Pengantar Sebagai seorang Presiden RI, Gus Dur memiliki pendekatanpendekatan yang berbeda dalam menyikapi suatu permasalahan bangsa. Ia melakukan pendekatan yang lebih simpatik kepada kelompok Gerakan Aceh Merdeka (GAM), mengayomi etnis Tionghoa , meminta maaf kepada keluarga PKI yang mati dan disiksa, dan lain-lain. Selain itu, Gus Dur juga dikenal sering melontarkan pernyataan-pernyataan kontroversial, yang salah satunya adalah mengatakan bahwa anggota MPR RI seperti anak TK. Hanya sekitar 20 bulan Gus Dur menjabat sebagai Presiden RI. Musuh-musuh politiknya memanfaatkan benar kasus Bulloggate dan Bruneigate untuk menggoyang kepemimpinannya. Belum lagi hubungan yang tidak harmonis dengan TNI, Partai Golkar, dan elite politik lainnya. Gus Dur sendiri sempat mengeluarkan dekrit yang berisi (1) pembubaran MPR/DPR, (2) mengembalikan kedaulatan ke tangan rakyat dengan mempercepat pemilu dalam waktu satu tahun, dan (3) membekukan Partai Golkar sebagai bentuk perlawanan terhadap Sidang Istimewa MPR. Namun dekrit tersebut tidak memperoleh dukungan dan pada 23 Juli 2001, MPR secara resmi memberhentikan Gus Dur dan menggantikannya dengan Megawati Sukarnoputri. Sebelumnya, pada Januari 2001, Gus Dur mengumumkan bahwa Tahun Baru Cina (Imlek) menjadi hari libur opsional. Tindakan ini diikuti dengan pencabutan larangan penggunaan huruf Tionghoa.

Kebijakan Ekonomi Lain pemimpin, lain pula rintangannya. Di masa pemerintahan Abdurrahman Wahid (Gus Dur), perekonomian Indonesia kembali menghadapi tantangan berat. Kebijakan-kebijakan ekonomi Gus Dur yang mengundang kerutan di dahi para pakar, juga perseteruannya dengan DPR dan IMF mempengaruhi iklim perekonomian Indonesia saat itu. Sejumlah kebijakan seperti upaya mengubah independensi BI lewat amandemen UU BI, bea masuk impor mobil mewah untuk KTT G-15 yang jauh lebih rendah dari yang seharusnya (hanya 5% sementara seharusnya 75%), dan otonomi daerah yang membebaskan daerah untuk mengajukan pinjaman luar negeri tidak populer di masyarakat dan menuai protes. Kondisi perekonomian yang tampak memburuk setelah sebelumnya menunjukkan gejala-gejala kepulihan di masa pemerintahan BJ Habibie meresahkan publik dan para investor. Nilai tukar Rupiah terhadap Dollar AS yang semula Rp. 7.500 (1999) menjadi Rp. 9.800 (2001), Pergerakan Indeks Harga Saham Gabungan (IHSG) turun dari 580 menjadi 458, begitu pun tingkat pertumbuhan ekonomi yang semula 5% (2000) menjadi 3,6% (2001). Sebaliknya, tingkat inflasi pun meningkat drastis, dari 2% (1999) menjadi 12,6% (2001). Di luar itu, pemerintahan Gus Dur bukannya tanpa capaian. Melalui desentralisasi fiskal, pemerintah berama-sama dengan Bank Dunia brupaya menurunkan tingkat kemiskinan melalui program pengembangan kecamatan.

Kebijakan Politik Salah satu kebijakan politik Abdurrahman Wahid pada awal pemerintahannya adalah membubarkan Departemen Penerangan. Pada masa Orde Baru, Departemen Penerangan dimanfaatkan oleh Presiden Soeharto sebagai alat untuk mengekang kebebasan pers. Oleh sebab itu, Gus Dur menghendaki pembubaran Departemen Penerangan agar kebebasan pers bisa terjamin. Kemudian, Gus Dur juga menjadikan Departemen Koperasi dan Pengusaha Kecil Menengah (PKM), sebagai Menteri Negara. Salah satu kebijakan di bidang politik yang paling menuai kontroversi adalah wacana akan dicabutnya ketetapan MPR tentang pelarangan Partai Komunis yang tertuang dalam Tap MPR Nomor 25 Tahun 1966. Reformasi yang dilakukan pemerintah pada masa pemerintahan Abdurrahman Wahid ini bertujuan untuk melakukan rekonsiliasi.

Kebijakan Sosial Abdurrahman Wahid dikenal sebagai Presiden Indonesia yang sangat lekat dengan budaya. Ia kerap mengatasi masalah disintegrasi dan konflik antarumat beragama dengan melakukan pendekatan secara kebudayaan. Abdurrahman Wahid memberikan kebebasan pada rakyatnya dalam kehidupan bermasyarakat dan beragama. Hal ini dibuktikan dengan beberapa kebijakan yang ia keluarkan, yaitu: 1) Keppres No 6 Tahun 2000 tentang Pemulihan Hak Sipil Penganut Agama Khonghucu 2) Menetapkan Tahun Baru China atau Imlek sebagai hari besar agama atau hari libur nasional. Selain itu, kebijakan lainnya yang menuai kontroversi adalah sebagai berikut: 1) Mencopot Kapolri Jenderal Polisi Roesmanhadi 2) Mencopot Kapuspen Hankam Mayjen TNI Sudradjat 3) Mencopot Menkopolkam Wiranto 4) Mengumumkan tentang Menteri Kabinet Pembangunan Nasional yang terlibat korupsi, kolusi dan nepotisme (KKKN 5) Abdurrahman Wahid menyetujui nama Irian Jaya berubah menjadi Papua

Kegagalan Puncak dari jatuhnya pemerintahan Gus Dur adalah adanya dugaan dirinya mengetahui pencairan dan penggunaan dana Yanatera Bulog atau dikenal dengan kasus Bulog Gate. Proses politik yang berlangsung di DPR tersebut kemudian mencuat hingga ke Sidang Istimewa MPR pada 23 Juli 2001. Di mana Gus Dur dicopot dari jabatanya sebagai presiden, tanpa melalui mekanisme hukum atau proses pengadilan. Masa pemerintahan Gus Dur berakhir pada Juli 2001 dan MPR mengadakan sidang istimewa yang memilih Megawati Soekarnoputri sebagai penggantinya Kelemahan Pemerintahan Gus Dur 1. Rendahnya tingkat popularitas Gus Dur 2. Masyarakat kurang antusias dengan gaya pemerintahan gus dur 3. Beberapa keputusan kontroversial 4. Tidak mempunyai basis politik yang kuat diparlemen 5. Proses terpilihnya Gus Dur yang unik 6. Banyak yang menarik dukungan karena sikap ditunjukan Gus Dur 7. Keterbatasan fisik berdampak pada sektor ekonomi 8. Penghamburan dana APBN untuk perjalanan luar negeri 9. Munculnya pengangguran