GUÍA O ITINERARIO FORMATIVO TIPO DE LA UNIDAD DOCENTE DE MICROBIOLOGÍA

Comisión de Docencia Hospital Universitario La Paz 2013

El objetivo de la formación del especialista en Microbiología y Parasitología es garantizar que en su periodo de residencia, adquiera conocimientos y habilidades que garanticen su competencia en todas las áreas de la especialidad. Es, por tanto, una formación global que abarca los conocimientos teóricos y la formación práctica.

El programa teórico se ajustará al temario que se incluye en el “programa de formación de la especialidad de Microbiología y Parasitología (ORDEN SCO/3256/2006)” y comprende todas las áreas de competencia de la especialidad. Los conocimientos necesarios se adquirirán mediante el uso de una bibliografía básica, la asistencia a cursos especialmente recomendados por Sociedades Científicas tanto nacionales como internacionales, una acción tutorial y la asistencia a congresos, seminarios, talleres, sesiones científicas, etc., dentro de la propia Unidad Docente y en el exterior.

El programa práctico se realizará en la Unidad Docente bajo la supervisión de especialistas en Microbiología y Parasitología y abarcará todos los aspectos de la práctica diaria de esta especialidad.

Los objetivos concretos de la formación son: 1. Implicación como facultativo especialista en el diagnóstico y tratamiento del paciente y en la prevención de las infecciones. 2. Participar en el control y prevención de la infección hospitalaria y comunitaria, así como la política de uso racional de los antimicrobianos. 3. Participar en los Programas de Formación de especialistas en Microbiología y Parasitología en los aspectos de la infección, su diagnóstico, tratamiento y prevención. 4. Conocer profundamente la metodología científica y desarrollar programas de investigación.

El residente en Microbiología y Parasitología, al terminar su periodo de formación, cuya duración es de 4 años, habrá adquirido la experiencia suficiente para desarrollar sus funciones de forma autónoma.

El proceso de formación del especialista está sustentado en la adquisición conjunta de: 1. Conocimientos generales que le permitan comprender el proceso infeccioso, su patogenia, diagnóstico, tratamiento y la epidemiología y prevención de las infecciones. 2. Habilidades para a) realizar las técnicas diagnósticas, interpretar sus resultados, elaborar protocolos de diagnóstico y tratamiento, b) la obtención, transporte y procesamiento de las muestras adecuadas para el diagnóstico de un paciente infectado, c)organización de un laboratorio de microbiología clínica. 3. Adopción de actitudes con los conocimientos y habilidades adquiridas para determinar la etiología de la enfermedad, y saber cuáles serían las normas terapéuticas y epidemiológicas aconsejables al caso.

ÁREAS Y PERIODOS DE ROTACIÓN ROTACIONES DE RESIDENTES DE MICROBIOLOGÍA Y PARASITOLOGIA (Tiempo de Residencia 48 meses incluidas vacaciones)

Rotación por Unidad

MIR

FIR

Preanalítica y Aspectos generales*

1 mes

1mes

Urocultivos

2 meses

2 meses

I.T.S.

2 meses

2 meses

Coprocultivos/Parásitos

4 meses

4 meses

Hemocultivos y LCR

4 meses

4 meses

Exudados Superficiales

3 meses

3 meses

Exudados profundos/anaerobios

3 meses

3 meses

Antibióticos

3 meses

3 meses

Micobacterias

2 meses

2 meses

Micología

3 meses

3 meses

Virología

3 meses

3 meses

Serología y PCR

4 meses

4 meses

1 mes

1 mes

2 meses

2 meses

1 mes

1 mes

3 meses

2 meses

Secuenciación Epidemiología molecular Gestión Calidad** Rotación clínica por UMCEI

Proyecto de Investigación en la Unidad de Investigación de la Unidad Docente y/o Rotación Externa TOTAL

3 meses

4 meses

44 MESES

44 MESES

(En la tabla no están incluidos los periodos vacacionales correspondientes). *Aspectos generales: Residentes de Microbiología: recogida, transporte y conservación muestras, medios cultivo y reactivos, esterilización, Seguridad Biológica, microscopía, manejo de bibliografía y herramientas informáticas. **Auditorias, acreditación y certificación, control calidad interno y externo Los períodos de rotación tienen carácter de recomendación y podrían tener alguna modificación en función de circunstancias individuales. Cada rotación interna se hace bajo la supervisión directa del facultativo especialista responsable del área, que realizará, junto con el tutor, la evaluación del residente en la rotación.

EL CALENDARIO DE ROTACIONES POR CADA AÑO DE RESIDENCIA ES EL SIGUIENTE: El primer año docente incluirá las rotaciones por Generalidades, Urocultivos, Infecciones de Transmisión Sexual (ITS), Coprocultivos y Parásitos, Hemocultivos y LCR. Quedan pendientes dos meses que se asignarán en el segundo año. El segundo año docente incluirá las rotaciones por Exudados superficiales, Exudados Profundos, Antibióticos. El tercer año docente incluirá las rotaciones por Micobacterias, Micología, Virología, Serología y PCR. Queda pendiente 1 mes que se asignará al cuarto año. El cuarto año docente incluirá las rotaciones por Secuenciación, Control de Calidad,

Epidemiología

Molecular,

Unidad

de

Microbiología

Clínica

y

Enfermedades Infecciosas (UMCEI) y Proyecto de Investigación en la Unidad de Investigación de Microbiología de nuestra Unidad docente o Rotaciones externas.

Niveles* Responsabilidad

ROTACIONES PARA 3 RESIDENTES POR AÑO Generalidades

Urocultivos

ITS

Coprocultivos y Parásitos

Hemocultivo y LCR

3-2

R1. B

Generalidades

ITS

3-2

Generalidades

-----------

3-2

R2. A

Hemocultivos y LCR

Coprocultivos y Parásitos Exudados Superficiales

Hemocultivos y LCR Urocultivos

----------

R1.C

Coprocultivos y Parásitos Hemocultivos y LCR Exudados profundos

Antibióticos

----------

2-3

R2.B

Urocultivos

Antibióticos

2-3

ITS

----------

2-3

R3.A

Micobacterias

Micología

-----------

2-1

R3.B

Micología

Virología

Exudados superficiales Exudados profundos Serología y PCR Micobacterias

----------

R2.C

Exudados profundos Antibióticos

-------------

2-1

R3.C

Virología

Serología y PCR

Micología

-------------

2-1

R4.A MIR

Serología y PCR

R4.A FIR

R1. A

Exudados superficiales Virología Serología y PCR Micobacterias

Epidemiología molecular

Secuenciación

Calidad

Serología y PCR

Secuenciación

Calidad

Epidemiología molecular

R4.B MIR

Micobacterias

Calidad

Epidemiología Molecular

R4.B FIR

Micobacterias

Calidad

Epidemiología Molecular

R4.C MIR

Micología

Epidemiología Molecular

R4.C FIR

Micología

Epidemiología Molecular

Proyecto y/o Rotaciones externas o clínicas Proyecto y/o Rotaciones externas

Proyecto y/o Rotaciones externas o clínicas Proyecto y/o Rotaciones externas UMCEI

UMCEI

ITS: Infecciones de Transmisión Sexual UMCEI: Unidad de Microbiología Clínica y Enfermedades Infecciosas

Proyecto y/o Rotaciones externas y/o clínicas Proyecto y/o Rotaciones externas UMCEI

UMCEI

1-2

UMCEI

1-2

Secuenciación

1-2

UMCEI

Secuenciación

1-2

Secuenciación

Calidad

1-2

Secuenciación

Calidad

1-2

MIR: Médico Interno y Residente; FIR: Farmacéutico Interno y Residente El orden de las rotaciones puede variar dependiendo de la disponibilidad de las rotaciones externas o rotaciones por Unidades Clínicas fuera de la Unidad Docente.

* Nivel

de responsabilidad

Nivel de responsabilidad

Valoración

Nivel 1

Intervención autónoma. Actividades realizadas directamente por el residente, sin

Nivel de mayor

necesidad de tutorización directa

responsabilidad

El residente ejecuta y posteriormente informa. Tiene a su disposición en cualquier caso la posibilidad de consultar al especialista responsable

Nivel 2

Intervención tutelada. Actividades realizadas directamente por el

Nivel de responsabilidad

residente, bajo la supervisión directa del tutor o facultativo especialista

intermedia

responsable

Nivel 3

Observación y ayuda activa. Actividades realizadas por el facultativo especialista

Nivel de menor

observadas y/o asistidas en su ejecución por el residente, que carece de

responsabilidad

responsabilidad, y exclusivamente actúa como observador o asistente

La formación del Residente es gradual y por ello el grado de responsabilidad debe incrementarse progresivamente

LOS

OBJETIVOS

Y

ACTIVIDADES

EN

LAS

DIFERENTES

ROTACIONES: Durante la formación del residente, éste debe participar en las diferentes Unidades del Servicio, y en otros servicios supervisados por el personal facultativo en el que se encuentren en cada momento, con un nivel progresivo de responsabilidad, que valorarán los tutores y demás responsables de su supervisión, a medida que se avance en el programa formativo.

Primer año. Nivel de responsabilidad 3-2 Preanalítica y Aspectos Generales: •

El objetivo de esta rotación es conocer la organización del Servicio de Microbiología y aquellas actividades básicas para el funcionamiento del mismo. Estas son: 1. Recepción de muestras: criterios de aceptación y rechazo de las mismas 2. Toma de muestras 3. Siembra de muestras en campana y tinciones. 4. Preparación de medios de cultivo y reactivos. 5. Área administrativa: registro de muestras, consulta y validación de resultados. 6. Seguridad en el laboratorio de microbiología

Laboratorio de Coprocultivos: •

Lectura e interpretación de los cultivos de bacterias productoras de gastroenteritis.

•

Detección de antígenos de rotavirus/adenovirus en heces

•

Detección de antigenos y toxinas de Clostridium difficile

•

Diagnóstico molecular de Clostridium difficile.

•

Procesamiento de la muestra de biopsia gástrica para la búsqueda de Helicobacter pylori y susceptibilidad.

Laboratorio de Urocultivos: •

Lectura e interpretación de cultivos bacterianos en orina

Laboratorio de Parasitología (Duración mínima: 2 meses) •

Técnicas de estudio parsitológico directo. Tinciones, identificación proglótides, detección oxiuros por test de Graham,....

•

Procesamiento de las muestras de heces, para la visualización de trofozoitos, quistes, huevos de parásitos entéricos y larvas.

•

Detección de antígenos parasitarios (Cryptosporidium spp, Giardia sp, Plasmodium spp).

•

Procesamiento de muestras de sangre para la visualización de parásitos hemáticos.

•

Cultivo de médula ósea y tejidos para Leishmania sp.

•

Cultivo de raspado corneal para Acanthamoeba.

•

Cultivo de larvas de Strongyloides stercoralis

•

Procesamiento de muestras de orina para la visualización de parásitos.

•

Identificación de ectoparásitos.

Al finalizar su formación el residente debe saber: a) Realizar los métodos básicos de diagnóstico parasitológico b) Interpretar desde el punto de vista clínico los resultados obtenidos. c) Identificar los problemas especiales que plantean los inmunodeprimidos y los viajeros a zonas tropicales.

El programa de Parasitología Clínica es el siguiente:

1. Introducción al diagnóstico Parasitológico. Coprología parasitaria. Normas básicas. El diagnóstico en Parasitología. Tipos de diagnóstico: diagnóstico clínico, diagnóstico directo o parasitológico y diagnóstico indirecto. 2. Técnicas de diagnóstico. Consideraciones generales. Conservación de las heces y otro tipo de muestras. Técnicas de fijación. Concentración de los elementos parasitarios en muestras de heces. Estudio de las distintas técnicas de diagnóstico. Técnicas de Flotación. Técnicas de Concentración. Técnicas de fijación, tinción, etc. 3. Diagnóstico de las parasitosis intestinales habituales. Protozoos. Amebiasis: Entamoeba histolytica y otras amebas. Protozoos flagelados: Giardia lamblia. Ciliados. Coccidios: Cryptosporidium, Cyclospora e Isospora. 4. Diagnóstico y aspectos clínicos en las protozoosis y otras técnicas directas relacionadas con el diagnóstico de parasitosis intestinales. Cultivo de protozoos y obtención de larvas de nematodos. Técnica de Graham. Enterotest, etc. 5. Diagnóstico y aspectos clínicos de las nematodosis intestinales (ascaridiasis,

enterobiosis, tricuriasis, uncinariosis y strongiloidosis). Principales aspectos clínicos de cada una de ellas. 6. Diagnóstico y aspectos clínicos de las trematodiasis intestinales, hepáticas (clonorquiosis,

opistorquiosis,

fasciolosis),

pulmonares

(paragonimosis),

hemáticas y urinarias (schistosomiasis). Principales aspectos clínicos de cada una de ellas. 7. Diagnóstico y aspectos clínicos de las cestodosis intestinales (difilobotriosis, teniosis, hymenolepiosis y dipilidiosis) Principales aspectos clínicos de cada una de ellas. 8. Protozoos hemáticos y otros tejidos. Técnicas de diagnóstico directo en muestras de sangre. Frotis sanguíneos, gota gruesa. Tinciones más frecuentes Plasmodium sp. Babesia sp y Trypanososma. Diagnóstico de estas protozoosis mediante examen sanguíneo. Principales aspectos clínicos de cada una de ellas. Leishmanias sp.Técnicas de diagnóstico y cultivo de las distintas especies de Leishmania. Principales aspectos clínicos de cada una de ellas. 9. Estudio e identificación de Filarias y Microfilarias. Técnicas diagnósticas y Aspectos clínicos. 10. Diagnóstico de la parasitosis genito urinarias. Diagnóstico de protozoosis (tricomoniasis) y helmintiosis (oncocercosis y schistosomiasis vesical) mediante examen de orina. Diagnóstico de tricomoniasis en exudados vaginales y uretrales. 11. Diagnóstico directo de otras parasitosis. Cutáneas: (sarna, oncocercosis, leishmaniasis cutánea, larva migrans cutánea y miasis) tras examen de muestras cutáneas. Parasitosis asociadas al cabello (pediculosis). Diagnóstico directo de distintas parasitosis mediante el examen de aspirados de: duoden(strongiloidosis, giardiasis); ganglios linfáticos (tripanosomosis africana, leishmaniasis); bazo (leishmaniasis); fluido cerebrospinal y abscesos pulmonares y hepáticos (amebiasis, hidatidosis, etc.), y mediante el examen de biopsias de tejidos, ganglios linfáticos (tripanosomosis, leishmaniasis, toxoplasmosis etc.; músculo (triquinosis); y vejiga (schistosomiasis).

Laboratorio de Hemocultivos y LCR. 1.- Adquirir la capacidad de procesamiento de las botellas de hemocultivos en los sistemas de incubación disponibles en el Servicio de Microbiología 1. Etiquetado de hemocultivos 2. Carga y descarga de botellas en incubadores. 2.- Siembra de hemocultivos positivos 3.- Realización y visualización de tinciones Gram 4.- Lectura de placas 5.- Realización de identificación e sensibilidad mediante sistemas automáticos (Vitek 2 y Wider) 6.- Identificación de microorganismos a partir de botellas positivas de hemocultivos mediante sistema MALDI-TOF 7.- Identificación de microorganismos por MALDI-TOF a partir de colonia. 8.- Realización de antibiogramas directamente de las botellas de hemocultivos positivas 9.- Procesamiento de LCR en medios de cultivo adecuados e interpretación de tinción Gram 10.- Adquirir los conocimientos necesarios para la interpretación y emisión de informes microbiológicos derivados del procesamiento de los hemocultivos y LCR. 11.- Ser capaz de realizar la valoración e información al clínico responsable de los resultados obtenidos tras el procesamiento de las muestras.

Laboratorio de Infecciones de Transmisión Sexual (ITS)

1.

Definición y clasificación

2.

Principales cuadros : uretritis , vulvovaginitis , cervicitis, enfermedad

inflamatoria pélvica, epididimitis, orquitis, linfogranuloma venereo, chancro , úlcera genital . 3.

Epidemiología y clínica

4.

Diagnóstico microbiológico tradicional : cultivo y microscopia

5.

Diagnóstico biología molecular : PCR a tiempo real

6.

Fármacos utilizados para los principales cuadros .

Infecciones obstétricas 1. Clasificación , etiología , patogenia , clínica 2. Diagnóstico microbiológico. 3. Bases microbiológicas para el tratamiento 4. Control microbiológico durante el embarazo .

Segundo año: Nivel de responsabilidad 2-3 Laboratorio de Exudados profundos Tiempo de rotación: 3 meses Tipo de muestras: Líquidos orgánicos Tejidos y biopsias Abscesos y empiemas Piel y tejidos blandos Heridas quirúrgicas y traumáticas Exudado ótico Implantes El procesamiento se realiza para cultivo de bacterias aerobias y anaerobias Objetivos •

Toma de muestras y siembra en los distintos medios para aerobios y anaerobios

•

Tinción de Gram de las muestras y las colonias, lectura e interpretación.

•

Tinción de Ziehl Neelsen modificado para Nocardia sp y micobacterias atípicas.

•

Técnicas de diagnóstico rápido por inmunocromatografía en muestras de líquido articular y pleural en casos de artritis y neumonía.

•

Identificación bacteriana aerobia y anaerobia, tanto por métodos manuales como automáticos (MALDI-TOF)

•

Interpretación microbiológica de los cultivos positivos y negativos

•

Técnicas de preparación de inóculo para realización de antibiograma de las bacterias aerobias.

•

Realización de antibiograma de bacterias anaerobias.

•

Asesoramiento al clínico en técnicas de toma de muestra y transporte de las mismas.

•

Información al clínico de los cultivos significativos y consejo del tratamiento adecuado.

Laboratorio de Exudados superficiales •

Tinciones: Tinción gram de muestras respiratorias, interpretación y valoración de

su adecuación para el cultivo. Interpretación de microorganismos de

aparición frecuente en clínica y los menos frecuentes (como Nocardia, hongo filamentoso). Tinción de Ziehl-Neelsen modificado cuando hay sospecha de Nocardia. •

Cultivos: Lectura e interpretación de cultivos de muestras de vías respiratorias bajas (esputos, Lavados broncoalveolares, Aspirados bronquiales, catéteres protegidos, etc.) y altas (faríngeos, nasales, conjuntivales) Lectura e interpretación de cultivos de catéteres intravasculares: técnica de Maki, técnicas cuantitativas. Relación de las mismas con hemocultivos y bacteriemias. Cultivos especiales de aislamiento ante sospecha de infección por Nocardia, Legionella; procesamiento y condiciones de cultivo especiales.

•

Detección rápida de antígenos en muestra faríngea de Streptococcus pyogenes y de Streptococcus pneumoniae en orina: manejo de las técnicas, interpretación de los resultados, correlación con los cultivos y con las manifestaciones clínicas.

•

Toma de muestra pernasal y aspirados nasales para diagnóstico de tos ferina (Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis y otras bordetellas), así como cultivo y técnicas de PCR. Interpretación de discrepancias entre cultivo y PCR.

Asesoramiento al clínico en cuanto al momento de toma de muestra y muestras de convivientes. •

Fibrosis Quística: medios de cultivo especiales y condiciones para el aislamiento de los organismos fundamentalmente implicados en las infecciones respiratorias así como colonizaciones de los pacientes con Fibrosis Quística (P. aeruginosa y S. aureus con sus diferentes fenotipos, H. influenzae, Burkholderia cepacia complex, A. xylosoxidans, etc.). Implicaciones especiales de los métodos de sensibilidad por las peculiaridades de algunas cepas.

•

Agilidad en identificación por medios automatizados, MALDI-TOF y convencionales de los patógenos respiratorios más frecuentes, de los microorganismos relacionados con infecciones de catéteres e infecciones bacterianas del Recién Nacido,

así como los patrones de sensibilidad más

observados de estos microorganismos. •

Generalidades: asesoramiento al clínico peticionario de recogida muestras, conservación y transporte de las mismas. Asesoramiento en interpretación de los hallazgos de los cultivos y consejo terapéutico.

Laboratorio de Micobacterias: •

Conocer la clasificación de micobacterias

•

Epidemiología de la infección tuberculosa y de las micobacterias atípicas

•

Patogenia de la infección tuberculosa

•

Patogenia de la infección por micobacterias atípicas

•

Fármacos antituberculosos mecanismos de acción y resistencias

•

Fármacos utilizados frente a micobacterias atípicas mecanismos de acción y resistencia

•

Técnicas y utilidad Biología molecular en el diagnóstico de la tuberculosis técnicas ,

•

Técnicas y

utilidad Biología molecular en el diagnóstico de las

micobacterias atípicas •

Utilidad proteómica en el diagnóstico de micobacterias atípicas

Laboratorio de identificación y pruebas de Sensibilidad (Unidad de Antibióticos) Objetivos generales: •

Identificación fenotípica bacteriana. Sistemas automáticos de identificación fenotípica.

•

Mecanismos de acción de los distintos grupos de antibióticos

•

Mecanismos de resistencia a los antibióticos de importancia clínica. Bases genéticas de la resistencia

•

Conceptos de concentración mínima inhibitoria y concentración mínima bactericida

•

Fundamento de las distintas técnicas empleadas en el laboratorio para el estudio de sensibilidad o resistencia

•

Fundamento de los métodos automatizados y moleculares

•

Bases farmacodinámicas de acción de antimicrobianos

•

Lectura interpretada del antibiograma

•

Interpretación clínica del antibiograma. Puntos de corte EUCAST y CLSI. Sistema experto.

•

Estandarización y Control de calidad

•

Transcendencia epidemiológica del uso de antimicrobianos en el hospital y en la comunidad. Mapa microbiológico del hospital.

Tercer año: Nivel de responsabilidad 2-1 Laboratorio de Micología: Itinerario rotación por Micología

El residente al incorporarse a la sección de micología deberá haber visto: •

Recogida de muestras para estudio micológico de piel, pelo y uñas.

•

Tests de diagnóstico rápido: exámenes en fresco, tinciones, aglutinación con látex ....

•

Siembra y procesamiento de muestras

•

Lectura e interpretación de cultivos

•

Diagnóstico de IFIs : Hemocultivos, técnicas serológicas, biología molecular

•

Estudio de sensibilidad de hongos.

•

Identificación de hongos filamentosos y levaduriformes: identificación morfológica, proteómica, biología molecular.

Al finalizar su rotación, el residente deberá: •

Tener conocimientos y capacitación técnica para recoger una muestra del piel, pelo o uñas para diagnóstico de micosis superficiales.

•

Adquirir habilidad técnica para la realización de test de diagnóstico rápido: exámenes en fresco, tinciones fluorescentes con calco flúor, aglutinación con látex para el diagnóstico de criptococosis,

•

Adquirir conocimientos para el correcto procesamiento de las muestras para el cultivo de hongos.

•

Aprender a valorar e interpretar los cultivos de muestras.

•

Aprender a realizar e interpretar técnica parla el diagnóstico de IFIs

•

Conocimiento de los sistemas de sensibilidad antifungicos de los diferentes criterios de interpretación( CLSI y EUCAST).

•

Identificación de las especies más comúnmente aisladas en nuestro entorno clinico así como la orientación diagnostica frente a especies menos frecuentes.

Laboratorio de Virología: •

Adquirir la capacidad de procesamiento de las muestras recibidas en la unidad de virología:

•

Correcto etiquetado y registro de las muestras.

•

Realización de técnicas inmunocromatográficas para la detección de virus respiratorios en niños.

•

Realización de Antigenemia a. Procesamiento de las muestras b. Visualización de las muestras mediante microscopía c. Emisión de resultados

•

Cultivo de virus por Shell-vial d. Conocimiento de las distintas líneas celulares

e. Procesamiento de las muestras f. Visualización de las muestras mediante microscopía g. Emisión de resultados •

Realización de técnicas de biología molecular y emisión de resultados h. PCR cualitativa Grupo herpes y Enterovirus i. PCR cuantitativa virus EBV, CMV y BKV j. Virus respiratorios k. HPV

•

Adquirir los conocimientos necesarios para la interpretación y emisión de informes microbiológicos derivados del procesamiento de las muestras

•

Ser capaz de realizar la valoración e información al clínico responsable de los resultados obtenidos tras el procesamiento de las muestras.

Laboratorio de Serología Los objetivos en esta rotación son los siguientes: •

Conocer sistema informático de apoyo en el trabajo diario

•

Conocer las posibilidades diagnósticas de la inmunología microbiana.

•

Conocimientos teóricos de los distintos métodos manuales y automatizados utilizados

•

Conocimiento teórico de pruebas confirmatorias.

•

Conocimiento práctico de todas las técnicas que existan en el laboratorio

•

Conocer las ventajas, inconvenientes y limitaciones de cada uno de ellos.

•

Interpretar correctamente los resultados de las diversas técnicas

•

Interpretación de resultados en contexto clínico

•

Aprender a realizar algoritmos de diagnóstico.

•

Saber optimizar las técnicas diagnósticas según diagnóstico clínico.

•

Aprender a aplicar medidas de control de calidad interno/externo.

•

Aprender organización y gestión de serología.

•

Participar en sesiones del servicio/hospital en relación con la serología.

Laboratorio de Biología Molecular •

Niveles de Bioseguridad

•

Estudio y realización de extracción de ácidos nucleicos por distintos métodos automatizados y manuales.

•

Estudio y realización de amplificación genómica

•

Estudio y realización de genotipos

•

Estudio y realización resistencias

•

Interpretación de resultados

Estudio retrovirus - Patogenia infección por HIV - Carga viral - Resistencias (secuenciación) - Subtipo - Tropismo Estudio VHC - Cuantificación - Genotipo Estudio VHB - Cuantificación - Genotipo - Resistencias PCR VHD PCR Norovirus PCR Bordetella Septifast: diagnostico molecular de bacterias en sangre.

Cuarto año: Nivel de responsabilidad 1-2 Laboratorio de Epidemiología Molecular: Los objetivos deseables al final de la rotación: •

Haber tenido una experiencia directa en el control de infecciones, incluyendo brotes epidémicos y su investigación y control.

•

Conocer las técnicas de epidemiología molecular (fenotípicas y genotípicas) y su interpretación.

•

Conocer los métodos específicos (muestras y técnicas) de control y detección de algunos patógenos que plantean problemas especiales como bacterias multirresistentes: S. aureus meticilín-resitentes, enterobacterias, Acinetobacter spp. y Pseudomonas spp y otros microorganismos de interés epidemiológico.

•

Vigilancia y control de las resistencias a antimicrobianos: manejo y explotación de la base de datos del SIL.

•

Estar familiarizado con las técnicas de aislamiento y descolonización de pacientes.

•

Estar familiarizado con el uso de agentes físicos y químicos empleados para el control de la infección hospitalaria.

•

Realizar actividades relacionadas con el estudio de muestras ambientales para el control de la infección hospitalaria: aire, agua de hemodiálisis, fómites y superficies.

Laboratorio de Investigación: •

Diagnóstico molecular de bacterias no cultivables (endocarditis,etc..).

•

Identificación molecular (PCR y secuenciación) de bacterias de difícil tipificación mediante los métodos habituales.

•

Estudio de mecanismos de resistencia a los antibióticos.

Unidad de Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica: FIR: •

Adquisición de nociones para el diagnóstico y manejo terapéutico de las enfermedades infecciosas.

•

Manejo de antimicrobianos

MIR: • Adquisición de habilidades para el diagnóstico, seguimiento y tratamiento de los pacientes infectados. • Manejo de antimicrobianos ORGANIZACIÓN DE GUARDIAS: •

En el momento actual los residentes de Microbiología (MIR y FIR) realizan guardias de presencia física en el Servicio de Microbiología. Estas guardias cubren los siguientes horarios: - Lunes a Viernes: guardias de 17 h (de 15h a 8h de la mañana siguiente) ◦

•

- Sábados, Domingos y Festivos: guardias de 24 h.

Con la incorporación del tercer residente al Servicio, el itinerario docente de los mismos se modificará su periodo de atención continuada con un refuerzo diario de la guardia del residente. Se va a realizar un refuerzo de atención continuada adicional a las guardias de 24 h ya existente, contando con la presencia de dos residentes. Éste consistirá en refuerzo de 5 horas (de 15h a 20h) en días laborables y de 12h (de 10h a 22h) en festivos y fines de semana.

•

Los residentes empezarán a realizar guardias en el primer año, aproximadamente 2 meses después de su incorporación al servicio.

PROTOCOLO DE SUPERVISIÓN DE LOS RESIDENTES En todo momento el residente se encuentra supervisado por el facultativo responsable:

- Actividad ordinaria. La supervisión se realiza por el facultativo responsable del área en la que esté rotando el residente en ese momento.

- Atención continuada. La supervisión se realiza por el facultativo responsable de la técnica solicitada durante el periodo de la guardia. Por otro lado, al día siguiente el residente comunicará en una sesión de “informe de guardia” todo lo acontecido relevante durante la guardia anterior. La formación del facultativo residente es gradual y por ello el grado de responsabilidad debe incrementarse progresivamente. Los objetivos docentes de las GUARDIAS a alcanzar al finalizar la residencia son: •

Saber la trazabilidad de todas las muestras remitidas al Servicio de

Microbiología y Parasitología. •

Saber diagnosticar las bacteriemias de forma precoz, a través de los

hemocultivos que se van positivizando mediante examen microscópico e identificación y antibiograma del microorganismo etiológico, utilizando sistemas automatizados (Maldi-Tof, etc..…) o mediante técnicas manuales. •

Saber interpretar los exámenes microscópicos de las muestras urgentes

remitidas al Servicio de Microbiología durante el periodo de la guardia. •

Saber realizar e interpretar los métodos de detección de antígenos en aquellas

muestras en las que se soliciten. •

Mantener un contacto estrecho con los médicos de guardia a fin de realizar un

intercambio de información clínica-microbiológica de las bacteriemias que se van diagnosticando y de otras infecciones de mayor gravedad. •

Saber aplicar las normativas del Sistema de la Calidad del Servicio

•

Conocer la Normativa de Seguridad del Servicio de Microbiología y

Parasitología.

Las habilidades generales adquiridas y nivel de responsabilidad serán: •

Interpretación de la tinción de Gram de las muestras urgentes: niveles de

responsabilidad según año de residencia: R1 nivel 3-2; R2 nivel 2-3; R3 nivel 2-1; R4 nivel 1-2 •

Interpretación de la tinción de Ziehl-Neelsen de las muestras urgentes:

niveles de responsabilidad según año de residencia: R1 nivel 3-2; R2 nivel 2-3; R3 nivel 2-1; R4 nivel 1-2 •

Realización e interpretación de extensiones y gota gruesa en el

diagnóstico de la malaria: niveles de responsabilidad según año de residencia: R1 nivel 3-2; R2 nivel 2; R3 nivel 2-1; R4 nivel 1-2 •

Interpretación de la tinción de Gram de los hemocultivos que se van

positivizando: niveles de responsabilidad según año de residencia: R1 nivel 3-2; R2 nivel 2; R3 nivel 2-1; R4 nivel 1-2 •

Iniciar el proceso de identificación mediante espectrometría de masas y

antibiograma de los hemocultivos positivos en los sistemas automatizados o manuales: niveles de responsabilidad según año de residencia: R1 nivel 3-2; R2 nivel 2-3; R3 nivel 2-1; R4 nivel 1-2 •

Detección de antígenos en heces (rotavirus, adenovirus), orinas

(Legionella

pneumophila),

aspirados

nasales

(VRS),

LCR

(Cryptococcus

neoformans), sangre (Plasmodium spp) cuando se solicite con carácter urgente, mediante técnica de inmunocromatografía: niveles de responsabilidad según año de residencia: R1 nivel 3-2; R2 nivel 2-3; R3 nivel 2-1; R4 nivel 1 •

Realizar PCR en tiempo real mediante sistemas automatizados para el

virus de la gripe en los meses de epidemia: niveles de responsabilidad según año de residencia: R1 nivel 3-2; R2 nivel 2-3; R3 nivel 2-1; R4 nivel 1 •

Serología urgente del donante en trasplantes (VIH, VHB, VHC, CMV,

HTLV) mediante sistemas automatizados: niveles de responsabilidad según año de residencia: R1 nivel 3-2; R2 nivel 2-3; R3 nivel 2; R4 nivel 2

•

Responder a las consultas y dar la información adecuada respecto a

aquellos cultivos que están en curso cuando se solicite por parte de los diversos facultativos de guardia: niveles de responsabilidad según año de residencia: R1 nivel 3-2; R2 nivel 2-3; R3 nivel 2-1; R4 nivel 1-2 •

Comprobar la idoneidad de las muestras y si procede la técnica solicitada:

niveles de responsabilidad según año de residencia: R1 nivel 3-2; R2 nivel 2-3; R3 nivel 2-1; R4 nivel 1-2 Una acción formativa y asistencial con respecto a las guardias es la de comentar y repasar por parte del residente con los facultativos correspondientes del Servicio aquellas urgencias o incidencias de mayor dificultad.

CRITERIOS PARA LA EVALUACIÓN DEL RESIDENTE: •

Valoración después de cada rotación. Al finalizar cada rotación el facultativo responsable de dicha rotación rellena una Ficha de Evaluación. La escala de los aspectos a valorar son: 0= insuficiente, 1=suficiente, 2=Destacado, 3= Excelente A. Conocimientos y Habilidades 1. Nivel de conocimientos teóricos adquiridos. 2. Nivel de habilidades adquiridas 3. Habilidad en el enfoque diagnóstico 4. Capacidad para tomar decisiones 5. Utilización racional de los recursos. B. Actitudes 1. Motivación 2. Dedicación 3. Iniciativa 4. Puntualidad/asistencia 5. Nivel de responsabilidad 6. Relaciones paciente/familia

7. Relaciones con el equipo de trabajo.

Las Fichas de Evaluación de cada rotación se recopilan en un informe, ficha de Evaluación anual que es la recopilación de la media de las anteriores, junto con los informes de los Jefes asistenciales y los Tutores. Estas serán consensuadas en la reunión anual de la Comisión de Docencia del Hospital Esta Comisión, al finalizar la residencia, emitirá una evaluación global con

el

consecuente Certificado firmado por el Jefe de Estudios. En caso de ser favorable, el Residente pasa de año o finaliza su periodo de formación, según corresponda. •

Memoria anual de actividades.

El residente elaborará una memoria anual obligatoria según el modelo propuesto por el servicio, el Libro del Especialista en Formación del Servicio de Microbiología. Éste será debidamente cumplimentado con las actividades realizadas durante ese año: rotaciones, cursos, congresos, sesiones asistidas e impartidas, vacaciones, períodos de baja si los hubiere, guardias realizadas y cualquier otra actividad de interés (informes de evaluación, asistencia a reuniones de Comisiones...). La supervisión del residente a su vez será efectuada también por los diferentes facultativos de la Unidades correspondientes tanto en las rotaciones como en las guardias. La memoria será firmada por los Tutores, por el Jefe de Servicio, y por el Presidente de la Comisión de Docencia. Al finalizar su periodo de residencia, el residente dispondrá de sus memorias anuales para elaborar su Curriculum Vitae. ACTIVIDADES DOCENTES 1. Sesiones del Servicio •

La programación de sesiones clínicas se realizará teniendo en cuenta el desarrollo de la actividad del servicio, de modo que se adecuen a la puesta en marcha de nuevas técnicas, al curso de los programas asistenciales o de proyectos de investigación de la unidad docente. También tendrán en cuenta las

necesidades de formación teórica de los residentes en aquellas áreas para las que sea precisa. •

El tutor es el responsable de la programación de las sesiones, que se realizarán a propuesta del propio tutor o de otros miembros del Servicio, incluidos los residentes en formación.

•

En estas sesiones es obligatoria la participación de los residentes, salvo que estén realizando un período de rotación o alguna actividad externa en la fecha en que se realicen.

•

Los residentes impartirán sesiones a lo largo de su período de formación sobre temas de interés en las áreas en las que estén trabajando y sesiones bibliográficas revisando y comentando artículos de las principales revistas de la Especialidad.

•

Sesión del Servicio de Microbiología En esta reunión se exponen las novedades sobre diagnóstico microbiológicos, aparición de casos relevantes en cada Unidad, así como los resultados de las técnicas microbiológicas que se estén evaluando. También se realizan comentarios respecto a la Gestión del Servicio y todo tipo de incidencias en la organización de las diferentes áreas. Es presentada por los facultativos responsables de cada Unidad. Lugar y hora de presentación: todos los Miércoles a las 9:30h en la biblioteca del Servicio de Microbiología.

•

Sesión de la Unidad de Microbiología Clínica y Enfermedades Infecciosas (UMCEI) Sesión conjunta con la Unidad de Microbiología Clínica y Enfermedades Infecciosas. Se presentan casos clínicos y se realiza una discusión conjunta clínico-microbiológica. Es presentada por los facultativos responsables de la Unidad. Estas sesiones están abiertas a la participación de aquellos facultativos interesados en los resultados microbiológicos y discusión de casos concretos. Lugar y hora de presentación: todos los Martes a las 10h en la Biblioteca del Servicio de Microbiología.

•

Sesión docente de la Unidad de Microbiología Clínica y Enfermedades Infecciosas.

En esta sesión se presentan actualizaciones microbiológicas, revisiones clínicomicrobiológicas, opiniones de expertos, temas de controversia clínico-microbiológicas, resultados de estudios en marcha, revisión de técnicas. Estas sesiones están abiertas a la participación de aquellos facultativos interesados. Son presentadas por facultativos y residentes. Son sesiones acreditadas. ◦

Lugar y hora de presentación: todos los Miércoles a las 15:30h en el salón de Actos de Traumatología (en planta baja, escáneres)

•

Sesión de Microbiología y Enfermedades Infecciosas

Estas reuniones constan de sesiones bibliográficas, donde se revisan artículos científicos de la especialidad publicados recientemente en las revistas más relevantes, sesiones de actualización en bacteriología, antibióticos, etc. Estas sesiones son presentadas por residentes y facultativos del Servicio. Son sesiones acreditadas. Lugar y hora de presentación: Jueves y Viernes a las 9:30h en la biblioteca del Servicio.

ACTIVIDADES FORMATIVAS DEL PLAN TRANSVERSAL COMÚN

Cursos Formación Común Complementaria Acto de Bienvenida Curso de protección radiológica Sesiones de introducción: Manejo del programa Estación Clínica Manejo del programa Gacela Manejo del programa de Prescripción Electrónica Higiene de manos Gestión de datos clínicos y confidencialidad Calidad Percibida Curso de Urgencias Curso de Manejo del paciente agudo pediátrico Curso de Cirugía General Jornadas Microbiológicas en el hospital Generalidades del laboratorio de hematología instrumentación y microscopía Aplicación clínica de la bioética Curso de introducción a la Metodología de la Investigación

Horario 13:30 9:30-15:30 16:00-19:00

Año R R1 R1

R1 R1 R1 R1 R1 R1 8:00-20:00 9:00-12:00 15:00-20:00 10:00-12:00 8:30-10:00

R1 R1 R1 Todos R R1

16:00-20:00

R2-R3R4-R5 R2-R3R4-R5

3 sesiones 16:00-18:30

Fechas

FORMACIÓN EN INVESTIGACIÓN Y PUBLICACIONES

Tal y como se establece en la ley 44/2003, los profesionales sanitarios desarrollan funciones en los ámbitos asistencial, investigador, docente, de gestión clínica, de prevención y de información y educación sanitarias. La investigación es un área importante en la que el especialista en Microbiología y Parasitología debe alcanzar un grado adecuado de entrenamiento al terminar su residencia. Por tanto, la investigación en microbiología constituye uno de los aspectos básicos de la formación de los residentes de la especialidad. El objetivo general es que el residente, a través de su participación activa en las actividades investigadora del servicio, adquiera los conocimientos básicos y conozca las herramientas metodológicas para el desarrollo de proyectos de investigación en microbiología. •

Publicaciones del Servicio (año 2012-2013) y Líneas de Investigación.

2012 RESEARCH REPORT

MOLECULAR MICROBIOLOGY Composition: Name Position Jesús Mingorance Investigador. Jefe de Laboratorio Cruz Manuela de Pablos Facultativo Especialista de Gómez Microbiología Martín Díaz Enciso Facultativo Especialista de Microbiología Francisca Natalia Investigadora Predoctoral Fernández Romero Silvia García Facultativo Especialista de Bujalance Microbiología Julio García Facultativo Especialista de Rodríguez Microbiología Adelaida García Perea Facultativo Especialista de Microbiología Patricia Gómez Técnico de Laboratorio

Área Área

Área Área Área

Institution Hospital Universitario La Paz en Hospital Universitario La Paz en Hospital Universitario La Paz Hospital Universitario La Paz en Hospital Universitario La Paz en Hospital Universitario La Paz en Hospital Universitario La Paz Hospital Universitario

Sánchez María Rosa Gómez- Facultativo Especialista de Gil Mira Microbiología Paulino Gómez Investigador Titular Puertas Avelino Gutiérrez Jefe de Servicio en Microbiología Altés Goosen Luís López Facultativo Especialista de López Microbiología Dolores Montero Vega Facultativo Especialista de Microbiología Alicia Rico Nieto Facultativo Especialista de Microbiología María Pilar Romero Facultativo Especialista de Gómez Microbiología Guillermo Ruiz Facultativo Especialista de Carrascoso Microbiología Estefanía Salvarelli Investigadora Posdoctoral Martín Inmaculada Quiles Investigadora Melero Natalia Stella Ascáriz Investigadora Predoctoral

La Paz Área en Hospital Universitario La Paz CBM Severo Ochoa. CSIC-UAM Hospital Universitario La Paz Área en Hospital Universitario La Paz Área en Hospital Universitario La Paz Área en Hospital Universitario La Paz Área en Hospital Universitario La Paz Área en Hospital Universitario La Paz Hospital Universitario La Paz Hospital Universitario La Paz Hospital Universitario La Paz Elena López Camacho Investigadora Posdoctoral Hospital Universitario La Paz María Jesús García Profesor Titular en departamento de Medicina Universidad García Preventiva y Salud Pública y Microbiología Autónoma de Madrid Facultad de Medicina Carmen Menéndez Profesor Honorario en departamento de Facultad de Medicina. Gómez Medicina Preventiva y Salud Pública y Universidad Microbiología Facultad de Medicina Autónoma de Madrid Arturo Noguerado Jefe de Servicio de Medicina Interna Hospital de Asensio Cantoblanco

Strategic Objective: The Molecular Microbiology research group is integrated into the Department of Microbiology at Hospital La Paz, and a significant number of its members are physicians in the Department devoted to microbiological diagnostic work. This integration determines the group’s strategic approach and therefore the different lines of research revolve around several aspects of clinical microbiology and infectious diseases. An important line of activity (Clinical Microbiology) is the result of the routine activities provided by the Department, but goes further and deeper into the

methodological, epidemiological and pathological challenges encountered in the daily routine. One research line derived from the former is the development of methods for the molecular characterisation of pathogenic microorganisms, including microbiological diagnosis and epidemiological analysis, and more recently, microbial genomics. Another line focuses on the study of the evolution of pathogenic microorganisms. As a model of opportunistic pathogens, we study Escherichia coli, a microorganism that is well characterised at the genetic level and that is clinically relevant as the primary cause of urinary tract infections and one of the most frequently involved in bacteraemia. As a model of viral pathogens, we study the dynamics of HIV viral populations over time and in terms of the response to antiretroviral treatment. Another important focus, given the scarcity of new antibiotics, is the search for new therapeutic targets. In this line, we study bacterial division as a promising target for the development of new antibiotics.

Research Lines: -

Molecular epidemiology and evolution of pathogens Molecular methods for diagnostics of infectious diseases Microbial genomics Biochemistry and molecular biology of bacterial cell division Clinical Microbiology

Research Activity: Doctoral Theses:

Author

Julio García Rodríguez

Director

Jesús Mingorance, Rafael Herruzo

Title

Epidemiología de Candidemias y Utilidad de Métodos Rápidos (Biología Molecular y Espectrometría de Masas) Para el Diagnóstico Microbiológico de las Mismas.

University

Universidad Autónoma de Madrid

Rating

Apto Cum Laude

European (Yes/No)

Thesis No

Lecture date

19-11-2012

Publications: Authors

Mateos-Gil, P.; Márquez, I.; López-Navajas, P.; Jiménez, M.; Vicente, M.; Mingorance, J.; Rivas, G.; Vélez, M.

Multicentric Group

No

Title

FtsZ polymers bound to lipid bilayers through ZipA form dynamic two

Citation

dimensional networks BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-BIOMEMBRANES. 2012;

Type (Original, Review, Editorial, Self publication Research

Article No Biochemistry and molecular biology of bacterial cell division

Line: Authors

Monge, S.; Guillot, V.; Álvarez, M.; Peña, A.; Viciana, P.; GarcíaBujalance, S.; Elías, M. J. P.; Iribarren, J. A.; Gutiérrez, F; Casado, M.

Multicentric Group

Yes

Title

Analysis of transmitted drug resistance in Spain in the years 2007-2010

Citation

documents a decline in mutations to the non-nucleoside drug CLINICAL MICROBIOLOGY AND INFECTION. 2012; 18(11): E485-

Type (Original, Review, Editorial, Self publication Research

Article No Molecular epidemiology and evolution of pathogens

Line: Authors

Barcena-Panero, A.; Echevarría, J. E.; Romero-Gómez, M. P.; Royuela, E.; Castellanos, A.; González, I.; Fedele, G.

Multicentric Group Title Citation

No Development and validation with clinical samples of internally controlled multiplex real-time PCR for diagnosis of BKV and JCV infection in COMPARATIVE IMMUNOLOGY MICROBIOLOGY AND INFECTIOUS DISEASES. 2012; 35(2):173-179

Type (Original, Review, Editorial, Self

Article No

publication Research

Molecular methods for diagnostics of infectious diseases

Line: García-González, C.; García-Bujalance, S.; Ruiz-Carrascoso, G.; Arribas, Authors

J. R.; González-García, J.; Bernardino, J. I.; Pascual-Pareja, J. F.; Martínez-Prats, L.; Delgado, R.; Mingorance, J.

Multicentric Group

No

Title

Detection and quantification of the K103N mutation in HIV reverse

Citation

transcriptase by pyrosequencing DIAGNOSTIC MICROBIOLOGY AND INFECTIOUS DISEASE.

Type (Original, Review, Editorial, Self publication Research

Article Yes Molecular methods for diagnostics of infectious diseases

Line: Authors

Romero-Gómez, M. P.; Quiles-Melero, I.; Navarro, C.; Paño-Pardo, J. R.; Gómez-Gil, R.; Mingorance, J.

Multicentric Group Title

No Evaluation of the BinaxNOW PBP2a assay for the direct detection of methicillin resistance in Staphylococcus aureus from positive blood

Citation Type (Original, Review, Editorial, Self publication Research

DIAGNOSTIC MICROBIOLOGY AND INFECTIOUS DISEASE. Article Yes Molecular methods for diagnostics of infectious diseases

Line: Authors

Casado-Verrier, B.; Gómez-Fernández, C.; Paño-Pardo, J. R.; Gómez-Gil, R.; Mingorance-Cruz, J.; de Celada, R. M. A.; Herranz-Pinto, P.

Multicentric Group Title Citation

No Community-acquired methicillin resistant Staphylococcus aureus skin and soft tissue infections in Madrid: prevalence study. ENFERMEDADES INFECCIOSAS Y MICROBIOLOGÍA CLÍNICA. 2012; 30(6): 300-306

Type (Original, Review, Editorial, Self publication Research

Article No Molecular epidemiology and evolution of pathogens

Line: Díaz-Menéndez, M.; Pérez-Molina, J. A.; Serre, N.; Trevino, B.; Torrus, Authors

D.; Matarranz, M.; Martín, E.; Rojo-Marcos, G.; Aguilera, P.; Rico, A.; Suárez-García, I.; López-Velez, R.

Multicentric Group

Yes Imported

Title Citation

diseases

by immigrants and travellers: Results from the

Cooperative Network for the study of Imported Diseases by Immigrants and Travellers plus Redivi. ENFERMEDADES INFECCIOSAS Y MICROBIOLOGÍA CLÍNICA. 2012; 30(9): 528-534

Type (Original, Review, Editorial, Self publication Research

Article No Clinical Microbiology

Line: Authors

Quiles-Melero, I.; García-Rodríguez, J.; Gómez-López, A.; Mingorance,

Multicentric

J. No

Group Evaluation of matrix-assisted laser desorption/ionisation time-of-flight Title

Citation Type (Original, Review, Editorial, Self publication Research

(MALDI-TOF) mass spectrometry for identification of Candida parapsilosis, C orthopsilosis and C metapsilosis EUROPEAN JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY

&

INFECTIOUS DISEASES. 2012; 31(1): 67-71 Article Yes Molecular methods for diagnostics of infectious diseases

Line: Authors

Ramírez, E.; García-Rodríguez, J.; Borobia, A. M.; Ortega, J. M.; Lei, S.; Barrios-Fernández, A.; Sánchez, M.; Carcas, A. J.; Herrero, A.; de la

Multicentric Group Title Citation

No Use of antifungal agents in pediatric and adult high-risk areas. EUROPEAN

JOURNAL

OF

CLINICAL

INFECTIOUS DISEASES. 2012; 31(3): 337-347 Type (Original, Review, Editorial, Self publication

Article No

MICROBIOLOGY

&

Research

Clinical Microbiology

Line: Authors Multicentric Group

Martín-García, F.; Salvarelli, E.; Mendieta-Moreno, J. I.; Vicente, M.; Mingorance, J.; Mendieta, J.; Gómez- Puertas, P. No

Title

Molecular dynamics simulation of GTPase activity in polymers of the

Citation

cell division protein FtsZ. Article

Type (Original, Review, Editorial, Self publication Research

FEBS LETTERS. 2012; 586(8): 1236-1239 Yes Biochemistry and molecular biology of bacterial cell division

Line: Authors

Quiles-Melero, I.; García-Perea, A.; de Pablos, M.; Gómez-Gil, R.; Mingorance, J.

Multicentric Group

No

Title

Resistance to linezolid in a methicillin-susceptible Staphylococcus aureus

Citation

clinical isolate without previous exposure to oxazolidinones. INTERNATIONAL JOURNAL OF MEDICAL MICROBIOLOGY.

Type (Original, Review, Editorial, Self publication Research

2012; 302(3): 145-147 Article Yes Clinical Microbiology

Line: Wesselink, J. J.; López-Camacho, E.; de la Peña, S.; Ramos-Ruiz, R.; Authors

Ruiz-Carrascoso, G.; Lusa-Bernal, S.; Fernández-Soria, V. M.; GómezGil, R.; Gómez-Puertas, P.; Mingorance, J.

Multicentric Group

No

Title

Genome Sequence of OXA-48 Carbapenemase-Producing Klebsiella

Citation

pneumoniae KpO3210. JOURNAL OF BACTERIOLOGY. 2012; 194(24): 6981-6981

Type (Original, Review, Editorial, Self publication Research

Article Yes Microbial genomics

Line: Authors Multicentric Group

Romero-Gómez, M. P.; Gómez-Gil, R.; Paño-Pardo, J. R.; Mingorance, J. No Identification and susceptibility testing of microorganism by direct

Title

inoculation from positive blood culture bottles by combining MALDI-

Citation

TOF and Vitek-2 Compact is rapid and effective. JOURNAL OF INFECTION. 2012; 65(6): 513-520

Type (Original, Review, Editorial, Self publication Research

Article Yes Molecular methods for diagnostics of infectious diseases

Line: Authors

García-Bujalance, S.; Navarro-San Francisco, C.; Rubio, J. M.; Arribas, J. R.; Gutiérrez, A.

Multicentric Group

No

Title

Imported Plasmodium falciparum malaria in HIV-infected patients: a

Citation

report of two cases. MALARIA JOURNAL. 2012; 11: 136

Type (Original, Review, Editorial, Self publication Research

Article Yes Clinical Microbiology

Line: Authors

Gómez-López, A.; Cendejas-Bueno, E.; Cuesta, I.; Rodríguez, J. G.; Rodriguez-Tudela, J. L.; Gutiérrez- Altes, A.; Cuenca-Estrella, M.

Multicentric Group

No

Title

Voriconazole serum levels measured by high-performance liquid

Citation

chromatography: a monocentric study in treated patients. MEDICAL MYCOLOGY. 2012; 50(4): 439-445

Type (Original, Review, Editorial, Self publication Research

Article No Clinical Microbiology

Line:

Authors

Martos, A.; Monterroso, B.; Zorrilla, S.; Reija, B.; Alfonso, C.; Mingorance, J.; Rivas, G.; Jiménez, M.

Multicentric Group

No

Title

Isolation,

Citation

Recalcitrant FtsA Division Protein from Escherichia coli. PLOS ONE. 2012; 7(6): e39829.

Type (Original, Review, Editorial, Self publication

Article No

Characterization

and

Lipid-Binding Properties

of the

Research

Biochemistry and molecular biology of bacterial cell division

Line: Authors

Rodríguez-Baño, J.; Mingorance, J.; Fernández-Romero, N.; Serrano, L.; López-Cerero, L.; Pascual, A.

Multicentric Group

No

Title

Virulence Profiles of Bacteremic Extended-Spectrum beta-Lactamase-

Citation

Producing Escherichia coli: Association with Epidemiological and PLOS ONE. 2012; 7(9): e44238

Type (Original, Review, Editorial, Self publication Research

Article No Molecular epidemiology and evolution of pathogens

Line: Authors

García-Rodríguez, J.; Quiles-Melero, I.; Humala-Barbier, K.; Monzón, A.; Cuenca-Estrella, M.

Multicentric Group

No

Title

Isolation of Cunninghamella blakesleeana in an immunodepressed

Citation

patient MYCOSES. 2012; 55(5): 463-465

Type (Original, Review, Editorial, Self publication Research

Letter Yes Clinical Microbiology

Line: Authors

Rico-Nieto, A.; Montreuil-Iturri, C.; García-Perea, A.

Multicentric Group

No

Title

Septic arthritis in multiple myeloma patient

Citation

REVISTA CLÍNICA ESPAÑOLA. 2012; 212(6): 324-325

Type (Original, Review, Editorial, Self publication Research

Letter Yes Clinical Microbiology

Line: Authors Multicentric Group

Pemán J, Cantón E, Quindós G, Eraso E, Alcoba J, Guinea J, et al. Yes Epidemiology, species distribution and in vitro antifungal susceptibility

Title

Citation Type (Original, Review, Editorial, Self publication Research

of fungaemia in a Spanish multicentre prospective survey. Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 2012 Apr 5;67(5):1181–7.

Article No Clinical Microbiology

Line: Authors Multicentric Group

Garcia-Betancur JC, Menendez MC, Del Portillo P, Garcia MJ.

No

Title

Citation Type (Original, Review, Editorial, Self publication Research

Alignment of multiple complete genomes suggests that gene rearrangements may contribute towards the speciation of Mycobacteria.

Infect Genet Evol. 2012 Jun;12(4):819-26.

Article No Microbial Genomics

Line: Authors Multicentric Group Title

Citation Type (Original, Review, Editorial, Self publication Research

Rabello MC, Matsumoto CK, Almeida LG, Menendez MC, Oliveira RS, Silva RM,Garcia MJ, Leão SC.

No First description of natural and experimental conjugation between Mycobacteria mediated by a linear plasmid.

PLoS One. 2012;7(1):e29884.

Article No Microbial Genomics

Line:

Authors Multicentric Group

Reyes A, Sandoval A, Cubillos-Ruiz A, Varley KE, Hernández-Neuta I, Samper S, Martín C, García MJ, Ritacco V, López L, Robledo J, Zambrano MM, Mitra RD, Del Portillo P.

No

Title

IS-seq: a novel high throughput survey of in vivo IS6110 transposition in multiple Mycobacterium genomes.

Citation

BMC Genomics. 2012 Jun 15;13:249.

Type (Original, Review, Editorial, Self publication Research

tuberculosis

Article No Microbial Genomics

Line:

Authors Multicentric Group Title Citation Type (Original, Review, Editorial, Self publication Research

Suárez-García I, Noguerado A.

No Drug treatment of multidrug-resistant osteoarticular tuberculosis: a systematic literature review. Int J Infect Dis. 2012 Nov;16(11):e774-8

Article Yes Microbial Genomics

Line: Authors Multicentric Group

Suárez-García I, Paño-Pardo JR, Noguerado A.

No

Title

Multidrug-resistant tuberculous spondylitis.

Citation

Enferm Infecc Microbiol Clin. 2012 Aug;30(7):424-5.

Type (Original, Review, Editorial, Self publication Research

Article Yes Microbial Genomics

Line: Authors Multicentric Group

Ramírez Lapausa M, Pascual Pareja JF, Amer Pérez M, Vidal Pérez JL, Noguerado Asensio A.

No

Title

[Outcome and treatment among patients with multidrug-resistant tuberculosis].

Citation

Med Clin (Barc). 2012 May 26;138(15):643-9.

Type (Original, Review, Editorial, Self publication Research

Article Yes Microbial Genomics

Line:

Research projects: Principal Inv. Group Centre Title

Jesús Mingorance 18 Hospital Universitario La Paz Implicación de la isla de patogenicidad Usp de Escherichia coli en el desarrollo de síndrome de respuesta inflamatoria sistémica:

epidemiología

y

mecanismos

moleculares,

Collaborating

PI10/00795 N. Fernández-Romero, R. Gómez-Gil, M.P. Romero-Gómez,

Researchers Coordinated (Yes/Non)

M. Mora, C. Navarro, B. Rivas, M. Ossorio No

Funding Organisation

FIS

File No.

PI10/00795

Research Line:

Epidemiología molecular

Start Year - End Year

2011-2013

Management Centre

FIBHULP: YES Others: (Yes) (Indicate)

Principal Inv.

Jesús Mingorance 18 Hospital Universitario La Paz

Group Centre

DIGEN-1K Desarrollo Experimental de un Sistema de Diagnóstico Genético e Identificación de Patógenos mediante

Title

Secuenciación Genómica Collaborating

E. López, E. Salvarelli, N. Fernández, I. Quiles

Researchers Coordinated (Yes/Non)

Yes

Funding Organisation

Ministerio de Ciencia e Innovación

File No.

INNPACTO, IPT-2011-0964-900000

Research Line:

Epidemiología molecular, Métodos de diagnóstico molecular

Start Year - End Year

2011-2012

Management Centre

FIBHULP: YES

Others:

(Yes)

(Indicate)

(Grupo La Paz)

Clinical Impact: Authors Title

E. Cantón, J. García-Rodríguez, J. V. Guinea, E. Martín, J. Pemán Métodos microbiológicoa para el diagnóstico, manejo y estudio de la infección fúngica invasora

Citation

Procedimientos en Microbiología Clínica httP://www.seimc.org/documentos/protocolos/microbiologia/cap45.asp

Society

Sociedad Española de Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica

COMUNICACIONES A CONGRESOS XVI Congreso de la Sociedad Española de Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica (SEIMC): 1.- Emergencia de un nuevo fenotipo BLEE con resistencia a carbapenem en enterobacteriaceae: Carbapenemasa OXA-48 con BLEE CTX-M-15. M.R. Gómez-Gil Mira, G. Ruíz Carrascoso, N. Seara Sanz, J. Mingorance Cruz, J.R. Paño Pardo y J. García Rodríguez 2.- intervención no restrictiva sobre prescripciones antibióticas potencialmente optimizables en un hospital terciario F. Moreno Ramos, C.I. Soto Abánades, A. Rico Nieto, M. Mora Rillo, A. Herrero Ambrosio, J. García Rodríguez, J.R. Arribas y J.R. Paño Pardo 3.- Asociación de los genes blaOxa-48 y qnrB1 en aislados clínicos de Klebsiella pneumoniae en España J.M. Rodríguez Martínez, P. Díaz de Alba, L. López Cerero, G. Ruiz y A. Pascual Hernández 4.- Comparación de métodos moleculares en la detección de Chlamydia trachomatis y Neisseria gonorrhoeae S. Hernaez, P. Mejuto, N. Seara, R. Martínez-Zapico, P. Leiva y R. Cisterna 22nd ECCMID 2012: London, United Kingdom 1.- Respiratory viruses other than influenza as cause of severely respiratory infections in adult patients admitted to an intensive care unit during 2009/2010 influenza season A. Martin-Quiros, M. Romero-Gomez, J. Figueira, C. Prados, N. Martinez-Sanchez, M. Mora-Rillo, A. Rico Nieto, C. Navarro San Francisco, S. Caro Bragado, G. RuizCarrascoso, M. Quintana-Diaz, J. Paño-Pardo (Madrid, ES) 2.- Long-term impact of the discontinuation of levofloxacin use for antimicrobial prophylaxis in neutropenic patients J.R. Paño-Pardo, B. Jiménez-Munárriz, F. Moreno-Ramos, M.P. Romero-Gómez, A. Rodríguez de la Rúa, A. Martín-Vega, Á. Otero, M. Canales-Albendea (Madrid, ES) 3.-Clinical features and outcome of 26 bloodstream infections (BSI) caused by OXA-48 producing Enterobacteriaceae in a university hospital in Spain C. Navarro San Francisco, M. Mora Rillo, M.P. Romero Gómez, A. Rico Nieto, S. Caro Bragado, F. Moreno Ramos, G. Ruiz Carrascoso, C.I. Soto Abanades, R. Gomez Gil, J. García Rodríguez, J.R. Arribas López, J.R. Paño Pardo (Madrid, ES) 4.- Virulence factors and phylogroups are not associated with patients’ features or source of infection in bacteraemic ESBL-producing Escherichia coli: a prospective multicentre cohort

J. Rodríguez-Baño*, J. Mingorance, N. FernándezRomero, L. Serrano, L. LópezCerero, A. Pascual on behalf of the ESBL-REIPI Group 52nd ICAAC | Sept. 9 - 12, 2012 | San Francisco, California 1.- Virulence Factor Gene cnf and Beta-Lactamase Gene TEM are Associated with an Increased Severity of Escherichia coli Blood Stream Infections M. Mora-Rillo, N. Fernández-Romero, C. Navarro San Francisco, M. P. RomeroGómez, J. R. Paño-Pardo, J. R. Arriba 2.- Prevalence of and Risk Factors for Biliary Carriage of Multidrug-Resistant Bacteria E. Maseda, G. Maggi, R. Gomez-Gil, G. Ruiz, R. Madero, L. Aguilar, F. Gilsanz PUBLICACIONES 2013 1) Mechanisms of linezolid-resistance among staphylococci in a tertiary hospital. Quiles-Melero I, Gómez-Gil R, Romero-Gómez MP, Sánchez-Díaz AM, de Pablos M, García-Rodriguez J, Gutiérrez A, Mingorance J. J Clin Microbiol. 2013 Mar;51(3):9981001 2) Bacteraemia due to OXA-48 carbapenemase-producing Enterobacteriaceae: a major clinical challenge. Navarro-San Francisco C, Mora-Rillo M, Romero-Gómez MP, Moreno-Ramos F, Rico-Nieto A, Ruiz-Carrascoso G, Gómez-Gil R, Arribas-López JR, Mingorance J, Paño-Pardo JR. Clin Microbiol Infect. 2012 Nov 2. Clin Microbiol Infect. 2013 Feb;19(2):E72-9. 3) Endocarditis polimicrobiana: coinfección por fiebre Q crónica y Enterococcus faecalis. M. Mora-Rillo, N. Martín-Suñé, M.P. Romero-Gómez, M.C. FernándezCapitán. Rev Clin Esp. 2013 Apr;213(3):172-3. 4) Evolución favorable en un caso de enfermedad neonatal grave ECHOVIRUS 11. Muñoz-Velez M, Omeñaca F, Cabrerizo M and Romero-Gómez M.P. Enferm Infecc Microbiol Clin. 2013 Oct;31(8):561-2. 5) Rapid Detection and Quantitation of Ganciclovir Resistance in Cytomegalovirus Quasispecies. Guillermo Ruiz-Carrascoso, María Pilar Romero-Gómez, Diego Plaza and Jesús Mingorance. Journal of Medical Virology 9999:1–8 (2013) 6) Evaluation of combined use of MALDI-TOF and Xpert® MRSA/SA BC assay for the direct detection of methicillin resistance in Staphylococcus aureus from positive blood culture bottles. Romero-Gómez M.P.*, Muñoz-Velez M., Gómez-Gil R and Mingorance J. J Infect. Volume 67, Issue 1, July 2013, Pages 91–92 7) COMMUNITY-ACQUIRED PNEUMONIA DURING THE FIRST POSTPANDEMIC INFLUENZA SEASON: A PROSPECTIVE, MULTICENTRE COHORT (POSTP10-11) STUDY FROM SPAIN. Diego Viasus,a Carmen Marinescu,b Aroa Villoslada,c Elisa Cordero,d Juan Gálvez-Acebal,e María C. Fariñas,f Irene GraciaAhufinger,g Anabel Fernández-Navarro,a Jordi Niubó,a Lucia Ortega,h Elena MuñezRubio,i María P. Romero-Gómez,j Jordi Carratalàa and the Influenza A (H1N1) Study Group of the Spanish Network for Research in Infectious Diseases (REIPI). J Infect. 2013 Sep;67(3):185-93.

8) Immunochromatographic Test for Detection of Adenovirus from Respiratory Samples: Is it a real solution for Paediatric Emergency Department? Romero-Gómez M.P.*(), Rosario López López,, Remedios González Montes, Cristina Ots Ruiz, Sara Hierro Cuesta, María Antonia Martín Crespo and Santos García García. J Virol Methods. 2014 Jan;195:236-9. 9) Bacteraemia due to MRSA carrying the mecC gene in a patient with urothelial carcinoma. María Pilar Romero-Gómez*, Marta Mora-Rillo, Fernando Lázaro-Perona, María Rosa Gómez-Gil and Jesús Mingorance. J Med Microbiol. 2013 Dec;62(Pt 12):1914-6. 10) Human papillomavirus mRNA testing for the detection of anal high-grade squamous intraepithelial lesions in HIV-positive men who have sex with men. Elena Sendagorta Cudós, Maria P Romero Gomez, Beatriz Hernandez Novoa, Ander Mayor, Jose I Bernardino De La Serna, Miriam Estébanez Muñoz, Jose María Viguer Moreno, María J Beato Merino, Pedro Herranz Pinto. Sexual Health 11/2013; 10(6):573-574. DOI:10.1071 11) Incidencia etaria y geográfica y patrón de sensibilidad a los antifúngicos de las especies de Candida causantes de candidemia en la población pediátrica española. Enferm Infecc Microbiol Clin. 2013. 12) Métodos microbiológicos para el diagnóstico, manejo y estudio de la infección fúngica invasora. Enferm Infecc Microbiol Clin. 2013. 13) Prevalence of and Risk Factors for Biliary Carriage of Bacteria Showing Worrisome and Unexpected Resistance Traits E. Maseda, G. Maggi,a R. Gomez-Gil, G. Ruiz, R. Madero, A. Garcia-Perea, L. Aguilar, F. Gilsanz,a J. Rodriguez-Baños J. Clin. Microbiol. 2013, 51(2):518. DOI: 10.1128/JCM.02469-12. 14) Improving linezolid use decreases the incidence of resistance among Gram-positive microorganisms Elena Ramírez, Rosa Gómez-Gil, Alberto M. Borobiaa, Francisco Moreno, Claudia Zegarra, Raúl Muñoz, Zaida Rentero, Carolina de Montreuil, Diana González, Sonsoles Hernández, Alicia Herrero, Avelino Gutiérrez, Jesús Frías International Journal of Antimicrobial Agents.Volume 41, Issue 2, February 2013, Pages 174–178 15) Infections caused by OXA-48-producing Klebsiella pneumoniae in a tertiary hospital in Spain in the setting of a prolonged, hospital-wide outbreak José Ramón Paño-Pardo, Guillermo Ruiz-Carrascoso, Carolina Navarro-San Francisco, Rosa Gómez-Gil,Marta Mora-Rillo, Marıía Pilar Romero-Gómez, Natalia FernándezRomero, Julio Garcıa-Rodrıguez,Veronica Pérez-Blanco, Francisco MorenoRamosandJesúsMingorance J. Antimicrob. Chemother. (2013) 68 (1): 89-96. 16) Genome sequence of Klebsiella pneumoniae KpQ3, a DHA-1 β-lactamaseproducing nosocomial isolate Raquel Tobes, Francisco Codoñer, Elena López-Camacho, IñigoSalanueva, Marina Manrique, Marta Brozynska, Rosa Gómez-Gil, Juan Martínez-Blanch, Miguel AlvarezTejado, Eduardo Pareja, and JesúsMingorance (genomeA0016712R1),GenomeAnnouncements2013 17) Borchani H, Bielza C, Toro C, Larrañaga P. Predicting human immunodeficiency virus inhibitors using multi-dimensional Bayesian network classifiers. Artif Intell Med. 2013;57(3):219-29.

18) Use of fidaxomicin through a nasogastric tube for the treatment of septic shock caused by Clostridium difficile infection in a patient with oral cancer admitted to the Surgical Critical Care Unit. Maseda E, Hernandez-Gancedo C, Lopez-Tofiño A, Suarez-de-la Rica A, GarciaBujalance S, Gilsanz F. Rev Esp Quimioter. 2013 Dec;26(4):375-7. 19) [Clostridium difficile infection due to ribotype 027: Description of an imported case in Spain.] Muñoz-Vélez M, García-Bujalance S. Enferm Infecc Microbiol Clin. 2013 Dec 10. pii: S0213-005X(13)00325-X. doi: 10.1016/j.eimc.2013.10.009. 20) The situation and management of Clostridium difficile infection in Spain: an opinion document. Bouza E, Marín M, Peláez T, Alcalá L; Group for Clostridium difficile Infection of the Spanish Society for Chemotherapy. Rev Esp Quimioter. 2013 Sep;26(3):261-86 21) [Control of Chagas disease in pregnant Latin-American women and her children]. Merino FJ, Martínez-Ruiz R, Olabarrieta I, Merino P, García-Bujalance S, Gastañaga T, Flores-Chavez M; Grupo de Estudio de la Enfermedad de Chagas de la Comunidad de Madrid. Rev Esp Quimioter. 2013 Sep;26(3):253-60. 22) Is etravirine and two nucleosides an option for HIV with an isolated K103N mutation? Estebanez M, Stella-Ascariz N, Ruiz-Carrascoso G, Zamora FX, García-Bujalance S, Bernardino JI, Pérez-Valero I, Martin-Quirós A, Mingorance J, Arribas JR. AIDS. 2013 Jan 2;27(1):141-4. doi: 10.1097/QAD.0b013e328358fcc2. 23) [Microbiological diagnosis of Cryptosporidium spp. and Giardia intestinalis in paediatrics]. García-Bujalance S, García-Gil V, Baquero-Artigao F. Enferm Infecc Microbiol Clin. 2013 Mar;31(3):193-4. doi: 10.1016/j.eimc.2012.04.005. 24) Analysis of transmitted drug resistance in Spain in the years 2007-2010 documents a decline in mutations to the non-nucleoside drug class. Monge S, Guillot V, Alvarez M, Peña A, Viciana P, García-Bujalance S, Pérez Elias MJ, Iribarren JA, Gutiérrez F, Itziar Casado M, Garcia F; CoRIS. Clin Microbiol Infect. 2012 Nov;18(11):E485-90. doi: 10.1111/1469-0691.12011. 25) Imported Plasmodium falciparum malaria in HIV-infected patients: a report of two cases. García-Bujalance S, Francisco CN, Rubio JM, Arribas JR, Gutierrez A. Malar J. 2012 Apr 27;11:136. doi: 10.1186/1475-2875-11-136. 26) Control by potassium of the size distribution of Escherichia coli FtsZ polymers is independent of GTPase activity. Ahijado-Guzmán R, Alfonso C, Reija B, Salvarelli E, Mingorance J, Zorrilla S, Monterroso B, Rivas G. J Biol Chem. 2013 Sep 20;288(38):27358-65. doi: 10.1074/jbc.M113.482943 27) Intrinsic disorder of the bacterial cell division protein ZipA: coil-to-brush conformational transition. López-Montero I, López-Navajas P, Mingorance J, Rivas G, Vélez M, Vicente M, Monroy F. FASEB J. 2013 Aug;27(8):3363-75. doi: 10.1096/fj.12-224337.

28) Ruiz-Carrascoso G, Romero-Gómez MP, Plaza D, Mingorance J. Rapid detection and quantitation of ganciclovir resistance in cytomegalovirus quasispecies. J Med Virol. 2013 Jul;85(7):1250-7. doi: 10.1002/jmv.23570. 29) Outcome of bacteraemia due to extended-spectrum β-lactamase-producing Escherichia coli: impact of microbiological determinants Rodríguez-Baño J, Mingorance J, Fernández-Romero N, Serrano L, López-Cerero L, Pascual A; ESBL-REIPI Group.. J Infect. 2013 Jul;67(1):27-34. doi: 10.1016/j.jinf.2013.04.006. 30) Membrane reconstitution of FtsZ-ZipA complex inside giant spherical vesicles made of E. coli lipids: large membrane dilation and analysis of membrane plasticity López-Montero I, López-Navajas P, Mingorance J, Vélez M, Vicente M, Monroy F. Biochim Biophys Acta. 2013 Feb;1828(2):687-98. doi: 10.1016/j.bbamem.2012.11.003.

PROGRAMACIÓN DE ACTIVIDADES COMPLEMENTARIAS •

Asistencia a cursos. Se facilitará la asistencia a cursos externos de formación de los residentes; particularmente a los organizados por sociedades científicas de nuestro ámbito, tales como los cursos sobre Microbiología y Parasitología organizados por la Sociedad Española de Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica (SEIMC), Sociedad Madrileña de Microbiología Clínica (SMMC) y otros similares. Todos los residentes realizarán cuantos Cursos del programa de

Formación Médica Continuada del Hospital

puedan ser de interés para su

formación, no solo como especialista sino como profesional de una especialidad sanitaria, siempre que no impidan la formación práctica de su especialidad. El residente solicitará la asistencia, que será autorizada por el tutor. •

Asistencia a congresos. Uno de los objetivos del programa de formación consiste en la elaboración de comunicaciones científicas o profesionales para los congresos relacionados con la Especialidad.

•

Desarrollo y puesta en marcha de nuevas técnicas. Siempre que en una de las áreas antes citadas se prepare un trabajo especial, bien implantación de una nueva técnica, bien instalación y aceptación de un nuevo equipo, el residente participará en su desarrollo e implantación.

•

Programas de Doctorado. Se permitirá a los residentes la realización de estudios de postgrado en la cátedra de Microbiología de la Universidad y tendrán preferencia los estudios en Microbiología, Enfermedades infecciosas, Biología molecular y Prevención y Control de Infecciones. La realización de estudios de doctorado o cualquier otra actividad formativa no podrá ser alegada para obtener dispensa de las actividades formativas o laborales propias del residente, por lo que la posibilidad que se ofrece de compatibilizar los estudios de doctorado debe entenderse hecha siempre que dichos estudios no alteren o menoscaben su formación como especialista.

Las rotaciones externas consisten en períodos de formación práctica realizados en servicios o unidades de otros centros sanitarios, docentes o de investigación. Las rotaciones externas deben ser autorizadas por el órgano competente de la Comunidad Autónoma. Esta autorización requiere el cumplimiento de los siguientes requisitos:

b1) Deben ser propuestas por el tutor a la Comisión de Docencia especificando los objetivos que se pretenden; éstos deben referirse a la ampliación de conocimientos o al aprendizaje de técnicas no practicadas en la unidad docente del Hospital y que, según el programa de formación, son necesarias o complementarias del mismo. b2) Deben realizarse preferentemente en centros acreditados para la docencia o en centros de reconocido prestigio. No se autorizarán rotaciones externas durante los tres meses anteriores a la finalización de la residencia b3) El período de rotaciones no podrá superar los 12 meses en el conjunto del tiempo total de formación y se realizarán preferentemente en los últimos años de residencia. b4)

Que la Dirección Gerencia del Hospital se comprometa

expresamente a seguir abonando al residente la totalidad de sus retribuciones,

incluidas las derivadas de la atención continuada que realice durante la rotación externa. b5) Que la Comisión de Docencia de destino manifieste expresamente su conformidad con la rotación. Cada rotación externa contará con un responsable en el servicio de destino que supervisará y evaluará al residente en la rotación. El residente es responsable de trasladar el informe y evaluación de la rotación a su tutor y éste, a su vez, de trasladarlo a la Comisión de Docencia. Se facilitarán y promoverán las rotaciones externas para el aprendizaje de técnicas especiales que no estén implantadas en nuestro Hospital. . Previamente a la solicitud formal de la rotación se hablará con el tutor de Microbiología o de la Sección del Hospital de destino para acordar el calendario de estancia que permita un mayor aprovechamiento de la actividad del Residente. En cualquier caso se estará a lo dispuesto en el documento “Guía para la tramitación de rotaciones externas” de Formación de Especialistas en Ciencias de la Salud, de fecha 6 de Mayo de 2008, editado por la Unidad de Formación Especializada de la Agencia “Laín Entralgo” Objetivos a alcanzar de formación en investigación : Para los MIR/FIR por año de residencia: •

Los R1/2: elaborarán una comunicación al congreso nacional.

•

Los R3: elaborarán un artículo con la finalidad de su publicación

en una revista de ámbito nacional. •

Los R4: elaborarán un artículo con la finalidad de su publicación

en una revista de ámbito internacional y una comunicación a un congreso internacional.

MATERIAL DOCENTE Libros recomendados de la Especialidad •

Manual of Clinical Microbiology,10th ed. J Versalovic, K.C. Carroll, G.Funke, J.H. Jorgensen, M.L Landry, D. W. Warnock. ASM Press 2011

•

Principles and Practice of Infectious Diseases. 7th ed G.L: Mandell, R. G. Douglas, J:E: Bennet, Wiley Medical

•

Clinical Microbiology Procedures 2th ed. H.D. Isenberg. ASM Press

•

Clinical Virology Manual 4th ed, S.C. Specter, R.L. Hodinka, S.A. Young, D.L.Wiedbrauk. ASM Press

•

Fields Virology. D. M. Knipe, P. M. Howley, D. E. Griffin, R. A. Lamb, M. A. Martin, B. Roizman, S.E. Straus. Lippincott Williams and Wilkins

•

Manson´s Tropical Diseases, 23th ed, J Farrar, P. Hotez, T. Junghanss, G. Kang, D. Lalloo, N. White. 2013

•

Diagnostic Medical Parasitology, 5th ed. LS. García. ASM Press

•

Atlas of human Parasitology, 5th ed . Lawrence R. Ash, Thomas C. Orihel. ASM Press 2007

•

Sexually Transmitted Disease. K.K. Holmes, P. Mardh, P.F. Sparling, P.J: Wiesner, W. Cates, S. M. Lemon, W.E. Stamm. Mc Graw-Hill.

•

Molecular Genetics of Bacteria. L. Zinder, W. Champness. ASM Press.

Revistas Recomendadas de la Especialidad: •

Journal of Clinical Microbiology

•

Antimicrobial Agents Chemotherapy

•

Clinical Microbiology Reviews

•

Journal of Infectious Diseases

•

Clinical infectious Diseases

•

The Lancet Infectious Diseases

•

Emerging Infectious Diseases

•

Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica

•

Journal of Antimicrobial Chemotherapy

•

Journal of Virology

•

Journal of Bacteriology

•

Clinical microbiology Newsletter

•

Diagnostic Microbiology and Infectious Disease

•

Clinical Microbiology and Infection

•

European Journal of Clinical Microbiology and Infectious disease

•

Infection Control and Hospital Epidemiology

•

Journal of Hospital Infection

•

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology

•

AIDS

•

Sexual Transmitted Diseases.

Revistas Básicas de Medicina •

The Lancet

•

Nature Medicine

•

New England Journal of Medicine

•

Science

•

Medicina Clínica

PLAN DE ACOGIDA DEL RESIDENTE: Los documentos que se entregarán al residente a la llegada al Servicio son: •

Manual de acogida del Servicio de Microbiología (Anexo 1)

•

Manual de Seguridad (Anexo 2)

•

Manual de Recogida y Envio de Muestras (anexo 3)

•

Guardia Docente (anexo 4)

•

Serología Urgencias (anexo 5)

•

Guía formativa de la Unidad Docente

El residente será informado y firmará el Compromiso de Confidencialidad del Servicio.

RECURSOS HUMANOS Jefe de Servicio Adjuntos

Julio García Rodríguez María Dolores Montero Vega Manuela de Pablos Gómez Amalia de Urmeneta Rada Adela García Perea Rosa Gómez-Gil Mira Silvia García Bujalance María Pilar Romero Gómez Guillermo Ruiz Carrascoso María Inmaculada Quiles Melero Alicia Rico Nieto Carlos Toro Rueda Ana Enríquez Crego Mercedes Subirats Núñez Teresita del Niño Jesús Gutiérrez Angulo Concepción Ladrón de Guevara García

Investigador Doctor en Ciencias Biológicas: Jesús Mingorance Tutores de Residentes:

Silvia García Bujalance Adela García Perea Manuela de Pablos Gómez

Residentes:

11

Supervisora:

Teresa Pérez Pérez

ATS/DUE:

6

Técnicos de Laboratorio: 30 Auxiliar de clínica:

1

Auxiliares administrativos 7

ESQUEMA ORGANIZATIVO DEL SEVICIO HOSPITAL UNIVERSITARIO LA PAZ 1. Jefe de Servicio y Responsable del Laboratorio de Micología: Dr. Julio García Rodríguez 2. Laboratorio de Exudados profundos y Tutora de Residentes: Dra. Adela García Perea 3. Laboratorio de Coprocultivos y Parásitos y Tutora de Residentes: Dra. Silvia García Bujalance 4. Laboratorio de Exudados Superficiales y Tutora de Residentes: Dra. Manuela de Pablos Gómez 5. Laboratorio de Hemocultivos y Virología: Dra. María Pilar Romero Gómez 6. Laboratorio de Urocultivos: Dra. Amalia Urmeneta Rada 7. Laboratorio de Antibióticos: Dra. Rosa Gómez-Gil Mira 8. Laboratorio de Micobacterias e Infecciones de Transmisión Sexual: Dra. Inmaculada Quiles Melero 9. Laboratorio de Serología y Biología Molecular: Dra. Dolores Montero Vega 10. Laboratorio de Epidemiología: Dr. Guillermo Ruiz Carrascoso 11. Unidad de Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica (UMCEI): Dra. Alicia Rico Nieto 12.

13. 14.

Laboratorio de Micobacterias y Biología Molecular Dr. Carlos Toro Rueda Dra. Ana Enriquez Crego Laboratorio de Parasitología: Mercedes Subirats Núñez Laboratorio de Serología: Teresita del Niño Jesús Gutiérrez Angulo

RECURSOS FÍSICOS HOSPITAL UNIVERSITARIO LA PAZ

- Laboratorios físicamente separados: 12 (Con sistemas de seguridad biológica 2) -

Unidad de preparación de material y medios de cultivo, incluyendo lavado y esterilización

- Área de recogida de muestras - Área de toma de muestras - Cámaras frigoríficas: 3 - Cámara de incubación - Cámara oscura para microscopía de fluorescencia y contraste de fases - Sala de reuniones y biblioteca con sistema de proyección - Áreas de secretaría específica: 2 - Almacenes de medios de cultivo, reactivos y material de laboratorio: 2 - Área de archivo - Sala de ordenadores - Despachos: 5

- Laboratorio de Micobacterias (con sistema de seguridad biológica) - Laboratorio de Parasitología - Laboratorio de Biología Molecular - Laboratorio de Serología - Laboratorio de Bacteriología General − Despachos.

ANEXO 6. ACTIVIDAD ASISTENCIAL DEL SERVICIO DE MICROBIOLOGÍA DEL HOSPITAL UNIVERSITARIO LA PAZ 1.- ACTIVIDAD ASISTENCIAL DIAGNÓSTICA: MUESTRAS UROCULTIVOS ETS LCR HEMOCULTIVOS COPROCULTIVOS PARÁSITOS EX. SUPERFICIALES EX. PROFUNDOS ANTIBIOGRAMAS MICOBACTERIAS HONGOS PCR VIRUS EPIDEMIOLOGÍA SEROLOGÍA MUESTRAS SEROLOGÍA DETERMINACIONES

2012 46199 11769 1151 26038 9009 8229 17717 8934 17786 5876 6964 7870 12203 9422 44679

2013 49618 12693 1005 26038 9009 8229 15744 9284 21657 5221 7028 7387 12986 30955 42986

265912

230453

2.- ACTIVIDAD ASISTENCIAL ENFERMEDADES INFECCIOSAS:

Interconsultas pacientes ingresados Consultas externas

CLÍNICA

2012 8331 296

DE

LA

2013 6945 119

3.- TOMA DE MUESTRAS A PACIENTES PARA CULTIVO:

HONGOS EXUDADOS URETRALES ÚLCERAS GENITALES PERNASAL BORDETELLA

2012 2095 457 115 14

2013 2738 578 91 21

UNIDAD

DE