Gustavo Daniel Parisi DATOS PERSONALES

Fecha de nacimiento

20-1-64 (La Plata, Buenos Aires)

Nacionalidad

Argentina

Familia

Casado, 1 hijo

Documento

DNI 16.727.136

CUIL

20-16727136-8

Correo electrónico

[email protected]

Domicilio Laboral

Centro de Estudios e Investigaciones Universidad Nacional de Quilmes Roque Saenz Peña 180, 1876 Bernal Argentina

Telefono y fax laboral

++54 11 43657100 int 135 ++ 54 11 43657182

ESTUDIOS UNIVERSITARIOS Y DE POSGRADO

Títulos Químico 1993, Facultad de Ciencias Exactas, Universidad Nacional de La Plata.

Bioquímico 1995, Facultad de Ciencias Exactas, Universidad Nacional de La Plata,

Doctor de la Facultad de Ciencias Exactas 2002, Facultad de Ciencias Exactas, Universidad Nacional de La Plata, Calificación: Sobresaliente

CURSOS DE POSGRADO REALIZADOS Nacionales

 Química Computacional, dictado por la Dra. Guillermina Estiú. Duración 64 hs entre agosto y diciembre de 1994. Departamento de Ciencia y Tecnología, Universidad Nacional de Quilmes. Aprobado.  Espectroscopía Molecular, dictado por el Prof. Majed Chergui, Institut de Physique Experimentale, Universite de Lausanne, Suiza. Duración 20 hs entre el 4 y 8 de marzo de 1996. Centro de Estudios e Investigaciones, Universidad Nacional de Quilmes.  Biología Molecular Computacional, a cargo del Dr. Martin Farach, Rutgers University, USA. Duración: 15 hs entre el 21 y 26 de julio de 1997, con evalucación. Escuela de Ciencias Informáticas. Departamento de Computación, Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad Nacional de Buenos Aires. Aprobado.  El fin de la ciencia y la biología evolucionista, dictado por el Dr. R. Gómez de la Universidad de California; 16, 18, 19, 30 de junio y 2 y 3 de julio 1998, Facultad de Ciencias Naturales, Universidad Nacional de La Plata.  Hormonas: filogenia y evolución, a cargo del Dr. A. Stoka de la Universidad de Cuyo, entre los dias 20 al 24 de julio de 1998, Universidad Nacional de La Plata, Facultad de Ciencias Naturales y Museo. Duración 30 hs con evaluación final.Aprobado.  Evolución Molecular, a cargo de la Dra: Susana Rossi y el Dr. E. Hasson. Universidad Nacional de Buenos Aires. 25 de septiembre – 11 de diciembre 1998. Duración 60 hs. Aprobado.  Epistemología, a cargo del Prof. Dr. Pablo Lorenzano. Universidad Nacional de Quilmes. 1˚ cuatrimestre 2002. Duración 76 horas. Aprobado.

Internacionales  Phylogenies and their uses, University of Glasgow, September 1-12, 1997.  Computing Course, Human Genome Mapping Project Resource Centre (HGMP), King’s College, London, 15-19 September 1997.

Antecedentes laborales en investigación y docencia Investigación 

1985 -1986 : Aislamiento y tipificación de bacterias degradadoras de hidrocarburos. Directora: Dra. María T. Painceira Cátedra de Microbiología General, Fac. Cs. Exactas, Universidad Nacional de La Plata.

2



1989: Purificación de una lectina de bazo de rata mediante técnicas de cromatografía de afinidad y posterior caracterización electroforética. Directora: Dra. Nilda Fink Cátedra de Análisis Clínicos I, Fac. Cs. Exactas, Universidad Nacional de La Plata.



1991: Ensayos de purificación y caracterización de lipoproteínas de molusco. Director: Dr. Ricardo Pollero INIBIOLP, Fac. Cs. Medicas, Universidad Nacional de La Plata.



1994 - 1997: Estudio teórico-experimental de la interacción de los ácidos nucleicos y la proteína N del virus Junín. Director: Dr. Víctor Romanowski Co - Director: Dr. Julián Echave Centro de Estudios e Investigaciones, Universidad Nacional de Quilmes.



1997 – Abril 1999: Estudio teórico de procesos evolutivos Director: Dr. Julián Echave Centro de Estudios e Investigaciones, Universidad Nacional de Quilmes.



Mayo 1999 -2006: Integrante del Programa de Investigación de Dinámica y Organización Temporal de Procesos Físicos, Químicos y Biológicos. Director: Dr. Julián Echave Universidad Nacional de Quilmes. Código 53/B056. Mayo 1999-Abril 2006. Monto total: 301680 $.



Mayo 2004-2006: Dirección del proyecto: “Modelos fisicoquímiciso de evolución proteica: desarrollo y aplicación en biología computacional”. Universidad Nacional de Quilmes.



2002-2005: Integrante de proyecto: Efectos mutacionales sobre la estructura y dinámica de proteínas. Aplicación a su rediseño natural y artificial. ANPCyT-Universidad Nacional de Quilmes(PICT2000) 6/9538. Monto total 150000$.



2005-: Ingresante a Carrera de CONICET 2005 (Investigador Asistente).



2006-2007: Co-director del Programa de investigación de Dinámica y Organización Temporal de Procesos Físicos, Químicos y Biológicos. Universidad Nacional de Quilmes. Código 53/B056, Monto total: 301680 $. 2007-: Co-director del Programa Simulación de procesos moleculares de relevancia fisicoquímica y biológica. Universidad Nacional de Quilmes. Código 53/3003, Monto total (estimado 27200$). Abril 2007.



2008-: Investigador Adjunto CONICET (1 de noviembre de 2008).

3

Docencia de Grado  1-12-1984 al 1-3-1986: Ayudante Alumno Ad Honorem. Biología General. Facultad de Ciencias Exactas, Universidad Nacional de La Plata.  15-8-1991 al 1-6-1992: Ayudante Alumno Dedicación Simple, Transitorio, Histología. Facultad de Ciencias Exactas, Universidad Nacional de La Plata.  1-5-1993 al 8-3-1994: Ayudante de Primera Dedicación Simple, Transitorio. Química Biológica I. Facultad de Ciencias Exactas, Universidad Nacional de La Plata.  9-3-1994 al 1-4-1995: Ayudante de Primera Dedicación Simple, Interino. Química Biológica I. Facultad de Ciencias Exactas, Universidad Nacional de La Plata.  1-8-1993 al 29-2-1996: Ayudante de Primera Dedicación Exclusiva, Interino. Bioquímica II. Departamento de Ciencia y Tecnología, Universidad Nacional de Quilmes.  1-3-1996 al 31-7-1998: Instructor Grado 2 Dedicación Exclusiva, Interino (Equivale a Jefe de Trabajos Prácticos). Accedido por designación. Bioquímica II, Bioquímica especial. Departamento de Ciencia y Tecnología, Universidad Nacional de Quilmes.  1-8-1998 al 31-7-2002: Instructor Grado 3 Dedicación Exclusiva, Interino (Equivale a Jefe de Trabajos Prácticos). Accedido por designación. Química I, Informática I y II, Fisicoquímica (ufq.unq.edu.ar). Departamento de Ciencia y Tecnología, Universidad Nacional de Quilmes.  Marzo-Abril 1998: Profesor, Física (Ciencias Naturales, Programa de Reconversión Docente para el Tercer Ciclo de la E. G. B. ). Convenio de la Universidad Nacional de Quilmes y Dirección General de Cultura y Educación de la Provincia de Buenos Aires.  Octubre-Diciembre 1998: Profesor, Química (Ciencias Naturales, Programa de Reconversión Docente para el Tercer Ciclo de la E. G. B.). Convenio de la Universidad Nacional de Quilmes y Dirección General de Cultura y Educación de la Provincia de Buenos Aires

 1-8-2002 al 28-2-2003. Profesor Adjunto Ordinario Dedicación Exclusiva, Grado 3. Accedido por concurso con convocatoria publica. Fisicoquimica, Bioquímica I. Departamento de Ciencia y Tecnología. Universidad Nacional de Quilmes.  1-3-2003 al 28-2-2005. Profesor Adjunto Ordinario Dedicación Exclusiva Grado 5. Bioquímica I. Departamento de Ciencia y Tecnología. Universidad Nacional de Quilmes.  1-3-2005 al 31-7-2006. Profesor Adjunto Ordinario Dedicación Exclusiva Grado 7. Bioquímica I. Departamento de Ciencia y Tecnología. Universidad Nacional de Quilmes.

4

 1-8-2006 – 1-7-2008. Profesor Adjunto Ordinario Dedicación Exclusiva Grado A. Bioquímica I. Departamento de Ciencia y Tecnología. Universidad Nacional de Quilmes.

 Marzo 2007-Septiembre 2007. Jefe de Trabajos Practicos Dedicación Simple, Interino. Accedido por designación. Bioquímica. Universidad Nacional de La Plata.

 Septiembre 2007- Jefe de Trabajos Practicos Dedicación Simple, Ordinario. Accedido por designación. Bioquímica. Universidad Nacional de La Plata.  1-7-2008 – Profesor Asociado Ordinario Dedicación Exclusiva. Bioquímica I. Departamento de Ciencia y Tecnología. Universidad Nacional de Quilmes  1-3-2009 – Profesor Adjunto Interino Dedicación Simple. Bioinformática. Facultad de Ciencias Exactas. Universidad Nacional de La Plata.

Docencia de PosGrado  Bioinformatica estructural de Proteinas. Participacion en el curso “Expresion y purificacion de proteinas recombinantes de bacterias, levaduras y plantas”. IBB-Intech-UNSAM. Septiembre 2006.  Bioinformatica estructural de Proteinas. Universidad Nacional de Mar del Plata, Facultad de Ciencias Exactas y Naturales-FIBA. 18-22 de Septiembre de 2006. 42hs.  Sobre la naturaleza del estado nativo de las proteinas. Taller. Workshop “Bioinformática y Genómica: La aplicación en la Investigación biológica”. Mar del Plata, 27 de Octubre 2006.

 Bioinformática estructural de Proteinas. Universidad Nacional de Quilmes. 1-5 de Octubre de 2007.

 Predicción funcional en proteínas usando métodos computacionales. Taller teórico-práctico. Universidad Nacional de Mar del Plata 14 de Marzo de 2008.  “Bioinformática estructural de proteínas”. Participación en el curso “Biología de Sistemas. Hacia una perspectiva integrada del funcionamiento celular”, Facultad de Ciencias Exactas, UNLP, CABBIO Noviembre-Diciembre 2008.

Estadias Profesor Visitante. Departamento de Matematicas y Ciencias Computacionales. Universidad de las Islas Baleares. NoviembreDiciembre 2006. Breve visita Dipartimento di Scienze e Tecnologie Biomediche. Facolta’di Medicina e Chirurgia. Universita’di Udine. Enero 2007.

5

Breve visita al Centro de Biología Molecular "Severo Ochoa", (CSICUAM), Cantoblanco, Madrid, Espana. Enero 2007. Estadía en el Departamento de Matemáticas y Ciencias Computacionales de la Universidad de las Islas Baleares. Septiembre 2008. Estadía en el Departamento de Matemáticas y Ciencias Computacionales de la Universidad de las Islas Baleares. Octubre 2009.

Subsidios recibidos “Divergencia de secuencia, estructura y dinámica en la evolución de proteínas”, Co-director. PIP-Conicet 5464/05. 2005-2007. $68000 anuales. “Blast à la carte”. Proyectos Internet 2. Universidad Nacional de Quilmes. 2007. Director $ 4000 “Simulación de procesos moleculares de relevancia fisicoquímica y biológica”. 2007-2011. Co-director. Universidad Nacional de Quilmes. $68000 anuales. “Alineamiento estructural de proteínas” Programa de Cooperación InterUniversitaria (PCI)-AECI. A/011457/07 2007-2008. Director. $ 14500 Euros. Organización de Eventos Científicos CIC: “Biología Computacional de Proteínas”. Organizador Responsable. Septiembre 2008. 5000$. Organización de Eventos Científicos UNQ: “Biología Computacional de Proteínas”. Organizador Responsable. Diciembre 2008. 9000$. “Alineamiento estructural de proteínas” Programa de Cooperación InterUniversitaria (PCI)-AECI. A/019528/08. 2008-2009. Director. $ 15800 Euros. Viajes y Viáticos, 2009 UNQ. 4500$. “Desarrollo de métodos computacionales para la evaluación de modelos estructurales y predicción de estructura de proteínas.”. PIP CONICET 112-200801-02849. 2009-2011. Director. 36000$. Organización de Eventos Científicos CONICET: “Biología Computacional y Bioinformática”. Res. D. N 374 Organizador Responsable. Diciembre 2009. 10000$. Organización de Eventos Científicos ANCyT: “Biología Computacional y Bioinformática”. Organizador Responsable. Diciembre 2009. 2860$.

6

Becas y Premios recibidos Travel fellowship ECCB 2005. 400 euros Premios Banco Rio para Proyectos de Investigacion Cientifica para el Desarrollo Regional. “Bases secuenciales, estructurales y dinámicas de propiedades alergénicas de proteínas de alimentos”. 2006. $15000 anual. Erasmus Mundus External Cooperation. Academic Staff mobility. Universidad de Bologna, Italia. 2010.

Organización de Reuniones Científicas Workshop en “Biología Computacional de Proteínas”. 16 y 17 de Abril de 2009. Universidad Nacional de Quilmes. Primera reunión de la Sociedad Argentina de Bioinformática y Biología Computacional. 12-14 de Mayo de 2010. Universidad Nacional de Quilmes.

Publicaciones Internacionales con referato Total de publicaciones: 23 Ultimos 5 años: 16 1. Parisi, G., Echave, J., Ghiringhelli, P., Romanowski, V.

Computational characterisation of potential RNA-binding sites in arenavirus nucleocapsid proteins, Virus Genes, 13:3, 247-254, 1996. 2. Parisi, G., Fornasari, M., Echave, J. Evolutionary Analysis of  Carbonic anhydrase and Structurally Related Proteins. Molecular Phylogenetics and Evolution. 14: 3 323-334, 2000. 3. Parisi, G. and Echave, J. Structural constraints and emergence of sequence patterns in protein evolution. Molecular Biology and Evolution.18 (5): 750-756, 2001. (ISSN 0737-4038) 4. Fornasari, MS, Parisi, Gustavo and Echave J. Site-specific aminoacid replacement matrices from structurally constraind protein evolution simulations. Molecular Biology and Evolution. 19(3):352356,2002. (ISSN 0737-4038). 5. Parisi, G., Fornasari, MS and Echave J. Dynactins P25 and p27 are predicted to be LβH proteins. Febs Letters 562:1-4. 2004. 6. Parisi, G. and Echave J. The structurally constrained protein evolution model accounts for sequence patterns of the LβH superfamily. BMC Evolutionary Biology 4:41, 2004. 7. Parisi, G.,Perales, M., Fornasari, MS., Colaneri, A., GonzalezSchain, N., Gomez-Casati, D., Zimmermann, S., Brennicke, A., Araya, A., Echave, J., Ferry, J. and Zabaleta, Z.Gamma carbonic anhydrase in plant mitochondria. Plant Molecular Biology 55(2): 193-207, 2004. 8. Perales, Mariano,Parisi, Gustavo, Fornasari, María Silvina, Colaneri, Alejandro, Villarreal, Fernando, González-Schain, Nahuel, Gómez-Casati, Diego, Braun, Hans-Peter., Araya, Alejandro, Echave, Julián, and Zabaleta, Eduardo. Gamma carbonic anhydrase like complex

7

interact with plant mitochondrial complex I. Plant Molecular Biology 2004 56:947-57. 9. Parisi, G and Echave, J. Generality of the Structurally Constrained Protein Evolution model: assessment on representatives of the 4 main fold classes. Gene 345(1):45-53,2005. 10. Maguid, S, Fernández-Alberti, S, Parisi, G and Echave J. Evolutionary conservation of protein backbone flexibility. Journal of Molecular Evolution. 63(4):448-57. 2006. (ISSN 0022-2844) 11. Palopoli, N, Busi, MV, Fornasari, MS, Gomez-Casati, D, Ugalde, R and Parisi, G. Starch-synthase III family encodes a tamden of three starch-binding domains. Proteins, Structure, Function and Bioinformatics 2006 Oct 1;65(1):27-31, 2006. (ISSN 0887-3585) 12. Di Rocco , F., Parisi G, Zambelli ,A, Vidal Rioja L. Rapid evolution of cytochrome c oxidase subunit II in camelids (Tylopoda , Camelidae). Journal of Bioenergetics and Biomembranes. 38(5-6):293297. 2006. (ISSN 0145-479X) 13. Fornasari, MS, Parisi, G and Echave, J.Quaternary structure constraints on evolutionary sequence divergence. Molecular Biology and Evolution, 24(2):349-51. 2007. (ISSN 0737-4038) 14. Bassi, S, Gonzalez, V, Parisi, G. Computacional Biology in Argentina. Plos Computacional Biology, Dec, 3(12): e257. 2007 (ISSN 1553-734X) 15. Busi, MV, Palopoli, N, Valdez, H, Fornasari, MS, Gomez-Casati, D, Parisi, G and Ugalde, R.Functional and structural characterization of starch synthase III from Arabidopsis thaliana. Proteins, Structure, Function and Bioinformatics. 70(1):31-40. 2008. (ISSN 0887-3585) 16. Valdez A. ,Wayllace, N, Parisi, G, Busi, MV, Ugalde, R and Gomez-Casati, D. Role of the N-terminal starch-binding domains on kinetic properties of starch synthase III from Arabidopsis thaliana. Biochemistry, 47(9):3026-32. 2008. (ISSN 0006-2960) 17. Fornasari, MS, Parisi, G and Echave, J. Teaching non-covalent interactions using protein molecular evolution.Biochemistry and Molecular Biology Education, 36: 284-286. 2008 (ISSN 1470-8175). 18. Valverde, C Livny, J and Parisi, G. Prediction and detection of chromosomally encoded sRNAs in Sinorhizobium melilot. BMC Genomics, 9:416. 2008. (ISSN 1471-2164) 19. Salem, T, Mazzella, M, Wengier, D, Motillo, V, Parisi, G and Muschietti, J. Mutations in two putative phosphorylation motifs in the pollen receptor kinase LePRK2 show antagonistic effects on pollen tube length. En referato JCB September 2010. 20. Noelia Foresi, Natalia Correa-Aragunde, Gustavo Parisi, Gonzalo Caló, Graciela Salerno and Lorenzo Lamattina. First characterization of a Nitric Oxide Synthase (NOS) from the plant kingdom: The NO generation from the green alga Ostreococcus tauri is light irradianceand growth phase-dependent. Aceptado, Plant Cell, octubre 2010. 21. Curciarello R, González V, Barrios I, Bruno Blanch L, Parisi G, Fossati CA, Petrucelli S and Docena G. Cross reactivity between cow´s milk proteins and the α subunit of soybean β-conglycinin: identification of a fragment containing the responsible epitopes. Enviado Febrero 2010. 22. Juritz, E, Fernandez Alberti, S and Parisi, G. PCDB: a database of protein conformational diversity. En referato NAR Agosto 2010. 23. Juritz, E, Palopoli, N, Fornasari, S, Fernandez Alberti, S and Parisi, G. Native state, conformational diversity and protein evolution. Enviado PNAS Octubre 2010.

8

Sin referato 1. Fornasari, MS, Parisi, Gustavo, Echave, J. Substitution matrices

derived from structurally constrained protein evolution simulations. Biocell, 25(Suppl.II) 2001. 2. Parisi, G and Echave, J. Fitting optimal selective pressure in structural constrained protein evolution simulations. Biocell, 25(Suppl.II) 2001. 3. Colanari, A, Parisi, G, Perales, M, Fornasari, MS, Gonzalez-Schain, N, Gomez-Casati, D, Brennicke, A, Araya, A, Echave, J and Zabaleta, E. Biocell, 27(Suppl. I). 2003. 4. Parisi, G, Fornasari, MS and Echave, J. Dynactins p25 and p27 would be LBH proteins. Biocell, 27 (Suppl. I) 2003.

Conferencias y presentaciones orales  “Evolución de proteínas”. Current issues in molecular dynamics and structure. Workshop. 14-15 de noviembre 1998. Universidad Nacional de Quilmes.  “Estructura y evolución de proteinas”. 15 de diciembre 1999. Primeras Jornadas de Tesistas de posgrado de la Universidad Nacional de Quilmes.  “Evolución de proteínas: desarrollo y aplicaciones”. Jornadas ProTiT. Octubre 2005. Universidad Nacional de Quilmes.  “Bioinformática estructural de proteinas”. Junio 2006. IMBICE. CICCONICET.  “Protein structure diversity and sequence divergence during evolution”. 3DSIG Meeting. ISMB Fortaleza, Brazil 4 de Agosto 2006  “Evolución molecular y algunas de sus aplicaciones Bioinformáticas”. Workshop “Bioinformática y Genómica: La aplicación en la Investigación Biológica”. Universidad Nacional de Mar del Plata, 27 de Octubre 2006.  “SCPE: Un modelo de evolucion con restricciones estructurales”. Departamento Mathematics and Computer Science. University Balearic Islands. Ed. Anselm Turmeda Campus UIB. Palma de Mallorca. Espana.  “Structurally constrained protein evolution (SCPE): a model of protein evolution and some of its bioinformatic applications”. Dipartimento di Scienze e Tecnologie Biomediche. Facolta’di Medicine e Chirurgia. Universita’di Udine. Udine. Italia. 10 de Enero 2007.  “Bioinformática estructural de proteínas”. INTA. 16 de Julio de 2007.  “Bioinformática estructural y evolucion de proteínas”. Taller de Bioinformática, XI Congreso de Microbiologia. 12 de Octubre de 2007.  “Bioinformatics applications using evolutionary and structural biology information”. Scientific Workshop of Argentine-Germany Cooperation in Plant Sciences. Buenos Aires, Diciembre 3-5. 2007.  “Assessing conformational diversity in proteins using evolutionary information”. 3DSIG. Estocolmo, 27-28 de Junio de 2009.  “The roles of protein structures in molecular evolution”. Workshop Internacional. Bridging the gap…Darwin: From molecule to cultural implications. CCT, Bahia Blanca, Octubre 10-12, 2009.

9

 “Evolución y diversidad conformacional en proteínas. Uso de la información evolutiva para seleccionar modelos estructurales”. IFLYSIB, Diciembre 2, 2009.  “Estado nativo, diversidad conformacional y evoluvión de proteinas Primera Reunión Sociedad Argentina de Bioininformatica y Biologia computacional, Mayo 12-14 Bernal. 2010.  “Native state, conformational diversity and protein evolution”. 29 de Septiembre Universidad de Montreal. Canada. 2010.  “Native state, conformational diversity and protein evolution”. 26 de Octubre Universidad de Padova. Italia. 2010.

Comunicaciones a Congresos Total de publicaciones: 60 Ultimos 5 años: 43 1. Caracterización teórica de un potencial sitio de interacción con el RNA de la proteína N del Virus Junín, Parisi, G., Echave, J., 15-18 de Noviembre de 1995. Reunión anual de la Sociedad Argentina de Investigación en Bioquímica y Biología Molecular (SAIB). 2. Computational characterization of a new potential RNA-binding site , Parisi, G., Echave, J., June 17-21, 1996. International symposium on theoretical and experimental aspects of protein folding. Universidad Nacional de San Luis. 3. Using structural information to improve phylogenetical signal, Parisi, G., Fornasari, M., and Echave J. 17 th Meeting of the Willi Hennig Society 1998. University of Sao Paulo, September 21-25, 1998. 4. DNA vs protein maximum likelihood phylogenetic inference, Fornasari, M., Parisi, G., Echave, J. 17 th Meeting of the Willi Hennig Society 1998. University of Sao Paulo, September 21-25, 1998. 5. Análisis evolutivo del plegamiento LH. Parisi, G, Fornasari, M y Echave, J. XXXIV Reunión Anual Sociedad Argentina de investigación en Bioquimica y Biologia Celular. 25-27 de noviembre de 1998. Mendoza. 6. Comparación de métodos de inferencia filogenética por máxima verosimilitud para DNA y proteinas. Fornasari, M, Parisi, G, y Echave, J. XXXIV Reunión Anual Sociedad Argentina de investigación en Bioquimica y Biologia Celular. 25-27 de noviembre de 1998. Mendoza. 7. Desarrollo de un modelo de evolución molecular con base estructural. Parisi, G., Fornasari, M. y Echave, J. XXXV Reunión Anual Sociedad Argentina de Investigacion en Bioquímica y Biología Celular. 9-13 de noviembre de 1999. Mendoza. 8. Substitution matrices derived from structurally constrained protein evolution simulations. María Silvina Fornasari, Gustavo Parisi and Julian Echave. XXXVII Annual Meeting of the Argentine Society for Biochemistry and Molecular Biology Research, November 20-23, 2001, Villa Carlos Paz, Córdoba. 9. Site dependent amino acid evolutionary substitution matrices. Fornasari, M. Parisi, G. and Echave, J. XIV Internacional Biophysics Congress april 27-May 1, 2002, Buenos Aires. 10. Structurally constrained protein evolution simulations of lefthanded beta helix superfamily members. Parisi, G. and Echave, J. XIV Internacional Biophysics Congress april 27-May 1, 2002, Buenos Aires.

10

11. Gamma carbonic anhydrases in plant. Parisi, G.,Perales, M., Fornasari, MS., Colaneri, A., Gonzalez-Schain, N., Gomez-Casati, D., Zimmermann, S., Brennicke, A., Araya, A., Echave, J., Ferry, J. and Zabaleta, Z. European Conference on Computational Biology. September 27-30, 2003, Paris, Francia. 12. Gamma carbonic anhydrases in plant mitochondrial complex I. Colaneri, A., Parisi, G., Perales, M., Fornasari, M., Gonzalez-Schain, N., Gomez-Casati, D., Brennicke, A., Echave, J. and Zabaleta, E. Argentine Society fro Biochemistry and Molecular Biology XXXiX annual meeting, and Biophysical Society of Argentina, XXXII annual meeting, San Carlos de Bariloche, Argentina, November 17-21, 2003. 13. Dynactins P25 and P27 would be LBH proteins. Parisi, G, Fornasari, M., Echave, J. Biology XXXiX annual meeting, and Biophysical Society of Argentina, XXXII annual meeting, San Carlos de Bariloche, Argentina, November 17-21, 2003. 14. Generality of the Structurally Constrained Protein Evolution model, G. Parisi and J. Echave, Workshop on “Structural Approaches to Sequence Evolution”, Dresden, Germany. July 2004. 15. Dos nuevas proteínas LBH interactúan con gCAs en el complejo I mitochondrial. Perales, Mariano,Parisi, Gustavo, Fornasari, María Silvina, Colaneri, Alejandro, Villarreal, Fernando, González-Schain, Nahuel, Gómez-Casati, Diego, Braun, Hans-Peter, Araya, Alejandro, Echave, Julián, and Zabaleta, Eduardo. XXV Reunión Argentina de Fisiología Vegetal. Santa Rosa, La Pampa. 22 al 24 de septiembre de 2004. 16. Estructura cuaternaria y simulacion de la evolución molecular proteica. Fornasari, MS, Parisi, Gustavo y Echave, J. Congreso conjunto de Sociedades Biomédicas, Sociedad Argentina de Biofísica. Mar del Plata 10-16 de Noviembre 2004. 17. Aplicación de un modelo de evolución molecular con base estructural (SCPE) a proteínas pertenecientes a distintas clases estructurales. Parisi, G y Echave J. Congreso conjunto de Sociedades Biomédicas, Sociedad Argentina de Biofísica. Mar del Plata 10-16 de Noviembre 2004. 18. Conservación evolutiva de la dinámica de proteínas. Maguid S., Fernández Alberti S., Parisi G. y Echave J.,. 90° Reunión Nacional de Física, Asociación Física Argentina. La Plata, Argentina, 26 al 29 de septiembre de 2005. 19. Dinámica vibracional colectiva en proteínas homólogas. Maguid S., Fernández Alberti S., Parisi G. y Echave J., XXXIV Reunión Anual de la Sociedad Argentina de Biofísica. Villa Carlos Paz, Córdoba, Argentina, 24 al 26 de noviembre de 2005. 20. Quaternary structure information in a protein molecular evolution model increases phylogenetic reliability. Fornasari, MS, Parisi, G and Echave, J. European Congress on Computational Biology (ECCB) Madrid Septiembre 28-Octubre 1. 2005. 21. Modeling sequence divergence using protein quaternary structure information. Fornasari, MS, Parisi, G and Echave, J. German Conference on Bioinformatics, Hamburgo, Alemania. Octubre 5-7, 2005. 22. Biochemical characterization of Starch synthase III from Arabidopsis thaliana . Busi, M.V., Palopoli, N., Valdez, H., Fornasari, M.S., Gómez-Casati, D., Parisi, G.and Ugalde, R.. SAIB, Pinamar 3-6 diciembre 2005. 23. Juritz, E , Colaneri, A and Parisi, G. Detection of helixhairpin-helix dna glycosylase proteins in plants. SAIB, Pinamar 3-6 diciembre 2005.

11

24. Starch-synthase III family encodes a tandem of three starchbinding domains Palopoli, N., Busi, M.V.,Fornasari, M.S., GómezCasati, D., Ugalde, R., Parisi, G.. SAIB, Pinamar 3-6 diciembre 2005 25. Fornasari, MS, Parisi, G and Echave, J. Evolución molecular en la enseñanza de interacciones no-covalentes en proteínas. SAB, Villa Carlos Paz, Córdoba, 24-26 de Noviembre 2005. 26. Parisi, G, Fornasari, MS and Echave, J. Evaluación de potenciales de contacto para la simulación de la divergencia evolutiva en proteínas. SAB, Villa Carlos Paz, Córdoba, 24-26 de Noviembre 2005. 27. Palopoli, N, Juritz, E and Parisi, G. 3D model quality assessment using a structurally constrained model of protein evolution. RECOMB 2006. Venice, Italy, April 2-5. 2006. 28. Fornasari, MS and Parisi, G. Conformational diversity and evolutionary sequence divergence of proteins. RECOMB 2006. Venice, Italy, April 2-5. 2006. 29. Palopoli, N, Juritz, E, Gomez-Casati, D and Parisi G. 3D Model quality evaluation using evolutionary information. ISCB 2006. Fortaleza, Brazil. 5-10 Agosto 2006. 30. Fornasari, MS and Parisi, G. Conformational diversity and evolutionary sequence divergence of proteins. ISCB 2006. Fortaleza, Brazil. 5-10 Agosto 2006. 31. Kalstein, A, Maguid, S, Parisi,G and Fernandez Alberti, A. Flexibility adaptation of enzymes to low temperatures. ISCB 2006. Fortaleza, Brazil. 5-10 Agosto 2006. 32. Maguid, S, Parisi, G, Fernandez Alberti, S and Echave, J. Sequence-structure-flexibility relationship in protein evolution. ISCB 2006. Fortaleza, Brazil. 5-10 Agosto 2006. 33. Busi, MV, N Palópoli, HA Valdez, MS Fornasari , D Gómez-Casati, G Parisi y RA Ugalde. Caracterización funcional de Starch Binding Domains (SBD) de la almidón sintasa III de Arabidopsis thaliana. SAFV. Chascomús 2006. 34. Fornasari, MS y Parisi G. Influencia de la diversidad estructural del estado nativo de una proteína en el estudio de su divergencia secuencial. Segundas Jornadas Iberoamericanas de Bioinformatica. 5 y 6 de diciembre de 2006 - Hotel Panamericano Buenos Aires 35. Palopoli,N, Juritz, E, Busi, MV, Gomez-Casati, D y Parisi, G. Evaluación y selección de modelos proteicos estructurales utilizando información evolutiva. Segundas Jornadas Iberoamericanas de Bioinformatica. 5 y 6 de diciembre de 2006 - Hotel Panamericano Buenos Aires 36. Parisi, G, Fornasari, MS y Salerno, G. Predicción y evaluación de modelos estructurales de la enzima sacarosa fosfato sintasa por métodos evolutivos. Segundas Jornadas Iberoamericanas de Bioinformatica 5 y 6 de diciembre de 2006 - Hotel Panamericano Buenos Aires. 37. Palopoli, N; Juritz, E.,Busi, MV, Gómez-Casati, D; Parisi, G; 3D Model quality assessment using evolutionary information. Global Dialogues on Emerging Science and Technology (GDEST)Conference on Bioinformatics Petrópolis. Brazil 12-15 de Noviembre. 2006. 38. Valdez, H, Wayllace, N, Parisi, G, Ugalde, R, Busi, MV y Gomezcasati, D. Characterization of starch synthase III from A. Thaliana. SAIB Rosario, Noviembre 2006. 39. Alomar,L, Wayllace, N, Palopoli, N, Valdez, H,Ugalde, R, Parisi, G, Gomez-Casati, D and Busi, MV. Binding of arabidopsis thaliana ssiii-sbd to glycogen, starch and its components. SAIB Rosario, Noviembre 2006.

12

40. Fornasari, MS and Parisi, G. Evolutionary information allows the selection of native-like oligomeric structures. ECCB, Viena, Austria Julio 23-25, 2007. 41. S. Maguid, S. Fernández-Alberti, G. Parisi and J. Echave, Conservation of protein dynamics in biological evolution. ICBP 2007 6th International Conference of Biological Physics, 5th Southern Cone Biophysical Congress, 34th Annual Meeting of the Argentinean Biophysical Society. Montevideo, Uruguay, 27 al 31 de agosto de 2007. 42. S. Maguid, G. Parisi y S. Fernández Alberti, Aplicación de un modelo elástico al cálculo de dinámica de proteínas: Movimientos conservados en la evolución biológica. 92da Reunión Nacional de Física, AFA 2007. Salta, Argentina, 24 al 28 de septiembre de 2007. 43. C. Valverde, Parisi, G and J. Linvy. Prediction and detection of chromosomally encoded small non coding RNAs in Sinhrhizobium melliloti. XLIII Reunion Annual de la Sociedad Argentina de Investigacion en Bioquimica y Biologia Molecular. Mar del Plata 17-20 de Noviembre de 2007. 44. HA, Valdez, NZ, Wayllace, G, Parisi, RA, Ugalde, D, Gomez-Casati and MV Busi. Regulatory role of the N-terminal starch binding domains on the kinetics of starch synthase III. XLIII Reunion Annual de la Sociedad Argentina de Investigacion en Bioquimica y Biologia Molecular. Mar del Plata 17-20 de Noviembre de 2007. 45. C, Valverde, G, Parisi, and Livny, J. Prediccion de pequenos ARNS no codificantes en las regiones intergenicas cromosomales de Sinorhizobium meliloti. 4ta. Reunion de la Sociedad Argentina de Microbiologia General (SAMIGE). 27-28 Septiembre 2007. Fundacion Instituto Leloir. Bs As. 46. R, Curciarello,V, González, G, Parisi, S, Petruccelli, G, Docena. Identificación de secuencias involucradas en la reactividad cruzada entre proteínas de soja y de leche bovina por métodos inmunoquímicos y computacionales. VI Encuentros Latinoamericanos y del Caribe sobre Biotecnología Agropecuaria (REDBIO/FAO).Viña del Mar y Valparaíso, Chile, 22-26 de octubre de 2007. 47. R, Curciarello,V, González, G, Parisi, S, Petruccelli, G, Docena. Analisis inmunoquimico y computacional de la reactividad cruzada entre caseinas de leche bovina y proteinas de soja. Reunion cientifica de la Sociedad Argentina de Investigaciones Clinicas, Sociedad Argentina de Inmunologia y Sociedad Argentina de Fisiologia. 21-24 de noviembre de 2007, Mar del Plata. Bs. As. 48. Parisi, G, Rocha, J, Llabrés, M, Rossello, F. Characterization of structurally evolutionary constrained sites in aligned protein structures. CBI07: Workshop on Collaborative Bioinformatics (RIB/EMBnet). Torremolinos, Málaga, España, 11-14 junio 2007. 49. Palopoli N, Gomez-Casati D, Parisi G. Use of evolutionary information in model quality evaluation for protein structure prediction. 3D-SIG, Encuentro satellite de XVI Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) sobre Bioinformática Estructural y Biofísica Computacional; Toronto Canada. Julio 2008. 50. Juritz E., Fernández Alberti S. y Parisi, G. "Distribution and extension of protein conformational diversity". 3D-SIG, Encuentro satellite de XVI Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) sobre Bioinformática Estructural y Biofísica Computacional; Toronto Canada. Julio 2008. 51. Juritz E., Fernández Alberti S. y Parisi, G. "Conformational diversity modulates protein sequence divergence". Encuentro satellite de

13

XVI Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) sobre Bioinformática Estructural y Biofísica Computacional; Toronto Canada. Julio 2008. 52. L. Sanjurjo, C. Rocha, S. Maguid, G. Parisi, y S. FernandezAlberti. Protein Alignment based on Collective vibrational dynamics. ECCB 08 European Conference on Computational Biology, 21-24 de Septiembre de 2008, Cagliari, Cerdenia, Italia. 53. Valverde, C. , Parisi, G. “Identification of small, non coding, regulatory RNAs in prokaryotes. What about Frankia spp.?”. XVth International Conference on Frankia and actinorhizal plants. Bariloche, Argentina, 19-23 Oct 2008. Comunicación oral. 54. Valverde C., Sobrero, P., Agaras, B., Parisi, G., Heeb, S. & Haas, D. “Small but mighty. Riboregulation in plant-beneficial rhizobacteria”. xxxvii Reunión Anual sbbq y xi Congreso PABMB, águas de Lindóia, São Paulo, Brazil. 17-20 Mayo 2008. Comunicación oral. 55. Valverde, C., Parisi, G. & Livny, J. “Prediction and detection of chromosomally encoded small non coding RNAs in Sinorhizobium meliloti”. XLIII Reunión Anual SAIB, 17-20 Nov 2008. Mar del Plata, Argentina. Aceptado para Comunicación oral. 56. Palopoli, N, Ezequiel J, Fernandez Alberti, S and Parisi Gustavo. Assessing conformational diversity in proteins using evolutionary information. RECOMB. Tucson Arizona, 18-21 Mayo 2009. 57. Palopoli, N, Ezequiel J, Fernandez Alberti, S and Parisi Gustavo. Assessing conformational diversity in proteins using evolutionary information. ISMB. Aceptado Poster y presentación oral en 3dSIG. Estocolmo, Suecia 27 de Junio al 2 de Julio 2009. 58. Valdez, H.A.; Wayllace, N.Z.; Parisi, G.; Ugalde, R.; GomezCasati, D.F. and Busi, M.V. Regulatory role of the N-terminal starch binding domains on the kinetics of starch synthase III”, Deficiency of Arabidopsis thaliana frataxin alters activity of mitochondrial Fe–S proteins and induces oxidative stress. XXXVIII Annual Meeting of SBBq (Brazilian Biochemistry and Molecular Biology Society , San Pablo, Brazil, 2009. 59. Docena GH, Candreva A,Curciarello R, González V, Bruno Blanch L, Parisi G, Fossati CA, Petrucelli S. Cloning, expression, and characterization of tour soy allergens that cross react with bovine caseins. XXI World Allergy Congreso 2009, 6 ál 10 de diciembre de 2009. Ciudad Autónoma de Buenos Aires. 60. Palopoli N, Juritz E, Fernandez Alberti S, Parisi G. Quality assessment of protein structure models using evolutionary information.;ISCB Latin America Conference (ISCB-LA); Montevideo, Uruguay. Marzo 2010. 61. Fornasari, MS, Juritz, E, Pierdominici, G, Fernandez Alberti, S, Roitberg, A and Parisi, G. Anatomy of structural constraints on protein evolution. 3DSIG, 10-11 July 2010. Boston, USA. 62. Juritz E, Palopoli N, Fernandez Alberti S, Parisi G; Distribution and extension of conformational diversity on proteins domains. XVIII Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB).

10-11 July 2010. Boston, USA

Formación de Recursos Humanos Dirección de Pasantes:

14

Director del proyecto “Desarrollo de kits diagnósticos de deteccion monomolecular en bioquímica clínica”. Dirección del pasante Jorge Montanari (Marzo 2003-Agosto 2004). Dirección de Tesinas Nicolas Palopoli: “Reconocimiento de estructuras nativas de proteinas utilizando un modelo evolutivo con base estructural”. Diciembre de 2005. Ezequiel Juritz: “ Estudio evolutivo y estructural de DNA-glicosilasas en plantas”. 22/2/2006. CD CyT 039/05 Viviana Motillo: “Estructura y evolución de los mecanismos de regulación de la proteína LePRK2”. Julio 2010. CDE CyT 08/010. Inicio Agosto 2010 Co-Dirección de Tesinas Guillermina Casabona: “Hemoglobinas transportadoras de SH_2 : Efectos de cambios en la dinámica del sitio activo sobre la afinidad por el ligando”. Junio 2008. CD043/06 Dirección de Doctorados Nicolas Palopoli. “Almidón sintasas: evolución molecular y análisis estructural”. Beca ANPCyT 13926 (4/2006-3/2008). Universidad Nacional de Quilmes. Exp N 028/06 del 16/08/2006. Beca Conicet Tipo II (3/20083/2010). Ezequiel Juritz. “Caracterización estructural de proteínas por métodos evolutivos”. Beca Universidad Nacional de Quilmes Marzo 2006-2009. Universidad Nacional de Quilmes. Exp N 044/06 del 20/12/2006. Beca Tipo II CONICET. Abril 2010. Virginia Gonzalez. ”Caracterización secuencial, estructural y dinámica de proteínas alergenicas”. Universidad Nacional de Quilmes. 23/4/2007. Diego Zea. “ Predicción, extension y distribución de la diversidad conformacional en proteínas”. Universidad nacional de Quilmes. Beca Tipo I CONICET. Abril 2010. Co-Dirección de PostDoctorados Mongiardini, Elias. “Estudio estructural y funcional del posible dedo de zinc (zinc finger) blr3068 y su rol en la regulación de la síntesis de exopolisacárido en Bradyrhizobium japonicum”. Beca Posdoctoral CONICET, 2009-2011. Terminó 30-10-2009. Torres, Leticia. “Evolucion molecular de la Sacarosa Sintasa”, Beca Posdoctoral CONICET, 2009-2011. Terminó 30-04-09.

Cargos de Gestión Consejero Departamental Centro de Estudios e Investigaciones. 2005 y continúa.

Febrero

Miembro Comisión Asesora de Servicios y Consultorías del Programa de Transferencia e Innovación Tecnológica. Universidad Nacional de Quilmes. Octubre de 2004 y continúa.

15

Desarrollos Base de datos de proteínas con diversidad conformacional http://pcdb.unq.edu.ar

Actividades de Transferencia Dirección de la “Unidad de Bioinformática” como Unidad Ejecutora dentro del ProTiT, Universidad Nacional de Quilmes. Esta unidad está dedicada a la prestación de servicios bioinformáticos a terceros.

Otros antecedentes Evaluador Externo: Evaluación de pares INTA, CONICET, FONDECYT. Jurado de Tesis doctorales Sintesis y caracterización de 2’-C-metilnucleósidos en aplicaciones de silenciamoiento génico. Lic. Rodrigo Pontiggia, Director. Adolfo Iribarren 6 de noviembre 2009. UBA. Caracterización bioquímica y biofísica de la proteína transportadora de esteroles de la levadura Yarrowia liplytica. Noelia Burgardt. Director. Marcelo Ceolín. UNQ. Estudio molecular y evolutivo del gen de la glucoproteina G del virus Sincicial respiratorio y su relación con la circulación local y global en un periodo de seis años. Lic Mariana Viegas. Directora Alicia Mistchenko. 24 de Junio de 2010. UNLP. Statistical potentials for evolutionary studies. Lic Claudia Keinman. Director Herbbe Philipe. 28 de Septiembre de 2010. Universidad de Montreal. Canada.

Jurado de Tesinas     

María Jimena Prieto. “Benznidazol libres y liposomal: su interacción con plasma y distribución en proteinas plasmáticas”. Seminario de Investigación. Noviembre 2003. UNQ Matías Nobile. “Producción de robo y 2-desoxirribonucleósidos de benzimidazol mediante transglicosidaciones biocatalizadas”. Seminario de Investigación. 2004. UNQ Julieta, Panero. “Preparación de nucleósidos parcialmente acilados mediante reacciones biocatalizadas por células enteras de microorganismos”. Seminario de Investigación. Febrero 2005.UNQ Capello, Mariana. “ Reacciones de hidrólisis enzimática de carbonatos derivados de nucleósidos empleando hidrolasas”. Agosto 2005. UNQ Fabian Romano Chernac. “Clonado y expresion del gen Z de virus Junin”. Agosto 2006. UNQ

16

   

Nadia Innamorato. “Aislamiento, caracterizacion y diferenciacion neuronal de celulas stem mesenquimales provenientes de sangre de cordon umbilical humana”. Agosto 2006. UNQ Diego Ferrero.”Agregación de la 2-Cys Prx mediante ATP/Mg2++”. Marzo 2008. UNQ Elin Teppa. “Modelo teorico de la estructura tridimensional de la proteína X del virus de la hepatitis B”. Junio 2009. Lucila Sanjurjo. “Alineamiento de movimientos vibracionales para el estudio evolutivo de las dinámicas de proteínas”. Noviembre 2009. UBA

Miembro de Sociedades Científicas Sociedad Argentina de Bioinformática y Biología Computacional Sociedad Argentina de Biofísica International Society for Computacional Biology

Participación como revisor en publicaciones Journal of Physical Chemistry, BMC Structural Biology, Symbiosis

Idiomas Inglés

17