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17/09/2014 Fecha del CVA Parte A. DATOS PERSONALES Nombre y apellidos Francisco J. Planes Pedreño DNI/NIE/pasaporte 34831051N Edad 33 http://www.researcherid.com/rid/HResearcher ID 3341-2013 Núm. identificación del investigador Código Orcid A.1. Situación profesional actual Organismo Centro de Estudio e Investigaciones Técnicas (CEIT) Dpto./Centro Grupo de Bioinformática Parque Tecnológico de San Sebastián Dirección Paseo Mikeletegi, Nº 48 20009, Donostia - San Sebastián Teléfono 943212800 correo electrónico [email protected] Categoría profesional Investigador Fecha inicio 01/09/2009 Espec. cód. UNESCO 2404.99 Otras Palabras clave Biología de Sistemas, Ingeniería Metabólica A.2. Formación académica (título, institución, fecha) Licenciatura/Grado/Doctorado Universidad Ingeniería Industrial Universidad de Navarra Doctor en Bioinformática Brunel University

Año 2004 2008

A.3. Indicadores generales de calidad de la producción científica (véanse instrucciones) Número de sexenios concedidos: Fecha de último sexenio concedido: Número de tesis doctorales dirigidas en los últimos 10 años: 3 Número total de citas: 156 Promedio de citas/año durante los últimos 5 años: 23,4 Publicaciones totales en primer cuartil (Q1): 17 h-index: 7 Parte B. RESUMEN LIBRE DEL CURRÍCULUM (máximo 3500 caracteres, incluyendo espacios en blanco) Desde febrero de 2005 hasta agosto de 2008 desarrollé mi tesis doctoral en el departamento de matemáticas de la Universidad de Brunel. La tesis consistió en el uso de algoritmos y modelos matemáticos de optimización, típicamente utilizados en el ámbito de la investigación operativa, en un contexto diferente: la bioinformática y la biología de sistemas, disciplinas emergentes en ese momento. En particular, durante mi tesis me focalicé en el modelado de rutas metabólicas a escala genómica. Por este trabajo de investigación fui galardonado con un premio de doctorado por la Universidad de Brunel. Poco después de finalizar la tesis doctoral empecé a trabajar en el grupo de bioinformática del Ceit. En particular, comencé a desarrollar una línea de investigación independiente en el ámbito de la ingeniería metabólica y la biología de sistemas. En estos años, hemos desarrollado gran experiencia en la integración de distintas fuentes de datos de tecnologías de alta resolución molecular (genómica, transcriptomica, proteómica, metabolómica), particularmente para extraer propiedades metabólicas en distintos escenarios de interés en medicina, biotecnología, ecología, etc. Actualmente, también estamos trabajando en el área de drug repositioning, de gran relevancia para el sector farmacéutico, y reprogramación metabólica en cáncer. En este período, he dirigido y participado en 5 proyectos en este ámbito. Principalmente, utilizamos herramientas de optimización y estadística para llevar a cabos estos proyectos. Desde septiembre de 2012 soy el responsable del grupo de bioinformática, actualmente compuesto por 7 personas.

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De mi experiencia investigadora han surgido 20 publicaciones en revista especializada e indexada, 17 de ellas en el primer cuartil. Algunas de estas publicaciones en revistas de alto impacto, como Genome Biology. También he hecho 16 contribuciones a congresos. Soy revisor de las revistas más importantes de biología computacional: Bioinformatics, Plos Computational Biology, Briefings in Bioinformatics, Genome Biology, Bmc Bioinformatics, Bmc Systems Biology. He dirigido dos tesis doctorales, co-dirigido una y actualmente dirijo una más. Actualmente trabajo en colaboración con distintas empresas (Janus, Intelligent Pharma) para transferir el conocimiento desarrollado en estos años a mercado. En unos de los proyectos que lidero actualmente estamos evaluando el posible lanzamiento de un spinoff que dé servicio a la industria farmacéutica y biotecnología. A su vez, soy profesor titular por ANECA desde abril de 2014 y en la Universidad de Navarra de Septiembre de este mismo año. Actualmente, imparto clase de Investigación Operativa en 4º curso del grado de tecnologías industriales y Biología Computacional en 3º curso del grado de ingeniería biomédica, asignatura más alineada con mi investigación. A su vez, imparto la asignatura de Diseño y Análisis de Experimentos en el Máster de Ingeniería Biomédica. También colaboro en el Máster de Nutrición y Metabolismo de la Universidad de Navarra en la asignatura de Nutriomics. Finalmente, he dirigido el proyecto fin de carrera, grado y prácticas de 18 estudiantes, 10 de ellos en el área de Bioinformática y Biología de sistemas. Parte C. MÉRITOS MÁS RELEVANTES (ordenados por tipología) C.1. Publicaciones Autores: Jon Pey, J. Prada, J. E. Beasley and Francisco J. Planes Título: Path finding methods accounting for stoichiometry in metabolic networks Revista: Genome Biology Volumen: 12 Páginas: R49 Año: 2011 Autores: Jon Pey, Angel Rubio, Constantinos Theodoropoulos, Marta Cascante and Francisco J. Planes Título: Integrating tracer-based metabolomics data and metabolic fluxes in a linear fashion via Elementary Carbon Modes Revista: Metabolic Engineering Volumen: 14(4) Páginas: 344-53 Año: 2012 Autores: Ander Muniategui, Jon Pey, Francisco J. Planes and Angel Rubio Título: Joint analysis of miRNA and mRNA expression data Revista: Briefings in Bioinformatics Volumen: 14(3) Páginas: 263-278 Año: 2013 Autores: Alberto Rezola, Jon Pey, Angel Rubio and Francisco J. Planes Título: Selection of human tissue-specific elementary flux modes using gene expression data Revista: Bioinformatics Volumen: 29(16) Páginas: 2009-2016 Año: 2013

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Autores: Jon Pey, Kaspar Valgepea, Angel Rubio, John E. Beasley and Francisco J. Planes Título: Integrating gene and protein expression data with genome-scale metabolic networks to infer functional pathways Revista: BMC Systems Biology Volumen: 7 Páginas: 134 Año: 2013 Autores: Jana Seifert, Florian-Alexander Herbst, Per Halkjaer Nielsen, Francisco J. Planes, Nico Jemlich, Manuel Ferrer, Martin von Bergen Título: Bioinformatic progress and applications in metaproteogenomics for bridging the gap between genomic sequences and metabolic functions in microbial communities Revista: Journal of Proteomics Volumen: 00 Páginas: 1-19 Año: 2013 Autores: Jon Pey, Francisco J. Planes and John E. Beasley Título: Refining carbon flux paths using atomic trace data Revista: Bioinformatics Volumen: 30(7) Páginas: 975-980 Año: 2014 Autores: Alberto Rezola, Jon Pey, Luis Tobalina, Angel Rubio, John E. Beasley and Francisco J. Planes Título: Advances in network-based metabolic pathway analysis and gene expression data integration Revista: Briefings in Bioinformatics (accepted) Año: 2014 Autores: Jon Pey and Francisco J. Planes Título: Direct calculation of Elementary Flux Modes satisfying several biological constraints in genome-scale metabolic networks Revista: Bioinformatics (accepted) Año: 2014 Autores: Alberto Rezola, Jon Pey, Angel Rubio, Francisco J. Planes Título: In-silico prediction of key metabolic differences between two non-small cell lung cancer subtypes Revista: Plos One (accepted) Año: 2014 Autores: Jon Pey, Juan A. Villar, Luis Tobalina, Alberto Rezola, José Manuel García, John E. Beasley, Francisco J. Planes Título: TreeEFM: calculating elementary flux modes using linear optimization in a tree-based algorithm Revista: Bioinformatics Año: 2014 Autores: Tobalina, L., Bargiela, R., Pey, J., Herbst, F. A., Lores, I., Rojo, D., Planes, F. J. Título: Context-specific metabolic network reconstruction of a naphthalene degrading bacterial community guided by metaproteomic data Revista: Bioinformatics Año: 2015

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C.2. Proyectos Título del proyecto: Desarrollo de plataforma de drug repositioning para la industria farmacéutica Entidad financiadora: Agencia de desarrollo del Gobierno Vasco Entidades participantes: CEIT Duración, desde: Mayo 2013 hasta: Julio 2014 Cuantía de la subvención: 40.000€ Investigador responsable: Francisco J. Planes Número de investigadores participantes: 3 Título del proyecto: Nuevas isoformas para el análisis del splicing en genómica clínica Entidad financiadora: Administración General del Estado Entidades participantes: CEIT, Integromics, Celgene Duración, desde: Julio 2012 hasta: Marzo 2015 Cuantía de la subvención: 261.033€ Investigador responsable: Ángel Rubio Número de investigadores participantes: 6 Título del proyecto: SYSTHEMA: Letalidad sintética y biología de sistemas metabólicos para el desarrollo de nuevas terapias en neoplasias hematológicas Entidad financiadora: Ministerio de Economía y Competitividad Entidades participantes: CEIT Duración, desde: Enero 2014 hasta: Enero 2017 Cuantía de la subvención: 83.000€ Investigador responsable: Francisco J. Planes Número de investigadores participantes: 7 C.3. Contratos Título del proyecto: Metabolic analysis of two naphthalene enrichment communities Entidad financiadora: CSIC Entidades participantes: CEIT Duración, desde: Oct 2012 hasta: Dic 2012 Cuantía de la subvención: 10.000€ Investigador responsable: Francisco J. Planes Número de investigadores participantes: 3 Título del proyecto: Drug repositioning for haematological malignancies based on metabolic systems biology Entidad financiadora: Universidad de Navarra Entidades participantes: CEIT, Clínica Universitaria de Navarra Duración, desde: Sep 2013 hasta: Sep 2015 Cuantía de la subvención: 157.540€ Investigador responsable: Francisco J. Planes Número de investigadores participantes: 3 C.5 Premios Premio de doctorado en la Universidad de Brunel en el año 2009 dotado en 500 libras. C.6 Dirección de tesis doctorales Título: Linear optimization models to integrate omics data with genome-scale metabolic networks Doctorando: Jon Pey Pérez Universidad: Universidad de Navarra Año: 2013 Título: A novel systems biology framework to contextualize metabolic processes using elementary flux modes and gene expression data Doctorando: Alberto Rezola Urquía Universidad: Universidad de Navarra Año: 2013 4 de 4 / Currículum abreviado

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Título: Analysis of non-coding RNA Doctorando: Ander Muniategui Universidad: Universidad de Navarra Año: 2013 C.7 Varios Revisor en distintas revistas especializadas en Bioinformática: Bioinformatics, Plos Computational Biology, Briefings in Bionformatics, Genome Biology, BMC Systems Biology, BMC Bioinformatics Acreditado como Profesor Titular por ANECA y Universidad de Navarra.

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INSTRUCCIONES PARA RELLENAR EL CVA AVISO IMPORTANTE En virtud del artículo 11 de la convocatoria NO SE ACEPTARÁ NI SERÁ SUBSANABLE EL CURRÍCULUM ABREVIADO que no se presente en este formato.

Este documento está preparado para que pueda rellenarse en el formato establecido como obligatorio en las convocatorias (artículo 11.7.a): letra Times New Roman o Arial de un tamaño mínimo de 11 puntos; márgenes laterales de 2,5 cm; márgenes superior e inferior de 1,5 cm; y espaciado mínimo sencillo. La extensión máxima del documento (apartados A, B y C) no puede sobrepasar las 4 páginas. Parte A. DATOS PERSONALES Researcher ID (RID) es una comunidad basada en la web que hace visibles las publicaciones de autores que participan en ella. Los usuarios reciben un número de identificación personal estable (RID) que sirve para las búsquedas en la Web of Science. Los usuarios disponen de un perfil donde integrar sus temas de investigación, sus publicaciones y sus citas. Acceso: Web of Science > Mis herramientas > Researcher ID Código ORCID es un identificador compuesto por 16 dígitos que permite a los investigadores disponer de un código de autor inequívoco que les permite distinguir claramente su producción científico-técnica. De esta manera se evitan confusiones relacionadas con la autoría de actividades de investigación llevadas a cabo por investigadores diferentes con nombres personales coincidentes o semejantes. Acceso: www.orcid.org Si no tiene Researcher ID o código ORCID, no rellene estos apartados. A.3. Indicadores generales de calidad de la producción científica Se incluirá información sobre el número de sexenios de investigación y la fecha del último concedido, número de tesis doctorales dirigidas en los últimos 10 años, citas totales, promedio de citas/año durante los últimos 5 años (sin incluir el año actual), publicaciones totales en primer cuartil (Q1), índice h. Adicionalmente, se podrán incluir otros indicadores que el investigador considere pertinentes. Para calcular estos valores, se utilizarán por defecto los datos recogidos en la Web of Science de Thomson Reuters. Cuando esto no sea posible, se podrán utilizar otros indicadores, especificando la base de datos de referencia. Parte B. RESUMEN LIBRE DEL CURRÍCULUM (máximo 3500 caracteres, incluyendo espacios en blanco) Describa brevemente su trayectoria científica, los principales logros científico-técnicos obtenidos, los intereses y objetivos científico-técnicos a medio/largo plazo de su línea de investigación. Indique también otros aspectos o peculiaridades que considere de importancia para comprender su trayectoria. Si lo considera conveniente, en este apartado se puede incluir el mismo resumen del CV que se incluya en la solicitud, teniendo en cuenta que este resumen solo se utilizará para el proceso de evaluación de este proyecto, mientras que el que se incluye en la solicitud podrá ser difundido.

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Parte C. MÉRITOS MÁS RELEVANTES (ordenados por tipología) Teniendo en cuenta las limitaciones de espacio, detalle los méritos más relevantes ordenados por la tipología que mejor se adapte a su perfil científico. Los méritos aportados deben describirse de una forma concreta y detallada, evitando ambigüedades. Los méritos aportados se pondrán en orden cronológico inverso dentro de cada apartado. Salvo en casos de especial importancia para valorar su CV, se incluirán únicamente los méritos de los últimos 10 años. C.1. Publicaciones Incluya una reseña completa de las 5-10 publicaciones más relevantes. Si es un artículo, incluya autores por orden de firma, año de publicación, título del artículo, nombre de la revista, volumen: pág. inicial-pág. final. Si se trata de un libro o de capítulo de un libro, incluya, además, la editorial y el ISBN. Si hay muchos autores, indique el número total de firmantes y la posición del investigador que presenta esta solicitud (p. ej., 95/18). C.2. Participación en proyectos de I+D+i Indique los proyectos más destacados en los que ha participado (máximo 5-7), incluyendo: referencia, título, entidad financiadora y convocatoria, nombre del investigador principal y entidad de afiliación, fecha de inicio y de finalización, cuantía de la subvención, tipo de participación (investigador principal, investigador, coordinador de proyecto europeo, etc.) y si el proyecto está en evaluación o pendiente de resolución. C.3. Participación en contratos de I+D+i Indique los contratos más relevantes en los que ha participado (máximo 5-7), incluyendo título, empresa o entidad, nombre del investigador principal y entidad de afiliación, fecha de inicio y de finalización, cuantía. C.4. Patentes Relacione las patentes más destacadas, indicando los autores por orden de firma, referencia, título, países de prioridad, fecha, entidad titular y empresas que las estén explotando. C.5, C.6, C.7… Otros Mediante una numeración secuencial (C.5, C.6, C.7...), incluya los apartados que considere necesarios para recoger sus principales méritos científicos-técnicos: dirección de trabajos, participación en tareas de evaluación, miembro de comités internacionales, gestión de la actividad científica, comités editoriales, premios, etc. Recuerde que todos los méritos presentados deberán presentarse de forma concreta, incluyendo las fechas o período de fechas de cada actuación. El currículum abreviado pretende facilitar, ordenar y agilizar el proceso de evaluación. Mediante el número de identificación individual del investigador es posible acceder a los trabajos científicos publicados y a información sobre el impacto de cada uno de ellos. Si considera que este currículum abreviado no recoge una parte importante de su trayectoria, puede incluir voluntariamente el currículum en extenso en la documentación aportada, que será facilitado también a los evaluadores de su solicitud.

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