Plataforma Científico-Tecnológica CIPF Catálogo de Servicios Tecnológicos

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2014 Plataforma Científico-Tecnológica CIPF

Catálogo de Servicios Tecnológicos

2014 Plataforma Científico-Tecnológica CIPF

Catálogo de Servicios Tecnológicos

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Servicios Tecnológicos CIPF Gonzalo Fuster [email protected] Tel. +34 963289681 / Ext. 5229 CIPF C/ Eduardo Primo Yúfera, 3 Valencia 46012, Spain Tel. +34 963 289 680 Fax. +34 963 289 701 www.cipf.es

Con la financiación de: Unión Europea Fondo Europeo de Desarrollo Regional

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Animalario Citómica Cribado Farmacológico Genómica y Genética Traslacional Microscopía Confocal Microscopía Electrónica de Transmisión Proteómica Resonancia Magnética Nuclear

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Animalario

El Animalario del CIPF es un área dedicada al cuidado y mantenimiento de animales de experimentación, tanto mamífero superior como inferior, así como a la realización de procedimientos experimentales. Los avances científicos y la investigación de calidad exigen un uso responsable de animales de experimentación así como la reproducibilidad de los procedimientos. Para ello son necesarios animales de alta calidad genética y sanitaria, una infraestructura adecuada que garantice un mantenimiento y manejo acorde a las necesidades de los mismos, y el cumplimiento de la normativa legal vigente sobre protección de animales utilizados para experimentación. El Animalario del CIPF está registrado como Centro de Cría, Usuario y Suministrador de animales de experimentación con el número ES 46 250 0001 002 y está integrado por personal Especialista en Bienestar y Salud Animal, Experimentador y Cuidador acreditados.

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Equipamiento QUIRÓFANO 1 Sistemas Karl Storz-SCB y Karl Storz-Aida El sistema Karl Storz Aida es un sistema avanzado de archivo de datos e imágenes. Se basa en un sistema informático de documentación y archivo seguro para imágenes fijas, secuencia de audio y vídeo y datos del paciente. Permite grabar los datos de una intervención terapéutica o diagnóstica directamente desde la sala de operaciones. El sistema Karl Storz-SCB permite una representación central y el control remoto de los parámetros de los aparatos SCB conectados. Junto con el sistema Media Control y la unidad multimedial AMX permite la transferencia de datos, conferencias de vídeo, vídeos desde quirófano in vivo, etc. Ambos sistemas están integrados en lo que se conoce como KARL STORZ OR-1, un quirófano integrado. De esta forma se integran endoscopios, cámaras, documentación, comunicación, etc. Con este sistema, las transferencias de datos, activaciones de luz del propio quirófano o videoconferencias pueden ser activadas del modo habitual o tradicional, desde una pantalla táctil o por la voz.

QUIRÓFANO 2 Mismo equipo que quirófano 1 pero en zona SPF.

2 Torres de Endoscopia Karl Storz equipadas con monitor TFT, fuente de luz fría, thermoflator (aparato de insuflación de aplicación en intervenciones quirúrgicas laparoscópicas), endomat (bomba de succión e irrigación combinado para su empleo en intervenciones histeroscópicas y laparoscópicas –sólo en 1 torre –) y ópticas de diferentes calibres (éstas últimas se consideran como material endoscópico común para ambas zonas). 2 Estaciones anestésicas Draeger Primus con sus respectivos motores hemodinámicos Draeger Infinity Delta. 1 Generador electroquirúrgico Force FX-8C (Valleylab). Corriente monopolar y bipolar. 2 mesas quirúrgicas con sistema de regulación de temperatura y movilidad integrados.

FOTOS 1/2 - Sala de estabulación animalario.

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Servicios INSTALACIONES Instalaciones de barrera para roedores (770m2): Instalaciones Specific Pathogen Free (SPF) con capacidad para 20.000 animales, en las que se incluyen salas de cuarentena anexas, salas de estabulación con microaisladores y racks ventilados, cabinas de flujo laminar, quirófanos, sala de comportamiento, lavaracks, lavabiberones, autoclaves, SAS de peróxido, etc… - Áreas de trabajo específicas para ratones inmunodeprimidos. - Áreas de trabajo específicas para ratones inmunocompetentes. - Áreas de trabajo específicas para rata inmunodeprimidas. - Áreas de trabajo específicas para rata inmunocompetente. - Área de trabajo para el análisis in vivo por fluorescencia y/o bioluminiscencia (IVIS Spectrum). Instalaciones de baja contención para roedores y lagomorfos (200m2): Instalaciones equipadas con microaisladores y racks ventilados, quirófanos y salas de comportamiento. Sala de necropsias. Instalaciones para mamífero superior: Instalaciones que permiten la realización de diversos procedimientos experimentales desde la estabulación, mantenimiento y cuidado de diferentes especies hasta la realización de diferentes técnicas quirúrgicas, así como la realización de cursos formativos - Salas acondicionadas para la estabulación de diferentes especies animales como cerdos, ovejas, perros, etc. - Dos quirófanos integrados OR-1 con dos puestos de trabajo cada uno en los que se incluyen: - Máquina anestésica Draeger Primus - Monitor hemodinámico Draeger Infinity Delta - Torre de Endoscopia Karl Storz - Generador electroquirúgico Force FX-8C - Mesa termoregulada Los quirófanos también integran el Sistema SCB y Aida de Karl Storz que permite un archivo de datos e imágenes así como la transmisión de los mismos.

El Servicio tiene como funciones: - Proporcionar a los investigadores la infraestructura general para la ejecución de estudios experimentales con animales. - Mantener a los animales utilizados en procedimientos experimentales en condiciones adecuadas de salud y bienestar de los mismos, así como de alojamiento y de cuidados necesarios. - Asesoramiento especializado en el diseño de procedimientos experimentales, elección del modelo animal, realización de técnicas quirúrgicas, etc… - Apoyo en la realización de diversas técnicas experimentales. - Asegurar el cumplimiento de la normativa vigente sobre protección de animales utilizados con fines experimentales. - Velar y apoyar la adecuada preparación y formación del personal experimentador. Contacto Animalario

[email protected] Tel. +34 963289680

FOTO 3 - Quirófano Integrado.

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Citómica

El Servicio de Citómica del CIPF dispone de equipos con tecnología punta para el análisis multicolor y la separación celular a alta velocidad. El Servicio ha sido creado y es dirigido por el prof. José Enrique O’Connor, Catedrático de la Universidad de Valencia, que inició la Citometría de Flujo en España en 1983. El Servicio de Citómica tiene una dilatada experiencia en la aplicación de las técnicas de análisis citómico a los campos de la Biomedicina, la Biotecnología y la Medicina Translacional. Además, también tiene experiencia en la aplicación de métodos útiles en el campo de la Microbiología y las Ciencias Ambientales.

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Equipamiento Un Separador Celular  de Alta Velocidad MoFlo (Beckman-Coulter, CA, USA), equipado con tres láseres (un láser con dos longitudes de onda de excitación 488/351 nm, un láser rojo de 635nm) y 8 detectores de fluorescencia. Este equipo permite la separación de 4 poblaciones celulares simultáneamente, además permite la posibilidad de separar en diferentes soportes, desde tubos de diferente tamaño hasta placas de pocillos y portaobjetos. Además de permitir la separación de células a alta velocidad, lo hace rindiendo purezas superiores al 98% y manteniendo la viabilidad y la funcionalidad celular.

tiparamétrico de funciones/estructuras celulares, aplicable a los campos del inmunofenotipado celular, estudios de proliferación y ciclo celular, apoptosis, cáncer, neurociencias, toxicología,etc.

Un Sistema de Análisis Celular de Alto Contenido In Cell Analyzer 1000 (GE Healthcare, UK). Sistema de microscopía epifluorescente automatizado para la adquisición de imagen y posterior análisis de eventos subcelulares. Se trata de un sistema de análisis útil en campos como apoptosis, ciclo celular y proliferación, señalización, cáncer, neurociencias, toxicología, cribado de moléculas, etc. ya que proporciona gran cantidad de datos, que se pueden correlacionar entre ellos, siempre por medio de técnicas de imagen por fluorescencia.

Servicios

Un Sistema de Análisis Multiplexado (Luminex) 200. Este instrumento permite la detección de citoquinas extracelulares y otras proteínas solubles, con elevada capacidad de análisis, ya que permite la detección y cuantificación de un elevado número de moléculas en el mismo pocillo, por tanto, utilizando volúmenes muy reducidos de muestra. Un Citómetro de Flujo FC500 MCL (Beckman-Coulter, CA, USA), equipado con 2 láseres: 488 nm y 635 nmy 5 detectores de fluorescencia. Adquisición manual o automática de muestras con carrusel. Un Citómetro de Flujo FC500 MPL (Beckman-Coulter), equipado con un láser de 488nm. Posibilidad de adquirir las muestras en diferentes formatos (tubos o placas de pocillos). Los dos citómetros de flujo son sistemas de análisis celular, permitiendo la adquisición de suspensiones celulares marcadas con diferentes fluororomos y/o anticuerpos fluorescentes. Ambos sistemas permiten el análisis mul-

El Servicio de Citómica ofrece servicios a diferentes niveles según la preferencia del usuario: Procesamiento de las muestras. Capacidad para manejar muestras de diferentes procedencias: líneas celulares inmortalizadas, cultivos primarios, muestras celulares y fluidos biológicos procedentes de tejidos, bacterias y algas. Conocimiento de los protocolos optimizados según el diseño experimental. Adquisición de las muestras en los diferentes equipos del Servicio. Análisis e interpretación de los resultados obtenidos. Asesoramiento en el diseño de experimentos. Diseño y ejecución de estudios completos basados en el análisis citómico.

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Aplicaciones Aplicaciones Generales - Inmunofenotipo de muestras para detectar la expresión de antígenos de superficie e  intracelulares / intranucleares. - Análisis del ciclo celular. - Ensayos de citotoxicidad para evaluar la muerte celular e investigar las vías específicas de apoptosis. - Ensayos funcionales aplicados a líneas celulares establecidas, cultivos primarios y muestras ex vivo. - Análisis celular de microorganismos para aplicaciones clínicas, en biotecnología y ciencias medioambientales. - Caracterización funcional e inmunofenotipo de células madre. - Análisis cinético en tiempo real de parámetros funcionales (análisis In Fluxo). - Análisis multiplexado de proteínas solubles. - Separación celular para obtener las poblaciones purificadas basada en inmunofenotipo y/o características funcionales. - Estudios de alto contenido (HCA) por técnicas de análisis de imagen en células adherentes y cortes de tejido. Detección y cuantificación de diferentes parámetros celulares. Ensayos de especial relevancia en los campos de la Toxicología y del Descubrimiento de Fármacos.

Aplicaciones Específicas - Relación inmunología-ejercicio físico. Determinación del estado inmunológico de individuos sometidos a diferentes grados de intensidad de ejercicio físico. Dirigido a clínicas deportivas y centros deportivos de alto rendimiento. - Determinación del estado inmunológico aplicado al campo de la veterinaria. Análisis de las poblaciones leucocitarias en animales de compañía, así como en diferentes especies de peces y cetáceos. Dirigido a clínicas veterinarias, piscifactorías, centros de conservación y/o explotación de peces y cetáceos.

Contacto Citómica

Alicia Martínez, Domingo Gil [email protected] Tel. +34 963289681 Ext. 3111/3112

IMAGEN 1- Citómetro de flujo Cytomics FC500 (BeckmanCoulter) con 2 láseres (488 y 635 nm) y 5 detectores de fluorescencia.

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Cribado Farmacológico

El Servicio de Cribado Farmacológico del CIPF permite llevar a cabo la evaluación biológica/ farmacológica de librerías de compuestos propias, así como procedentes de organismos externos, con el fin de obtener y caracterizar nuevos agentes bioactivos. A diferencia de otras plataformas existentes, el servicio está orientado a identificar compuestos moduladores de interacciones proteína-proteína clave en patologías humanas, y a desarrollar ensayos en el área de las células madre, adultas y embrionarias (proliferación y diferenciación).

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Equipamiento

Servicios

Pipeteador automático Robot Freedom EvoTECAN adecuado para llevar a cabo los cribados masivos en placa de 96 y 384.

Colecciones de más de 11.000 compuestos puros.

Lectores multiplacas Victor3/Victor 2 (absorbancia, luminiscencia, fluorescencia, fluorescencia polarizada).

Puesta a punto del ensayo en formato de alta densidad. Se realizan ensayos in vitro y ensayos celulares (células tumorales, no tumorales y células madre). Validación estadística del ensayo.

Sala de cultivo celular completamente equipada. Definición de positivos. Espacio dedicado a biología molecular para estudios de mecanismos moleculares específicos (Westen blot, PCR, etc.) Espacio de laboratorio de síntesis completamente equipado.

Cribado masivo de colecciones de compuestos. Evaluación secundaria de los positivos seleccionados, (incluyendo técnicas como Western Blot, PCR en tiempo real, citometría de flujo, etc). Búsqueda de información competitiva. Análisis inicial de la novedad para la protección intelectual. Desarrollo de Química Médica ‘Hit to Lead’. Desarrollo de sistemas de transporte (conjugados poliméricos) para los compuestos seleccionados.

GRÁFICO 1- Gráfica de candidatos tras cribado

Creación y el mantenimiento de una colección de compuestos de alta quimiodiversidad, la adaptación de los ensayos para cribado masivo (highthrouput; HTS) y la selección de los compuestos activos frente a las dianas terapéuticas de interés.

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Aplicaciones Experiencia en la puesta a punto y automatización de diferentes tipos de ensayos en formato de alta densidad frente a nuevas dianas moleculares incluyendo interacciones proteína-proteína clave en patologías humanas. Validación estadística del ensayo. Cribado masivo de colecciones del CIPF. Evaluación Secundaria de los positivos seleccionados.

Contacto Cribado Farmacológico

Esther Masiá [email protected] Tel. +34 963289681 Ext. 2306

Identificación de nuevas dianas terapéuticas. Identificación de compuestos con actividad biológica frente a las mismas, con el fin de modular el comportamiento de células madre (Medicina Regenerativa) y células tumorales (Cáncer-Metástasis).

IMAGEN 1- Pipeteador automático Robot Freedom EvoTECAN

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Genómica y Genética Traslacional (SGGT)

El Servicio de Genómica y Genética Traslacional (SGGT), nace en 2013 como un servicio biotecnológico del CIPF en el marco del Programa de Enfermedades Raras y Genéticas. El SGGT integra la capacidad científica del CIPF en el campo de la genética humana, la genómica y la bioinformática con el conocimiento y la experiencia en el diagnóstico genético de un equipo de genetistas y médicos. Con esta nueva estructura se pretende dar un paso más allá del análisis genómico que en la actualidad el CIPF viene prestando desde el año 2005, ofreciendo servicios integrados del análisis del genoma humano con un alto componente de traslación clínica.

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Equipamiento

Servicios

Cabinas Telstar Mini-V/PCR.

Asesoramiento genético personalizado, incluido en el análisis genético.

Termocicladores Veriti 96 pocillos de Applied Biosystems y Mastercycler de Eppendorf. Secuenciador de 96 capilares ABI3730xl de Applied Biosystems.

Diagnóstico Genético Prenatal y Postnatal: - Enfermedades Musculares - Enfermedades del nervio periférico - Enfermedades de la unión neuromuscular - Ataxias cerebelosas autosómicas recesivas (ARCAS)

Estación de hibridación Tecan HS 4800 Pro. Escaner para microarrays G2565C de Agilent Technologies.

Síndromes genómicos (microdeleción, microduplicación), cromosomopatías u otros trastornos genéticos (onco-hematología, autismo).

Bioanalizador 2100 de Agilent Technologies. NanoDrop ND1000 para el control de calidad de las muestras.

Microarrays (baja densidad: 15K, 44K, 105K, 244K; alta densidad: 60K, 180K, 400K y 1M). - aCGH - aCGH + SNPs - Expresión génica - miRNA - ChIPonChiP, Metilación Tratamiento de muestras (extracción de DNA y RNA de planta, bacteria, cultivo, tejido fresco, parafinado,etc.). Secuenciación Sanger

IMAGEN 1/2 - Análisis de una mutación patológica mediante un estudio de localización subcelular: proteína salvaje (izquierda) y mutada (derecha).

Entre las novedades del SGGT cabe destacar el uso de la Tecnología Luminex para la búsqueda de aneuploidías, duplicaciones, deleciones y microdeleciones (Cridu-chat, Prader-Willi, Angelman, Wolf-Hirschhorn, etc…) para diagnóstico pre- y post-natal. Otra de nuestras novedades es el uso de arrays dirigidos a clínica como los de oncología (donde se cubren aproximadamente 2.410 regiones relevantes en procesos cancerígenos), autismo (con más de 1500 genes implicados en alteraciones del desarrollo y síndromes conocidos incluyendo 150 regiones del genoma asociadas con autismo) o de clínica general (con más de 250 síndromes mendelianos, 250 loci implicados en autismo, 980 genes 41 regiones subteloméricas únicas, 43 regiones pericentroméricas únicas y sondas pseudoautosómicas para detectar alteraciones numéricas en los cromosomas sexuales).

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Aplicaciones Apoyo clínico y asistencial de calidad, especializado en el análisis genético de enfermedades monogénicas hereditarias, malformaciones congénitas, síndromes cromosómicos y genómicos, discapacidad intelectual y otras enfermedades con componente genético, con la finalidad de ofrecer diagnóstico y asesoramiento genéticos, mejorando así la atención y salud que reciben los pacientes y sus familias.

Contacto Genómica y Genética Traslacional

Laura Ramírez [email protected] Tel. +34 963289681 Ext. 2104

Apoyo a los profesionales de la salud interesados en el diagnóstico genético, atendiendo las necesidades que surgen en la práctica clínica diaria. Para ello, contamos con una dilatada trayectoria en el análisis genético de enfermedades hereditarias y, consecuentemente, la experiencia para resolver las cuestiones que en este sentido se planteen. Desarrollo de nuevas herramientas basadas en la metodología de secuenciación masiva (NGS, ‘Next Generation Sequencing’) con el fin de agilizar el análisis genético y obtener diagnósticos moleculares de enfermedades que cursan con una amplia heterogeneidad genética. Dotación de los recursos técnicos, materiales y humanos en el campo de la secuenciación Sanger de ADN, el análisis genómico mediante de microarrays (hibridación genómica comparada –aCGH-, polimorfismos de nucleótido sencillo –aSNP- y variaciones en número de copia – CNV-) y otros servicios relacionados como la extracción, purificación o concentración y control de calidad de las muestras de ADN y ARN. Investigación de las causas genéticas y los mecanismos de enfermedad que subyacen en los trastornos hereditarios y profundizar en el conocimiento que actualmente existe sobre estas enfermedades, ofreciendo colaboraciones con los grupos de investigación que integran el Programa de Enfermedades Raras y Genéticas, siempre con el fin de llegar a definir nuevos biomarcadores y nuevas dianas terapéuticas.

FOTO 1 - Escaner para microarrays G2565C de Agilent Technologies. FOTO 2 - Montaje de una array de 180K

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Microscopía Confocal

El objetivo del Servicio de Microscopía Óptica y Confocal es proporcionar infraestructura y apoyo técnico para la observación y análisis de muestras de diferente naturaleza (células, tejidos y materiales). El Servicio ofrece diferentes sistemas de microscopía óptica que cubren un amplio rango de aplicaciones: - Microscopía de Fluorescencia - Microscopía Confocal - Microscopía multifotón y generación del segundo harmónico - Microscopía TIRF (Total Internal Reflection Fluorescence) - Microscopía de célula viva - Microinyección

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Equipamiento

Servicios

1 Microscopio confocal Leica TCS-SP2-AOBS, equipado con 9 líneas de excitación láser que abarcan todo el espectro visible, desde los 405nm hasta los 633nm, 4 detectores que pueden trabajar de manera simultanea, cámara de CO2 y control de Tª para los ensayos con células vivas, y software de análisis FRET, FRAP y FLIM.

Principales Servicios:

1 Microscopio Confocal Vertical Multifotón Leica TCSSP2-AOBS, equipado con 7 líneas de excitación láser y 1 multifotón.

Captación de imágenes y recogida de resultados.

2 Microscopios de fluorescencia verticales Leica DM6000B

Interpretación de resultados.

1 Microscopio de fluorescencia invertido Leica DM6000B

Asesoramiento técnico.

Recogida y almacenamiento de las muestras. Tratamiento de las muestras y marcaje fluorescente, tanto para célula viva como fijada (inmunomarcaje).

Procesado de imágenes ycuantificación.

1 Microscopio de fluorescencia invertido Leica DM6000B equipado con un sistema TIRF (Total Internal Reflection Fluorescence), cámara de CO2 y control de Tª para el estúdio de células vivas. 2 Microscopios de fluorescencia verticales Zeiss Axioscop2 1 Microscopio de fluorescencia vertical Zeiss Axiovert200M 1 Microscopio de fluorescencia invertido Olympus IX81 equipado con cámara de CO2 y control de Tª para el estudio de células vivas. 1 Microscopio de fluorescencia invertido Nikon Eclipse TE2000-S.

IMAGEN 1 - Imágenes tomadas con Microscopio Confocal Vertical Multifotón Leica TCS-SP2-AOBS.

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Aplicaciones Estos son algunos ejemplos de los múltiples estudios que se pueden realizar mediante la microscopía óptica y confocal: Ciencia Biomédica + CÉLULAS FIJADAS

- Estudios inmunocitoquímicos e inmunohistoquímicos. - Estudios de co-localización de fluoroforos, por ejemplo para estudios de interacción y/o localización de proteinas. - Estudios de crecimiento celular en biomateriales.  - Estudios de interacción de proteinas y cambios conformacionales mediante FRET (Fluorescence Resonance. Energy Transfer).

Ciencia de los materiales - Análisis de la morfología o los defectos en sólidos como componentes microelectrónicos, polímeros, resinas, minerales, cerámicas, metales,etc, Así como el estudio de perfiles de superficie y rugosidad. Aplicable a campos tan diversos como: Ingeniería (controles de calidad, análisis de corrosión, etc), paleontología, medicina forense, geología, implantología dental y osea, etc. - Análisis de materiales geológicos. - Análisis volumétrico de inclusiones fluidas de hidrocarburos. Ciencia de los alimentos - Caracterización microestructural de alimentos elaborados.

+ CÉLULAS VIVAS

- Estudios de citotoxicidad, variación de actividad mitocondrial, internalización de fármacos, etc. - Estudios de mecanismos fisiológicos tales como: comunicación celular, movilidad de componentes de membrana, interacción entre proteínas, cambios en su conformación, etc, mediante FRET (Fluorescence Resonance Energy Transfer), FRAP (Fluorescence Recovery After Photobleaching) y FLIP (Fluorescence Loss in Photobleaching). - Cinéticas de variación intracelular de Ca+2, Na+, Mg+2, - Estudios de movilidad celular y migración. - Estudios intravitales en animales vivos mediante microscopía multifotón.

Contacto Microscopía Confocal

Alberto Hernández [email protected] Tel. +34 963289681 Ext. 2305/2316

+ TEJIDOS

- Estudios inmunocitoquímicos e inmunohistoquímicos. - Estudios de co-localización de fluoroforos. - Microscopía multifotón y generación de segundo harmónico.

FOTO 2 - Microscopio Confocal Vertical Multifotón Leica TCS-SP2AOBS.

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Microscopía Electrónica de Transmisión

El servicio de Microscopía Electrónica ofrece a los usuarios la posibilidad de realizar cualquier estudio mediante el microscopio electrónico de transmisión (MET). El MET permite obtener imágenes a grandes aumentos y alta resolución de la ultraestructura de cualquier muestra biológica –tejidos histológicos, cultivos celulares, orgánulos celulares, microorganismos, virus– así como la visualización de macromoléculas y polímeros.

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Equipamiento

Servicios

Microscopio electrónico de transmisión FEI Tecnai Spirit Preparación de la muestra para Microscopía Electrónica G2 con cámara digital (Soft Image System, Morada) y sof- de Transmisión tware de adquisición de imágenes (ITEM). - Deshidratación con etanoles en concentración creciente, aplicación de contrastadores (Tetraóxido de Osmio Microscopio electrónico de transmisión Phillips CM-10 y Acetato de Uranilo). con cámara digital (Soft Image System, Morada) y sof- - Inclusión en resinas epoxi (Araldita). tware de adquisición de imágenes (ITEM). Ultramicrotomia: Realización, con cuchillas de diamante, Ultramicrotomo Leica UC6 con accesorio de criocámara de cortes semifinos para microscopía optica, y cortes ulpara corte por congelación. trafinos para microscopía electrónica. Piramitomo (Leica EM TRIM).

Técnicas de tinción negativa y optimización mediante Glow Discharge.

Máquina de hacer cuchillas para ultramicrotomía (Leica EM KMR2). Realización de inmunohistoquímicas para microscopía electrónica (inmuno oro), pre-embedding o post-embedding. Evaporador (Baltec MED 020). Observación, captura de imágenes y asesoramiento en el estudio de las muestras en el MET.

IMAGEN 1 - Imágenes realizadas con el Microscopio Electrónico de Transmisión FEI Tecnai G2 Spirit, con cámara digital Morada de Olympus Soft Image System.

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Aplicaciones Refuerzo y apoyo en el Diagnóstico Clínico de algunas patologías: - Renales: Diagnóstico de glomerulopatías primarias y secundarias. - Musculares: Apoyo en el diagnóstico de miopatías congénitas, mitocondriales, nemalínicas y metabólicas por cuerpos de inclusión (amieloide, Tay-Sachs, etc). - Metabólicas: Estudio de patologías hereditarias como Mucopolisacaridosis, Lipofuscinosis Ceroidea Neuronal, Enfermedad de Anderson-Fabry por acumulación de cuerpos mieloides, etc. - Dermatológicas: Diferenciar variedades de epidermolísis bulosa congénita. - Patología en los nervios periféricos: Apoyo en el diagnóstico por alteración en la mielina del Sindrome de Guillain-Barré (polineuropatía desmielinizante inflamatoria aguda). - Hipofisarias: Refuerzo diagnóstico en los casos de adenomas hipofisarios. - Identificación de partículas virales intranucleares y citoplasmáticas. Observación de la estructura y morfología de virus, bacterias, exosomas, microvesículas, proteínas y algunos compuestos químicos. Estudio de los efectos morfológicos (incremento de vacuolas, autofagosomas, gotas lipídicas, etc) de drogas y/o fármacos en líneas de cultivos celulares. Seguimiento de la proliferación, diferenciación e integración de células madre previamente marcadas (Ej. mediante GFP, RFP, etc) y trasplantadas en tejidos diana. Estudio de la función de algunas proteínas: Observación de las  alteraciones morfológicas producidas en un animal de experimentación por la ausencia o sobreexpresión de esa proteína. Análisis inmunohistoquímicos (oro coloidal o DAB) de tejidos.

Contacto Microscopía Electrónica de Transmisión

Mario Soriano [email protected] Tel. +34 963289681 Ext. 2103/4309

IMAGEN 2- Preparación de muestras (Ultramicrotomo Leica UC6).

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Proteómica

Gran parte del éxito de la proteómica se ha debido a los avances en el desarrollo de nuevas tecnologías para la separación de mezclas de proteínas por electroforesis bidimensional, o bien, utilizando cromatografía líquida multidimensional que permite separar los péptidos digeridos de una mezcla proteica compleja. Ambas técnicas, unidas al desarrollo de las potentes herramientas de espectrometría de masas permiten llevar a cabo con éxito la identificación de las proteínas y de sus modificaciones posttraduccionales incluso en mezclas de proteínas de gran complejidad.

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Equipamiento Ettan IPGPHOR II IEF: cubeta de electroforesis para la 1ª dimensión. Ettan DALTsix: cubetas de electroforesis para la 2ª dimensión. ImageScanner II: scanner para densitometría visible de los geles revelados con tinciones convencionales. ImageMaster 2D Platinum: software para el análisis convencional de geles. Typhoon™ 9400: scanner para la detección de geles con marcadores fluorescentes. DeCyder™: software para el análisis de expresión diferencial de los geles de DIGE. El módulo EDA (Extended Data Analysis) permite analizar los patrones de expresión y extraer una mayor información de los geles. Investigator ProPic™ para la escisión de fragmentos de gel de poliacrilamida, que dispone de dos transiluminadores, de luz visible y UV, para usar según el tipo de gel. Sistema cromatográfico de LC Packings compuesto de: - Bomba nano HPLC UltiMate™ para la creación de gradientes a flujos reducidos. - Auto inyector Famos para la inyección automática de las muestras. - Módulo MDLC Switchos para cromatografía multidimensional. - Sistema de Cromatografía líquida Acquity UPLC de Waters que permite conseguir mayor resolución y sensibilidad cromatográfica utilizando columnas con un tamaño de partícula inferior a 2µ. Micro colector de fracciones Probot para colectar fracciones en distintos formatos. Este colector puede mezclar el eluyente con matriz y depositar las fracciones directamente sobre placas de MALDI (LC/MALDI). 4700 Proteomics Analyzer (PA) de Applied Biosystems. Espectrómetro de masas consistente en una fuente de ionización MALDI y dos analizadores de tiempos de vuelo

en tándem separados por una cámara de colisión. Contiene el software necesario para realizar LC/MALDI analizar mezclas complejas. QSTAR XL de Applied Biosystems. Espectrómetro con fuente de ionización de nanoSpray y analizadores híbridos cuadrupolo-tiempo de vuelo (Q-TOF). El sistema cromatográficoconectado a la fuente de ionización es un nano HPLC Ultimate de LC Packings idéntico al descrito anteriormente, con capacidad de realizar cromatografía multidimensional in-line al espectrómetro de masas. AKTA FPLC para la purificación convencional de proteínas. El equipo está ubicado dentro de una nevera a 4ºC por lo que la purificación se realiza en frío durante todo el proceso. AKTA Purifier para la purificación y desarrollo de protocolos de purificación. Ettan LC para la purificación de proteínas a pequeña escala, necesaria en muchas aplicaciones de proteómica.

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Servicios Existen dos aproximaciones que permiten llevar a cabo la identificación de proteínas por espectrometría de masas a partir de una mezcla compleja. La primera de estas aproximaciones es la electroforesis bidimensional, que es capaz de separar en un gel de poliacrilamida (2D-PAGE) varios miles proteínas a partir de una mezcla compleja para su posterior procesado e identificación. La segunda es la cromatografía multidimensional, que previa digestión de la mezcla compleja de proteínas, es capaz de separar los péptidos resultantes para la posterior identificación de las proteínas.

Contacto Proteómica

Virginia Rejas [email protected] Tel. +34 963289681 Ext. 2102

Electroforesis bidimensional y Tec. DIGE. Cromatografia multidimensional. Espectrometría de masas. Purificación de proteínas. FOTO 1 - Espectrómetro de masas 4700 Proteomic Analyzer (PA) de Applied Biosystems.

Aplicaciones

Nodo Universitat de València (UV) - CIPF

La valiosa información generada por la tecnología proteómica contribuye, entre otras, al desarrollo de:

Colaboración para ofrecer servicios de proteómica que aporten soluciones en el desarrollo y ejecución de proyectos

La biomedicina, en aplicaciones como la búsqueda de biomarcadores para el diagnóstico de enfermedades y de dianas terapéuticas; así como el desarrollo de fármacos y vacunas. La biotecnología agraria, en el desarrollo de biopesticidas y biofertilizantes que mejoren los rendimientos de la producción y la calidad medioambiental de los suelos; así como el análisis de residuos y contaminantes en la industria agroalimentarias.

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Resonancia Magnética Nuclear

El Servicio de Resonancia Magnética Nuclear (RMN) proporciona la infraestructura y el equipamiento necesarios para la identificación, el análisis y la determinación estructural de todo tipo de moléculas. Ofrece soporte tanto a grupos de investigación del CIPF como a instituciones externas para que tengan acceso a una técnica con el potencial de resolver una gran cantidad de interrogantes de tipo químico y/o biológico.

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Equipamiento

Servicios

Espectrómetro Avance 300 MHz (7.05 Tesla) equipado con una sonda de 5 mm QNP (1H, 19F, 31P y 13C) y un robot cambiador automático B-ACS de 60 muestras.

Infraestructura y conocimiento para la identificación, el análisis y la determinación estructural de todo tipo de moléculas.

Espectrómetros Avance III 500 MHz (11.74 Tesla) equipado con una sonda de 5 mm TBI de banda ancha y una sonda g-HRMAS (1H, 15N, 13C). Además dispone de una unidad de regulación de temperatura BCU-extreme (-15 ºC hasta 100 ºC).

Determinación de la estructura, el peso molecular y la pureza de compuestos químicos orgánicos, inorgánicos y polímeros.

Espectrómetro Avance II 600 MHz (14.09 Tesla) equipado con una criosonda de 5 mm TCI (1H, 15N, 13C) y una unidad de temperatura BCU05.

Estudio estructural y determinación del estado de agregración y peso molecular de péptidos, proteínas, DNA y RNA. Estudios de interacción entre macromoléculas y compuestos químicos pequeños (ligando). Aplicación para el cribado de quimiotecas. Análisis de células, medios de cultivo y órganos, tejidos y fluidos animales. Análisis de la composición de alimentos y el perfil metabólico de plantas.

IMAGEN 1 - Estructura tridimensional de una proteína obtenida por Resonancia Magnética Nuclear. IMAGEN 2 - Experimento bidimensional NOESY adquirido con el espectrómetro de 600 MHz con criosonda. Resonancia Magnética Nuclear.

Servicios Tecnológicos

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2013

Aplicaciones Química - Caracterización de compuestos químicos orgánicos o inorgánicos puros obtenidos a partir de síntesis química, o extracción de productos naturales o cultivos celulares. Determinación estructural a nivel de diastereoisomería, rotámeros, conformaciones, etc. - Determinación de la pureza productos químicos y materias primas. Caracterización de impurezas, subproductos, aditivos, aguas residuales y disolventes. - Seguimiento de reacciones químicas mediante el análisis del crudo de reacción a diversos tiempos para determinar el rendimiento y optimizar las condiciones de reacción (disolvente, cantidad y proporción de reactivos, catalizador, etc). - Caracterización de polímeros a nivel de pureza, aditivos, grado de polimerización, estimación peso molecular y estudios de interacción. Bioquímica - Estudio estructural y caracterización de biomoléculas como pépticos, proteínas, DNA, RNA. Obtención de información sobre el estado de agregación y plegamiento, y estimaciones de peso molecular. - Estudios de interacción entre macromoléculas (proteínas, DNA, RNA, ciclodextrinas, polímeros, liposomas, pépticos) y compuesto químicos pequeños (ligando). Aplicación para el cribado de quimiotecas. Estudio de la geometría de la interacción, la estequiometría y la constante de disociación. - Análisis de células y organismos unicelulares (levaduras, bacterias) cultivados y composición del medio de cultivo. - Análisis de órganos, tejidos y fluidos animales (mamíferos, peces, invertebrados, drosófila, marisco, etc.). Alimentación - Análisis de la composición de alimentos (bebidas, leche, aceites, harinas, comida animal, aditivos, complementos dietéticos) obteniendo información muy detallada sobre metabolitos, aditivos, lípidos, proteínas, etc. Agricultura - Análisis de metabolitos primarios, secundarios y componentes de la pared celular de tallo, hoja, fruto, raíz o semilla de plantas.

Contacto Resonancia Magnética Nuclear

Martina Palomino [email protected] Tel. +34 963289681 Ext. 1104

IMAGEN 1- Espectros de hidrógeno de muestras de un extracto de células MCF7, control y tratadas con un citotóxico.

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