron: Gen: HTTLPR: Ind/Del (estuvo en equilibrio de HW). HTTLPR: Ind/Del Porcentaje de muestras tipificadas: 334/356 (93.82%). L: 0.54% y S: 046% (casos); S:); L: 0.5% y S: 0.5% (controles). L/L:0.3% , L/S:0.49% y S/S 0.21% (casos): L/L:0.23, L/S:0.54 y S/S:0.23% (controles) Prueba de Asociación por Modelos de Herencia Codominante: OR: 1.36 (0.73-2.53); Valor P: 0.42. Dominante: OR: 1.39 (0.85-2.27); Valor P: 0.19. Recesivo: OR: 1.08 (0.64-1.83); Valor P: 0.76 . Sobredominante: OR: 1.22 (0.79-1.88); Valor P: 0.36 . Log-aditivo: OR: 1.18 (0.86-1.61); Valor P: 0.31 . Nuestro estudio no mostró asociación de ninguna de las variantes corta o larga del HTTLPR a datos con la conducta suicida asociada a TDM. Sin embargo, por las limitaciones que podría presentar la muestra, es necesario aumentarla en función de consolidar nuestros hallazgos. Al momento diferentes genes han sido reportados para esta enfermedad con asociación positiva,

razón por la cual, los datos obtenidos en este proyecto no excluyen de manera contundente al sistema serotoninérgico y este resultado solo sugiere que las variantes polimórficas observadas en el transportador de serotonina no está asociados a la conducta suicida con depresión mayor en nuestra muestra.

9. Efecto de la mezcla genética en diabetes mellitus tipo 2 Constanza Duque, Alberto Villegas, María Victoria Parra, Liliana Franco, Natalia Gallego, Andrés Ruiz Linares, Gabriel Bedoya. Universidad de Antioquia Correspondencia: [email protected] Teléfono: 2196469 El rápido incremento en la prevalencia de Diabetes Mellitus tipo 2 (DM2) representa un reto en la prevención, tratamiento y manejo de la enfermedad. La DM2 es un desorden metabólico heterogéneo, producto de la interacción de factores ambientales y genéticos, caracterizada por hiperglucemia crónica como resultado de una combinación de resistencia a la insulina y falla en la secreción de la insulina. Las poblaciones latinas ofrecen una oportunidad para implementar estudios basados en DL tendientes a identificar variantes de susceptibilidad a enfermedades, con prevalencias diferentes entre las distintas poblaciones continentales. Entre estas la población antioqueña ha sido bien caracterizada genéticamente, tanto con marcadores autosómicos como uniparentales. Con los cuales se ha podido establecer que la mezcla genética tuvo una importante contribución de hombres europeos y mujeres indígenas principalmente. Puesto que la DM2 es al menos dos veces más prevalente en poblaciones con ascendencia amerindia, que en poblaciones con ascendencia europea. Es probable que el componente de mezcla ancestral amerindia, tenga un efecto importante y pueda ofrecer una explicación genética en la prevalencia de diabetes en la población antioqueña. En este estudio de casos y controles para DM2, se estimaron los tres componentes de mezcla genética en una muestra de población antioqueña, utilizando un panel de 75 marcadores autosómicos informativos de ancestralidad y diferentes programas que implementan métodos clásicos y bayesianos. Además, se estimó la contribución materna en la mezcla, calculando la

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frecuencia de los principales haplogrupos mitocondriales amerindios, europeos y africanos. Se evaluó la asociación de diabetes con los componentes de mezcla ancestral, se estimó y controló el efecto de la estratificación poblacional para validar los resultados obtenidos, controlando diferentes variables de confusión. Por medio de regresiones logísticas implementadas en el programa ADMIXMAP v 3.8 (método bayesiano) y el programa estadístico R v 2.6.1 (método clásico) se encontró una relación positiva entre el componente amerindio y DM2. Además, en un análisis estratificado por estrato socio-económico, se encontró el componente europeo como factor protector y el amerindio como factor de riesgo para DM2 en estratos socio-económicos bajos. Se comprobó la robustez y utilidad de diferentes programas utilizados para modelar la mezcla poblacional y el poder informativo del panel de marcadores utilizados, así como la utilidad de las poblaciones mezcladas en el mapeo de genes de susceptibilidad a enfermedades con diferente prevalencia en los distintos grupos étnicos y la importancia de incluir factores sociales que puedan tener efecto en DM2. Se detectó una contribución materna amerindia importante, en la composición genética de la población antioqueña y poca contribución europea y africana, congruente con la historia demográfica de la población antioqueña.

10. Análisis genético poblacional de los polimorfismos 448G>T (R65L), 679C>T (A142V) Y 1711C>T (A486V) del gen de la quinasa 4 del receptor dopaminérgico acoplado a proteína G en una muestra poblacional de Bucaramanga Francisco Javier León, Clara Inés Vargas Castellanos, Fernando Rondón, Adriana Castillo Pico Universidad Industrial de Santander, Grupo de Genètica Humana Correspondencia: [email protected] Teléfono: 6356641 Se realizó la toma de 1101 muestras de sangre total de individuos de estratos 2 y 3 de Bucaramanga, se extrajo su ADN por el método de fenol-cloroformo, y se amplificaron 3 secuencias ubicadas en el gen GRK4: 448G-T, 679C-T y 1711C-T. Para 10 ul de la reacción de amplifica-

ción se emplearon: 30 ng ADN genómico, 0,5µM de cada primer, 0,2 mM de cada dNTP, 1U de Taq polimerasa, 3,5 mM de MgCl2 y buffer 1X. El protocolo de amplificación empleado fue: denaturación inicial a 94°C por 5 minutos, 38 ciclos de denaturación a 94°C por 15 segundos, hibridación a 60°C por 15 segundos, extensión a 72°C por 30 segundos y extension final a 72°C por 7 minutos. Los productos amplificados se incubaron con una unidad de enzima de restricción a 37°C por 10 horas y los fragmentos resultantes se visualizaron en una electroforesis en gel de agarosa al 3% con bromuro de etidio para establecer los alelos de cada muestra para los tres polimorfismos, estableciéndose el genotipo para cada polimorfismo. Las enzimas utilizadas y los fragmentos de restricción generados se observan en la siguiente tabla: SNPs Tamaño del Amplificado (pb) Enzima Restricción Genotipo Tamaño del Producto de Restricción (pb) 448G>T 485 AatII TT 485 GG 410 / 75 TG 485 - 410 / 75 679C>T 201 HaeIII TT 201 CC 176 / 25 TC 201 - 176 / 25 1711C>T 185 Hha I TT 185 CC 161/ 24 TC 185 - 161 / 24 Los datos obtenidos de los genotipos fueron analizados con el software Arlequín V 3.5.1.2, las frecuencias alélicas obtenidas fueron: 448G>T (G 0,4822 y T 0,518); 679C>T (C 0,7025 y T 0,2975) y 1711C>T (C 0,6998 y T 0,3002). Los tres polimorfismos se encontraron en equilibrio H-W indicando que la población estudiada es homogénea con respecto a la frecuencia y distribución de los distintos alelos para estos tres polimorfismos y no es una mezcla de subpoblaciones, lo que permitió iniciar un estudio de asociación de estos tres polimorfismos con el desarrollo de hipertensión arterial esencial, en una cohorte de casos y controles en una población de Bucaramanga.

11. Eca i/d y agt t704c asociados a la aparición de la nefropatía diabética y progresión a falla renal crónica Juliana Maria Martínez-Garro, Juan José Vanegas-Ruiz, Gabriel Bedoya B, Juan David Arango, José Martínez, Mauricio Uribe, Arbey Aristizabal, Enrique Klark, Federico Uribe, Vital Baltazar, Andrés Ruiz Universidad de Antioquia Correspondencia: [email protected] Teléfono: 3122971813 La diabetes mellitus tipo 2 (DMT2) es la enfermedad metabólica más frecuente y es la principal causa de

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retinopatía, nefropatía y enfermedad vascular (Salido, et al 2001). De estas complicaciones la nefropatía diabética (ND) es la patología más común de las enfermedades renales crónicas (Ritz, 1999; Kennon et al, 1999). Actualmente se sabe que del 30-40% de los pacientes con DMT2 en el mundo desarrollan ND (Tanaka et al, 2005; Hansen et al, 2005). En el análisis genético de este rasgo se ha encontrado, que varios de los genes que codifican para el sistema renina angiotensina (RAS) presentan variantes polimórficas implicadas en el desarrollo de la ND (Dufour et al, 2000). De ellos los dos polimorfismos más estudiados son el gen AGT la transición T704C, en donde los individuos con el genotipo C/C presentan un incremento en la expresión de AGT (Pardo et al, 2003; Perico et al, 1997); y en el gen ACE, el polimorfismo más estudiado es una delección de una secuencia Alu de 278pb en el intrón 16 (D/I): El alelo D incrementa la expresión de la proteína. En base a esto, y bajo un modelo de casos y controles, se evalúan estos polimorfismos en 275 individuos diagnosticados con DMT2, de los cuales 191 a su vez diagnosticados con ND, mientras que a los 84 restantes se les determinó una buena función renal. La población de individuos con falla renal fue estratificada en pacientes con falla renal crónica (n= 95) y aquellos con nefropatía incipiente (n= 96). Para definir el grupo de controles, se tomaron pacientes que tenían DMT2 de más de 10 años con la enfermedad y que preferiblemente no tomaran inhibidores de RAS. A cada paciente se le solicito consentimiento informado, se lleno una encuesta y se tomaron 10mL de sangre periférica a partir de la cual se obtuvo el ADN; los polimorfismos se genotipificaron por PCR-RFLPs para AGT y PCR-Alu para ECA. Los análisis se hicieron por conteo usando los programas GENEPOP 3,1 y ARLEQUIN 3.11 y el OR se calculó usando el programa EPIINFO! . En este estudio se encontró que la aparición de la ND está asociada al marcador ECA I/D (OR 2.48 ; 1.21 – 5.00) como se ha reportado en otros estudios. Sin embargo, de manera novedosa, se reporta que el marcador AGT T704C (OR 2.5 ; 1.27 - 4.75), se asocia más a la progresión a un estado de falla renal crónica, que a la aparición de la enfermedad.

12. Frecuencias alélicas y haplotípicas del sistema HLA clase I (loci A*, B*) en una población de indígenas Motilón-Barí, Norte de Santander, Colombia Loren Nieto, Leandra Torres, Humberto Ossa, Mercedes Peñaloza Universidad de Pamplona Correspondencia: [email protected] Teléfono: 3102653473 Una de las características más sobresalientes del sistema HLA (Antígeno Leucocitario Humano) es su gran polimorfismo, propiedad que le confiere un papel destacado en todos los estudios sobre la variabilidad biológica humana. El objetivo de este estudio fue determinar las frecuencias alélicas y haplotípicas del sistema HLA clase I de una población indígena, por medio de la técnica PCR-SSP (Single Specific Primer-Polymerase Chain Reaction). Dice familias (72 individuos) de la población Motilón-Barí de las comunidades: Ishtoda, Brubucanina, Ocbabuda, Suerera, Asabaringcayra y Shubacbarina de la región del Catatumbo Norte de Santander fueron seleccionados para la investigación. El análisis estadístico se realizó mediante los programas Genepop versión 1.2, Arlequín versión 3.1 y Genedist. Los resultados mostraron que la población Barí, presenta 4 alelos para el locus HLA-A*: A*02(47.14%), A*24(47.14%), A*68(4.29%), A*03(1.43%) y 6 alelos para el locus HLA-B*: B*08(32.86%), B*65(40%), B*35(14.28%), B*38(7.14%), B*61(2.86%) y B*51(2.86%); el análisis de equilibrio de Hardy-Weinberg muestra que los loci no están en equilibrio (pG en el 0,37% en la población de estudio. Se puede concluir que identificando las mutaciones S199F y 35delG en el gen GJB2, las deleciones del(GJB-D13S1830) y del(GJBD13S1854) en el gen GJB6, la mutación Q829X en el gen OTOF y la mutación 1555A>G en 12SrRNA mtDNA, se estaría diagnósticando el 16,5% de las causas de sorderas no sindrómicas en población de estudio, que corresponde al 86% de la población genotipificada con mutaciones bialélicas asociadas con SNSAR en la población Colombiana.

14. Distribución de polimorfismos del gen apolipoproteína e en una región del sur occidente colombiano Perdomo1. V., Sierra2. O., Varón2. D., Barreto1. G Correspondencia: [email protected] [email protected] La enfermedad de Alzheimer (EA) es el tipo de demencia más frecuente (35.000 nuevos casos al año). Pocos estudios se han llevado a cabo en población hispanoamericana y un poco menos en población colombiana. Caracterizada por un progreso neurodegenerativo, fuerte componente genético y significativa contribución en edad, sexo y estilo de vida, el rol de la Apolipoproteína E (APOE), ha sido crítico para la comprensión genética y molecular de dicha patología.

Grupo de Investigación en Genética Molecular Humana, Departamento de Biología, Universidad del Valle, Cali-Colombia. 2 Grupo de Investigación Clínica en Psicología, Neuropsicología y Neuropsiquiatría, Universidad del Valle, Cali-Colombia 1

Pontificia Universidad Javeriana, Bogotá. 2 Fundación Oftalmológica Colombiana, Bogotá 3 Unidad de Genética Molecular, Hospital Ramón y Cajal. Madrid España. 1

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Tres isoformas comunes del gen, son codificadas por los alelos E2, E3, E4. Estos alelos difieren en actividad biológica, siendo asociación el alelo E4 a riesgo de enfermedad de Alzheimer. La asociación entre el alelo e4 del gen APOE y la enfermedad (EA) difiere según el componente genético, siendo necesario estudios con base poblacional para poder precisar la existencia o no de un efecto de dosis de APOE E4 en población Colombiana. Debido a que la edad de expresión a la cual se considera el deterior cognoscitivo es de ˂65 años, se tomaron al azar 89 individuos no relacionados, con edades comprendidas entre 30 y 50 años de edad, con el objeto de determinar el grado de susceptibilidad y la distribución polimórfica de estos alelos. Los individuos difieren de regiones del valle del cauca del Sur Occidente de Colombia. La distribución de estos polimorfismos fue representada con una frecuencia de 0.87 para la variante E3, 0.14 para E4 y 0.03 para la variante E2. Dichas distribuciones confirman los rangos de distribución alélica, donde el efecto de dosis del alelo E4 podría ser estimativo de riesgo en la población para desarrollo de la enfermedad, y la baja penetrancia del alelo E2 en la población un indicativo de pérdida de este, como consecuencia del componente génico.

15. Polimorfismos en el transportador de serotonina (5HTT) y susceptibilidad a desarrollar sintomatología depresiva y ansiosa en estudiantes universitarios de Bogotá, Colombia Claudia S. Perea, Aida Castañeda, Sebastian Ruiz, Katherine Peña, Andrea Otalora, Helena Groot H, Yvonne Gomez, María Claudia Lattig Universidad de los Andes Correspondencia: [email protected] Teléfono: 3214111983 Las variantes funcionales 5HTTLPR y STin2, localizadas en el transportador de serotonina (SERT, SLC6A4, 5HTT) han sido asociadas a híper-reactividad al estrés y por lo tanto con vulnerabilidad a desarrollar sintomatología depresiva y ansiosa más elevada de lo normal en población de adultos jóvenes. En

este estudio examinamos la influencia de los alelos 5HTTLPR short/long (s/l) y STin2 (12/10/9) con susceptibilidad a sintomatología ansiosa y depresiva en estudiantes de pregrado de la Universidad de los Andes, Bogotá - Colombia. Cada estudiante, previo consentimiento informado, completó los cuestionarios psicológicos de IDER y STAI utilizados para evaluar rasgos depresivos y ansiosos. Además se les tomo una muestra de sangre para análisis de las variaciones genéticas. Un total de 260 estudiantes participaron en el estudio (mujeres 131, hombres 129). Se encontró que el 21.5% de los individuos que participaron presentaba rasgos depresivos; el 23.1% rasgos ansiosos y el 12% rasgos depresivos y ansiosos. Las frecuencias genotípicas para las variaciones 5HTTLPR fueron: s/s=0.27, s/l=0.52 y l/ l=0.2; y para las variaciones STin2 fueron 12/12=0.45, 10/10=0.12, 10/12=0.42 y 9/10=0.012. Los haplotipos más frecuentes fueron: SL/1012 (24.2%), SL/1212 (22.3%), y SS/1212 (18.8%). Con el fin de correlacionar estas variaciones genéticas con la sintomatología ansiosa o depresiva, se realizó la prueba no paramétrica de Kruskal Wallis encontrando que ninguna de las variaciones por si sola o ningún conjunto específico de variaciones esta asociada con sintomatología depresiva o ansiosa. Sin embargo, al tener en cuenta el factor psicosocial de haber sido sometido a maltrato en su infancia, se encontró el genotipo 5HTTLPR s/s esta asociado a mayor susceptibilidad de desarrollar sintomatología ansiosa o depresiva en individuos jóvenes estudiantes.

16. El gen de la Insulina está fuertemente asociado a la susceptibilidad para desarrollar diabetes mellitus tipo 1 en familias antioqueñas Alejandra Rodriguez, Juan Manuel Alfaro, Vital Balthazar, Nicolas Pineda-Trujillo. Grupo Mapeo Genético, Departamento de Pediatría. Facultad de Medicina. Universidad de Antioquia. Medellín-Colombia. La diabetes mellitus tipo 1 (T1D) es una enfermedad metabólica compleja en la cual intervienen tanto fac-

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tores ambientales como genéticos. Entre los factores genéticos se encuentran diferentes loci que aportan riesgo dependiendo de la población estudiada. Por esto, y dado que en nuestra población no se conocen los genes involucrados en la susceptibilidad para desarrollar T1D nuestro objetivo es caracterizar genéticamente 200 familias Antioqueñas con T1D pertenecientes al programa educativo de pacientes diabéticos tipo 1 de la UdeA, y que cumplan con los criterios de inclusión (ancestralidad paisa, un hijo afectado y los dos padres disponibles).

17. Análisis de polimorfismos del receptor BETA-2 adrenérgico en pacientes pediátricos asmáticos y controles sanos en una muestra de la ciudad de Bogotá

De las familias se obtiene una muestra de sangre para la determinación de los autoanticuerpos (ICAs, IAAs, IA-2 y anti-GAD), y la evaluación genética de ocho loci involucrados en la susceptibilidad a la enfermedad (HLA-I, HLA-II, INS, SUMO4, IL2RA, CTLA4, IFIH1, KIAA0350, PTPN22) mediante la tipificación de cuatro tagSNPs por cada locus. Para el análisis de los resultados se realiza la prueba de equilibrio de Hardy-Weinberg, y luego el análisis de asociación mediante la prueba de desequilibrio de la transmisión (TDT).

El asma es una entidad inflamatoria crónica de la vía aérea, que lleva a episodios de sibilancias, tos y disnea. Es la enfermedad crónica más frecuente en la infancia, con una prevalencia global entre 1 y 18%, y para Colombia de 7-10,4%. Tiene herencia multifactorial, por lo cual se han correlacionado varios genes con la enfermedad, como el del Receptor β2 Adrenérgico (RB2A). Este gen ha sido estudiado debido a que se han encontrado resultado contradictorios con respecto a la asociación de los polimorfismos y la severidad del asma. El objetivo fue identificar los polimorfismos del gen del RB2A en una población de pacientes pediátricos con asma y controles sanos en una muestra de Bogotá y su correlación con la severidad del fenotipo asmático. Para ello se tomó una muestra de 97 pacientes y 192 controles, a los cuales se les realizó extracción de ADN y PCR alelo-específica. Se observó que la población se encontraba en equilibrio de Hardy-Weinberg para los tres polimorfismos analizados, las frecuencias alélicas en los casos fueron: Arg16 0,42, Gln27 0,71, y Thr164 0,97 y en controles, Arg16 0,42, Gln27 0,77, y Thr164 0,98. Se realizó la construcción de los haplotipos mediante el software Arlequin 3.1®, observándose cinco en la población total. Las frecuencias haplotípicas en los controles fueron: Haplotipo 1 (Arg/Gln/Thr) 0,38, Haplotipo 2 (Gly/Gln/Thr) 0,37, Haplotipo 3 (Gly/Glu/Thr) 0,19, Haplotipo 4 (Gly/ Gln/Ile) 0,02 y Haplotipo 5 (Arg/Glu/Thr) 0,04. En los casos Haplotipo 1 de 0,37, Haplotipo 2 de 0,32, Haplotipo 3 de 0,24, Haplotipo 4 de 0,03 y Haplotipo 5 de 0,05. Sin diferencias significativas entre los dos grupos. En 57 afectados (59%) se obtuvo la severidad clínica, perteneciendo a asma leve intermitente dos pacientes (3,5%), asma leve persistente 21 (36,84%), asma moderada persistente 33 (57,9%), asma severa persistente uno (1,75%), con un mayor número de pacientes

Con excepción de HLA, de los genes candidatos propuestos se han analizado los SNPs que se han reportado como asociados en los primeros 100 tríos. Así, para el gen IL2RA se tipificó el SNP rs706778, el cual en el TDT no mostró diferencias significativas en las transmisiones de los alelos (p=0,419028). Resultados similares se encontraron para los SNPs analizados en los genes CTLA4 (rs231775), KIAA0350 (rs2903692) e IFIH1 (rs1990760), en los cuales se encontraron valores p=0,30506, 0,04639 y 0,2393, respectivamente. En el gen INS se analizó el SNP rs689 encontrando diferencias significativas entre las transmisiones de los alelos (p = 0,000402), siendo el alelo A preferencialmente transmitido desde los padres heterocigotos a los hijos afectados. Según estos resultados, se puede concluir que no existe asociación entre los genes IFIH1, CTLA4, KIAA0350, y IL2RA y la diabetes mellitus tipo 1 en la muestra de población Antioqueña analizada hasta el momento. Por el contrario, y de acuerdo con la literatura, el marcador rs689 del gen INS está asociado con la enfermedad (OR=3,18), aportando riesgo para el desarrollo de la misma.

Cladelis Rubio, Lorena Sánchez, Heidi Eliana Mateus Universidad del Rosario Correspondencia: [email protected] Teléfono: 2944406

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con asma moderada persistente con el polimorfismo Gly, sin embargo no fue significativo P 0,064. No se! encontr ó asociación de algún haplotipo y mayor severidad. Se puede concluir que en la muestra analizada las frecuencias genotípicas, alélicas y haplotípicas no presentaron diferencias significativas entre casos y controles. Los polimorfismos analizados individualmente y en su conformación haplotípica no estarían involucrados en la fisiopatología del asma.

18. Polimorfismo del gen ApoE: su asociación con los niveles de lipoproteínas plasmáticas en población juvenil de Barranquilla Carlos Silvera-Redondo1, Rosmy Barrios1, Doris Pájaro1, Enio Hernández2, Cielo Chicanganá3, Gloria Rolon1, Mostapha Ahmad1, Martha Ruiz1 Correo electrónico: [email protected] Teléfono: 3114020523 El gen ApoE, es considerado como un gen diana del receptor nuclear X del hígado, quien tiene un papel importante en la regulación del metabolismo del colesterol, ácidos grasos y homeostasis de la glucosa. Mapeado en el cromosoma 19, tiene tres alelos ApoE2, ApoE3 y ApoE4, los cuales producen tres isoformas de la proteína respectivamente y dan origen a seis genotipos. Estudios recientes, sugieren un papel del gen ApoE, en lo relacionado con obesidad, riesgo cardiovascular y niveles de lípidos en plasma. En este

trabajo, se presenta el análisis del polimorfismo del gen ApoE, en una muestra de la población juvenil de Barranquilla y su relación con niveles de lipoproteínas plasmáticas. Se tomó una muestra de individuos sanos (18-25 años), no relacionados, con estilos de vida homogéneos y sin dietas específicas. Se estudió el polimorfismo del gen ApoE mediante PCR-RFLP, niveles de proteínas plasmáticas y asociación entre alelos/ genotipos y niveles de lipoproteínas plasmáticas. Las frecuencias alélicas encontradas fueron, ε2=13.5%, ε3=97.2% y ε4=32.4%, siendo ε3 el de mayor frecuencia. Las frecuencias genotípicas fueron ε2/ε3=12.5%, ε3/ε3=47.5%; ε3/ε4=30% y ε4/ε4=2.5%. Los genotipos ε2/ε2 y ε2/ε4 no se encontraron en la muestra estudiada. Por su parte los valores de Colesterol, HDL, LDL y VLDL, mostraron un comportamiento acorde a los promedios para la población, con un bajo porcentaje de individuos con valores elevados. Los estudios de asociación, mostraron valores disminuidos de colesterol y LDL con niveles altos de HDL en los individuos con predominio del alelo ε4, lo cual se encuentra acorde con lo reportado en la literatura nacional. La presente investigación, muestra la importancia del estudio del gen ApoE en población juvenil y su utilidad en la detección de factores de riesgo para enfermedades cardiovasculares asociadas a niveles patológicos de lipoproteínas plasmáticas en edad adulta y la posibilidad de iniciar medidas de prevención para las mismas. Palabras claves: lipoproteínas, gen ApoE, enfermedad cardiovascular

Grupo de Investigación en Genética y Medicina Molecular, Universidad del Norte, Barranquilla Grupo Biomedicina Molecular, UCC Santa Marta 3 Universidad del Sinú, Cartagena de Indias 1 2

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