http://www.ncbi.nih.gov/entrez/query.fcgi Helena Martín Rodero – Biblioteca Facultad de Medicina [email protected] Sonia Martín Castilla – Biblioteca E.U. Enfermería y Fisioterapia [email protected]

Salamanca, 21-25 de julio de 2008

http://sabus.usal.es/bib_virtual3

PubMed- www.pubmed.gov

Definición

¿Qué es PubMed?

Sistema de búsqueda desarrollado y mantenido por el National Center for Biotechnology Informations (NCBI) de la National Library of Medicine (NLM).

Contenido

PubMed- www.pubmed.gov

PubMed proporciona acceso gratuito a:

• • • • • •

Medline: Base de datos referencial más importante de la NLM. Cobertura desde el año 1966 hasta el momento actual. OldMedline: referencias bibliográficas desde 1950 hasta 1965. Referencias bibliográficas de artículos publicados recientemente que están en proceso de ser indizados en Medline. Referencias bibliográficas proporcionadas por los editores que pueden o no ser incluidas en Medline. Artículos disponibles a texto completo en PubMed Central. Otras bases de datos del NCBI.

PubMed- www.pubmed.gov

Status de las citas en PubMed


[PubMed – as supplied by Publisher] - Cita enviada directamente por el editor.
[PubMed – in process] – Cita en proceso de ser indizada en Medline.
[PubMed – indexed for Medline] – Cita indizada en Medline.
[PubMed – OLDMELINE] - Cita procedente de OLDMEDLINE.
[PubMed] – Cita que no es ni será indizada en Medline.
[PubMed – author manuscript in PMC] – Cita de manuscrito ingresado directamente por el autor en PMC.

Contenido

PubMed- www.pubmed.gov

PubMed ofrece

• Diversas modalidades de búsqueda. • Acceso al vocabulario controlado MesH. • Posibilidad

de almacenar y

actualizar

búsquedas a través de la

aplicación My NCBI.

• Enlaces al texto completo de artículos. • Acceso

a

otros

sistemas

de

búsqueda

de

la

NLM

como

ClinicalTrials.gov, MedlinePlus, NIH Clinical Alerts and Advisories, PubMed Central.

PubMed- www.pubmed.gov

Crecimiento

PubMed- www.pubmed.gov

Página inicial

Acceso a bases de datos

Formulario de búsqueda

Menú de ayuda de PubMed.

Funciones adicionales de búsqueda

Servicios PubMed

Otros recursos relacionados

PubMed- www.pubmed.gov

Página inicial Ayuda, preguntas frecuentes, programas de instrucción, noticias

Servicios de búsqueda

Búsqueda por revista Búsqueda por terminología controlada MeSH Búsqueda por citas Búsqueda por citas Búsquedas por filtros metodológicos Búsquedas de recursos externos Servicio de almacenamiento de búsquedas

Recursos relacionados

PubMed- www.pubmed.gov.

Para buscar en PubMed

1. Definir la pregunta. 2. Conocer lenguaje de interrogación. 3. Conocer reglas básicas de sintaxis. 4. Elaborar estrategia de búsqueda.

Lenguajes de interrogación

PubMed - Búsquedas

1

Lenguaje natural

=

Palabras clave

colon cancer

2

Lenguaje documental

=

Descriptores

MeSH

Colonic neoplasms

Búsqueda bibliográfica

Operadores booleanos

AND = Y

A

B

intersección

OR = O

A

B suma

NOT = NO

B

A exclusión

PubMed - Búsquedas

Operadores booleanos

AND = Y

eczema AND asthma

OR = O

eczema OR asthma

NOT = NO

eczema NOT asthma

• En PubMed los operadores booleanos deben escribirse en mayúsculas. • Son procesados de izquierda a derecha. • Se puede cambiar este proceso utilizando paréntesis.

PubMed - Búsquedas

Caracteres de truncamiento

El truncado permite recuperar todos términos que poseen la misma raíz.

los

*, ?, $

Caracteres de truncamiento

Neurol*

recupera

Neurology Neurología Neurolepsia Neuroléptico, etc..

En PubMed el caracter de truncamiento es el

*

PubMed - Búsquedas

Estrategia de búsqueda

1.

Definir la consulta.

Uso de botox en el tratamiento de la hiperhidrosis

2.

Identificar conceptos.

Botox, hyperhidrosis

3.

Traducir del lenguaje natural al

Botulinum toxin type A, hyperhidrosis

lenguaje controlado (tesauro).

4.

Interrogar la base de datos.

5.

Analizar la pertinencia de los resultados.

Botulinum toxin type A AND hyperhidrosis

Redefinir una búsqueda

PubMed - Búsquedas

Defecto de registros

Expandir la búsqueda

Redefinir una búsqueda

PubMed - Búsquedas

Exceso de registros

Limitar la búsqueda

Cómo buscar en PubMed

PubMed - Búsquedas

colon cancer

2º 1º

Introducir los términos de búsqueda

Comprobar que PubMed esté seleccionado

3º

Pulsar go o enter

Búsqueda básica

PubMed - Búsquedas

Búsqueda de términos

Introducir la palabra o palabras dentro de la caja de búsqueda y pulsar el botón Go o la tecla Enter.

Colon cancer

Mapeo automático de términos

El sistema recuperará los registros en los que encuentre correspondencia con el término

Búsqueda por términos

PubMed - Búsqueda básica

Antiguo ATM

Antiguo mapeo automático

Búsqueda por términos

PubMed - Búsqueda básica

Nuevo ATM

Nuevo mapeo automático de términos

Búsqueda básica

PubMed - Búsquedas

Búsqueda de frases

Introducir la frase entre comillas y pulsar el botón Go o la tecla Enter.

“colon cancer”

Cancela el mapeo automático de términos

PubMed buscará la frase en sus índices de frases.

PubMed - Búsqueda básica

Búsqueda por frases

Cancelado mapeo automático de términos

Búsqueda básica

PubMed - Búsquedas

Búsqueda de un autor

Introducir el apellido del autor seguido de las iniciales del nombre. NO se utilizan signos de puntuación.

Cabrera ME Tashiro Y

PubMed - Búsqueda básica

Búsqueda por autor

Un autor

Varios autores

PubMed - Búsquedas

Búsqueda básica

Búsqueda de un título de revista

Introducir el título de la revista o el título abreviado en la caja de búsqueda.

Pathology International Pathol Int

PubMed - Búsqueda básica

Búsqueda por revista

Título completo

Título abreviado

PubMed - Búsquedas

Búsqueda avanzada

• Buscar por campos específicos. • Limitar búsquedas. • Buscar término MeSH. • Combinar términos MeSH. • Combinar estrategias de búsqueda.

Búsqueda por campos

PubMed - Búsqueda avanzada

Búsqueda por campos

Introducir los términos directamente en la caja de búsqueda especificando entre [ ] la etiqueta de campo.

Blood [jour]

Cancela el mapeo automático de términos

PubMed buscará por campos específicos (autor, título, revista, etc.)

PubMed - Búsqueda básica

Etiquetas de campo

Utilizando etiqueta de campo

Utilizando etiqueta de campo

PubMed - Búsqueda avanzada

Búsqueda por términos MeSH

Búsqueda por términos MeSH

PubMed - Búsqueda avanzada

Para buscar por un tema o materia determinada en PubMed

1º

2º

Seleccionar MeSH Database

Introducir el término en la caja de búsqueda y pulsar go

PubMed - Búsqueda avanzada

MeSH Database

MeSH = Medical Subjects Headings

MeSH

Vocabulario controlado de términos biomédicos que representan el contenido de cada artículo que se ingresa en la base de datos Medline.

PubMed - Búsqueda avanzada

MeSH Database

• Seleccionar los términos MeSH para iniciar una búsqueda. • Ver definiciones de los términos MeSH. • Ver la jerarquía de los términos MeSH. • Realizar estrategias de búsqueda en PubMed. • Limitar la búsqueda por “Major Topic” o tema principal. • Precisar la búsqueda mediante subencabezamientos MeSH.

PubMed - Búsqueda avanzada

Búsqueda estándar por términos MeSH

PubMed - Búsqueda avanzada

Búsqueda estándar por términos MeSH

PubMed - Búsqueda avanzada

Búsqueda combinada de términos MeSH

Búsqueda combinada de términos MeSH

Introducir los términos que queremos combinar por separado.

PubMed - Búsqueda avanzada

Búsqueda combinada de términos MeSH 1. Buscar primer término

1

2. Marcar término 3. Desplegar “Send to”

3

4. Seleccionar “Search Box with AND”

4 2

PubMed - Búsqueda avanzada

Búsqueda combinada de términos MeSH

1. Buscar segundo término 2. Marcar término

1

3. Desplegar “Send to” 4. Seleccionar “Search Box with AND”

5

2

3

5. Pulsar PubMed Search

4

Utilización de subencabezamientos MeSH

PubMed - Búsqueda avanzada

1

1. Buscar término 2. Expandir término 3. Marcar término

6 5 3

2

4. Marcar subencabezamiento 5. Seleccionar “Send to…” “search Box with AND…” 6. Pulsar PubMed Search

4

PubMed - Búsqueda avanzada

Utilización de subencabezamientos MeSH

PubMed - Funciones adicionales

Funciones adicionales - Limits

Permite limitar las búsquedas bibliográficas atendiendo a los siguientes criterios :

 Búsqueda por autor (Search by author)  Búsqueda por revista (Search Journal)  Texto completo… (Full text…)  Fechas ( Entrez Date, Publication date)  Humano o animal (Humans or animals)  Género (Gender)  Idiomas (Languages)  Subtemas o Subgrupos (Subsets)  Tipos de artículo (Article Types)  Edades (Ages)  Campo específico (All fields)

PubMed - Funciones adicionales

Limits

[2]

Las fecha deben introducirse usando el formato yyyy/mm/dd [dp], por ej. 2000/06/03 [dp].

Para buscar entre dos fecha se insertan dos puntos, por ej. 1995:2000 [dp]

PubMed - Funciones adicionales

Funciones adicionales - Preview / Index

• Conocer

previamente el número de resultados de la

búsqueda antes de visualizar las citas.

• Refinar

la estrategia de búsqueda agregando uno o más

términos de una sola vez.

• Agregar

términos a la estrategia de búsqueda procedentes

de un campo específico.

• Ver

y seleccionar términos del Index para desarrollar

estrategias de búsqueda.

PubMed - Funciones adicionales

Preview

• Presenta

con anticipación el número de resultados de

las

búsqueda antes de mostrar las citas.

• Sólo muestra las tres últimas búsquedas. • Es

posible combinar las búsquedas en “Preview” usando los

operadores booleanos.

PubMed - Funciones adicionales

Preview

PubMed - Funciones adicionales

Index

• Permite ver listas de términos dentro de un campo determinado. • Permite

ver y seleccionar los términos del índice y agregarlos a

la estrategia de búsqueda.

• Permite usar operadores booleanos.

PubMed- Funciones adicionales

Index

PubMed- Funciones adicionales

Index

PubMed – Funciones adicionales

Funciones adicionales - History

• Permite guardar las estrategias de búsqueda. • Combinar búsquedas. • Mostrar la hora de la búsqueda. • Mostrar el número de citas recuperadas. • Permite guardar hasta 100 búsquedas.

PubMed - Funciones adicionales

History

PubMed - Funciones adicionales

Funciones adicionales - Details

• Permite

ver la estrategia de búsqueda tal como ha sido traducida por el

mapeo automático de términos.

• Muestra los mensajes de error como faltas de ortografía o stopwords. • Permite copiar la dirección URL de en nuestro “bookmark”.

la estrategia de búsqueda y almacenarla

PubMed - Funciones adicionales

Clipboard

• Permite guardar y ver más adelante las citas seleccionadas de una o más búsquedas.

• Permite

clasificar,

imprimir,

guardar

o

enviar

por

correo

electrónico las citas guardadas en el portapapeles.

• El número máximo de citas que se pueden guardar es de 500.

PubMed - Funciones adicionales

Clipboard

 Si no se seleccionan las citas usando las casilla de la izquierda, PubMed guardará las primeras 500 citas.  La información guardada se conserva 8 horas.

PubMed - Funciones adicionales

Clipboard

 Para acceder a la información contenida en el portapapeles pulsar en la etiqueta “Clipboard”.  Para suprimir las citas, marcar las casilla y seleccionar “Clip remove” del menú desplegable “Send to”.

PubMed - Visualizar resultados

Visualizar resultados - Display

• Permite visualizar los resultados de la búsqueda • Las

citas en PubMed se muestran por defecto en formato

abreviado

• El

menú

formatos.

Summary. desplegable

“Display”

permite

seleccionar

otros

PubMed - Formato de visualización

Summary

El formato abreviado incluye:

 Nombre de autor/es.  Título del artículo.  Fuente.  Identificador PMID.  Marcador de status

PubMed - Formato de visualización

Summary

Artículo que no dispone de abstract o resumen.

Artículo que dispone de abstract o resumen.

Artículo a texto completo en la sede del editor.

Artículo a texto completo gratuito disponible en PubMed Central.

PubMed - Visualizar reultados

Otros formatos

PubMed – Formato de visualización

Brief

El formato breve incluye:  Autor.  Primeras palabras del título.  nº de identificación PMID.

PubMed - Formato de visualización

Abstract

El formato resumen incluye:  Cita bibliográfica.  Título.  Lengua (no inglesa).  Autor/es.  Afiliación del autor/es.  Resumen. Tipo publicación.  nº de identificación PMID y Status Medline.

PubMed - Formato de visualización

Citation

El formato cita incluye:  Cita bibliográfica.  Título.  Lengua (no inglesa).  Autor/es.  Afiliación del autor/es.  Resumen.  Tipos publicación.  Términos MeSH.  nº de identificación PMID y Status Medline.

PubMed - Formato de visualización

Medline

El formato Medline contiene:  Cita bibliográfica completa.  Etiquetas de campo.

PubMed - Visualizar resultados

Show

• Por

defecto PubMed muestra las 20 primeras citas por

página.

• El menú desplegable “Show” permite modificar el número de resultados visualizados.

• Se pueden visualizar hasta

500 citas por página.

PubMed - Ordenar resultados

Sort by

• Por defecto las citas se muestran de acuerdo a la fecha en que fueron ingresadas en la base de datos. Lo más reciente aparece primero.

• El

menú desplegable “sort” organiza las citas por

orden alfabético de autor, alfabético de revista o por fecha de publicación.

PubMed - Enviar resultados

Send to

El menú desplegable “send to” se utiliza para

• Imprimir citas (text). • Enviar las citas a un fichero (file). • Colocarlas en el portapapeles (clipboard). • Enviarlas por correo electrónico (e-mail).

PubMed - Enviar resultados

Send to

Marcar las citas a imprimir y seleccionar “text”. Todas las citas serán imprimidas en una sola página. Marcar las citas que desea descargar en un archivo. Seleccionar “file”- El nº máximo de citas es de 10.000. Marcar las citas y seleccionar “clipboard”. Todas las citas serán guardadas en el portapapeles y dispuestas a imprimir, guardar en un disco, enviar por e-mail. Sólo se pueden guardar hasta un máximo de 500.

Marcar las citas y seleccionar “e-mail”. Se pueden enviar hasta un máximo de 500 citas en texto simple.

PubMed- Otros recursos

Links

• Las citas en PubMed tienen vínculos con: • Artículos relacionados. • El texto completo del artículo.

PubMed- Otros recursos

Links

PubMed- Otros recursos

Links

PubMed- Servicios

Journal Database

Permite buscar revistas indizadas en Medline

• Título completo. • Título abreviado normalizado. • ISSN (International Standard Serial Number. • ID (nº de identificación NLM).

PubMed- Servicios

Journal Database

PubMed- Servicios

Journal Database

PubMed - Servicios

Journal Database

PubMed - Servicios

Citation Matcher

Permite encontrar la cita de cualquier artículo en la base de datos PubMed.

Single citation Matcher

Localiza una cita individual a partir de los datos de la revista.

Bath citation Matcher

Recupera los ID numbers de varios artículos simultáneamente.

PubMed - Servicios

Single Citation Matcher

PubMed - Servicios

Clinical Queries

Buscador especializado que tiene incorporados filtros metodológicos para búsquedas clínicas.

• Search by Clinical Study Category. • Finding Systematic Reviews. • Medical Genetics Search.

PubMed - Clinical Queries

Clinical Study

Permite buscar citas correspondientes a 5 categorías específicas de estudios clínicos:

• Terapéutica • Diagnóstico • Etiología • Pronóstico • Guías de predicciones clínicas

PubMed - Clinical Queries

Clinical Study

Establece el campo de aplicación “Scope”

• Búsqueda

específica, restringida

Se recuperan menos artículos pero

más relevantes.

• Búsqueda sensible, amplia pero también algunos menos relevantes.

Se recuperan más artículos relevantes

PubMed - Clinical Queries

Clinical Study

PubMed - Clinical Queries

Clinical Study

Haynes RB et al.

PubMed - Clinical Queries

Systematic Reviews

Esta búsqueda permite recuperar

• Revisiones sistemáticas. • Meta-análisis. • Revisiones de ensayos clínicos. • Conferencias de consenso. • Guías de práctica clínica.

PubMed - Clinical Queries

Systematic Reviews

PubMed - Clinical Queries

Systematic Reviews

PubMed - Clinical Queries

Systematic Reviews

Medical genetics

PubMed - Clinical Queries

Recupera referencias relacionadas con la medicina genética

Criterios de búsqueda

PubMed - Servicios

My NCBI

• Permite

guardar

las

estrategias

de

búsqueda

para

una

actualización manual de los resultados.

• Permite

la notificación de nuevos resultados mediante correo

electrónico.

• Permite

agrupar la recuperación de temas de su interés mediante

el uso de filtros.

PubMed - Servicios

My NCBI

Sign In – permite acceder a su archivo personal de My NCBI. Register – Permite crear un archivo personal. Es un servicio gratuito y se puede acceder a través de internet.

PubMed - Servicios

Cómo acceder a My NCBI

En “Register” introducir los siguientes datos:

• Nombre de usuario. • Contraseña (2 veces). • Escoger una pregunta de seguridad y dar la respuesta.

• Dirección de e-mail (Opcional).

MY NCBI

PubMed - Servicios

Archivar la estrategia de búsqueda

• Una vez realizada la búsqueda pulsar “Save Search”.

• En “Save Search” se puede cambiar el título de la búsqueda.

• Se pueden recibir actualizaciones.

MY NCBI

PubMed - Servicios

Archivar la estrategia de búsqueda

MY NCBI

PubMed - Servicios

Filtros

• Se pueden usar hasta cinco filtros activos . • Para visualizar los filtros de PubMed,

pulsar el icono

MY NCBI

PubMed - Servicios

“Browse” nos permite ver opciones adicionales.

PubMed - Servicios

MY NCBI

PubMed - Servicios

MY NCBI

PubMed - Servicios

MY NCBI

PubMed - Servicios

MY NCBI

PubMed - Servicios

MY NCBI

1

2 3 4

5

PubMed - Servicios

MY NCBI

PubMed - Servicios

MY NCBI

Nuevas funcionalidades PubMed

PubMed - Servicios

•

Advanced search (Beta)

Formulario de búsqueda avanzada todavía en fase beta. Reúne en una sola página dos funcionalidades que ya existían por separado a través de las pestañas “Limits” e “History”.

Otras funcionalidades PubMed

PubMed - Servicios

• Citation sensor

Reconoce la combinación de términos de búsqueda característicos de las citas (nombres de autor, investigador, título de revista, volumen, número, fecha de publicación) y va a identificar esta combinación de términos con una o varias citas. Así, cuando introducimos los términos en la caja de búsqueda nos aparecerá sobre las referencias recuperadas un cuadro amarillo con uno o varios enlaces a las citas sugeridas.

Etiquetas de campo

Apéndice I Nombre del campo

Abreviatura

Descripción

Affiliation

[AD]

Dirección y afiliación institucional del primer autor

All Fields

[All]

Todos los campos

Author

[AU]

Nombre del autor

Issue

[IP]

Número de la revista en la que el artículo ha sido publicado

Journal Title

[TA]

Título de la revista, título abreviado o ISSN

Language

[LA]

Idioma del artículo

MeSH Major Topic

[MAJR]

Término MeSH que constituye el tema principal del art.

MeSH Subheadings

[SH]

Describen un aspecto particular de un determinado tema o materia

MeSH Terms

[MH]

Términos MeSH

Pagination

[PG]

Número de la primera página del artículo

Publication Date

[DP]

La fecha en la que se publicó el artículo

Publication Type

[PT]

Tipo de publicación (Revisiones, ensayos clínicos, etc…)

Subset

[SB]

Código para un conjunto determinado de revistas

Text Words

[TW]

Palabras de texto contenidas en casi todos los campos

Title Words

[TI]

Palabras contenidas en el título

Title/Abstract

[TIAB]

Palabras y números incluidos en el título, resumen

Volume

[VI]

Número del volumen de la revista en la que el art., ha sido publicado

Bibliografía

• Bravo Toledo, R, Campos Asensio C. Cómo hacer una búsqueda bibliográfica en internet. FMC2000; 7(5):307-9.

Bibliografía

• Bravo Toledo, R. Todo lo que usted quería saber sobre MEDLINE y nunca se atrevió a preguntar. Disponible en: http://www.infodoctor.org/rafabravo/medline.htm

• González Guitián C, Sobrido Prieto, M. Buscar en Medline con Pubmed: Guía breve de uso. Disponible en: http://www.fisterra.com/recursos_web/no_explor/pubmed/060828_pubmed.pdf

• PubMed

Basics. National Library of Medicine. Disponible en:

http://nnlm.gov/training/resources/pmtri.pdf

• PubMed. Guía de consulta. Biblioteca de la Universidad Complutense de Madrid. Disponible en: http://www.ucm.es/BUCM/servicios/doc5461.pdf

• PubMed

Tutorial. Desarrollado por la National Library of Medicine. Disponible en:

http://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmedtutorial/

PubMed – Interfaces alternativas

Interfaces alternativas

AskMEDLINE -

http://askmedline.nlm.nih.gov

Apéndice II

Interfaces alternativas

RELEMED -

http://www.relemed.com

Apéndice II

Interfaces alternativas

PubMed Interact (SLIM V.2) -

http://pmi.nlm.nih.gov/interact

Apéndice II

Interfaces alternativas

GoPubMed-

http://www.gopubmed.org

Apéndice II

Interfaces alternativas

Hakia-

http://pubmed.hakia.com

Apéndice II

Interfaces alternativas

Otras interfaces Ali Baba- PubMed as a graph – http://alibaba.informatik.hu-berlin.de/ PubFocus – http://www.pubfocus.com HubMed – PubMed rewired – http://www.hubmed.org XplorMed – http://www.ogic.ca/projects/xplormed

Bibliografía

• Muin M, Fontelo P, Liu F, Ackerman M. SLIM: an alternative web interface for MDLINE/PubMed searches – a preliminry Study. BMC Med Inform Decis Mak. 2005; 5:37.

Bibliografía

Disponible en: http://biomedcentral.com/1472-6947/5/37

• Muin M, Fontelo P. Technical development of PubMed Interact: an improved interface for MEDLINE/PubMed Search. BMC Med Inform Decis Mak. 2006;6: 36. Disponible en: http://www.biomedcentral.com/1472-6947/6/36

• PubMed Interact Tutorial. http://pmi.nlm.nih.gov/interact/tutorial.html • Doms, S, Schroeder M. GoPubMed: exploring PubMed with the Gene Ontology. Nucleic Acids Res. 2005;33 suppl.2: W783-W786. Disponible en: http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/full/33/suppl_2/W783

http://www.ncbi.nih.gov/entrez/query.fcgi Helena Martín Rodero – Biblioteca Facultad de Medicina [email protected] Sonia Martín Castilla – Biblioteca E.U. Enfermería y Fisioterapia [email protected]

Salamanca, 21-25 de julio de 2008

http://sabus.usal.es/bib_virtual3