VIH en Africa Subsahariana. Subtipos.

Dra. Dra.África AfricaHolguín Holguín

Curso: Diagnóstico precoz de la infección por VIH . Noviembre 2010

ÍNDICE

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Características del VIH en África Subsahariana

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Variabilidad genética del VIH

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Variantes del VIH: clasificación, identificación y distribución.

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Variantes que circulan en Africa y en España

•

Repercusiones clínicas de la infección por variantes no-B del VIH-1

A. Holguín 2010

A global view of HIV infection 33 million people [30–36 million] living with HIV, 2007

22-24 millones de infectados en Africa subsahariana

A. Holguín 2010

CARACTERÍSTICAS DE LA INFECCIÓN EN AFRICA SUBSAHARIANA

22-24 millones de infectados por VIH (población A.S. de ~660 millones) A. Holguín 2010

Mayores prevalencias

Feminización de la epidemia

Primera causa de muerte (enmascarada a veces por la TB e IO)

INFECCIÓN POR VIH EN ÁFRICA SUBSAHARIANA

Con 90% niños infectados y fallecidos a nivel mundial

Menores coberturas de tratamiento antirretroviral y anti-IO

Menores tasas de monitorización

>> nº huérfanos Disminuye esperanza de vida

RETRASO DIAGNÓSTICO

Mayor en zonas urbanas vs. rurales

Mayores tasas de expansión Estigma social A. Holguín 2010

Sólo ≈10% pacientes VIH+ tienen acceso a antirretrovirales

3 millones de personas tratadas en Africa Subsahariana

7 millones de enfermos requerirían terapia ARV inmediata

ARVs in resource limited settings 2002-2008 4 million 0.25 million A Holguín 2010

Distinta cobertura de terapia antirretroviral en embarazadas VIH+

UNAIDS 2009

Cobertura ARV en embarazadas VIH+ para prevenir transmisión madre-hijo 2008… 45% 2007….35% 2004…..10%

A. Holguín 2010

Variantes del VIH: Cepas en Africa Subsahariana

A. Holguín 2010

Causas de variabilidad genética en VIH 1. Alta frecuencia de mutaciones durante la retrotranscripción. (1-10 errores por cadena y ronda replicación)

2. Elevada tasa de replicación viral (~ 1010 viriones por día)

3. Alto grado de recombinación genética

RT

RNA polimerasas

(~ 7-30 cruzamientos por genoma/ciclo)

4. Inserciones y deleciones A. Holguín 2010

Principales causas de variabilidad genética en VIH: mutaciones + recombinación

Coinfección/superinfección

COINFECCIONES Y SUPERINFECCIONES SON FUENTES DE RECOMBINANTESA. Holguín 2010

CLASIFICACIÓN DEL VIH

VIH

(por homología genética)

VIH-1

VIH-2

3 grupos

M

P

N

9 subtipos A

B

C

D

F

G

8 subtipos

O

Recombinantes H

J

K

47 CRF

Recombinantes: - Intra-subtipos - Entre-subtipos - Entre-CRFs - Entre grupos - Entre tipos

Múltiples URF

Sólo 10% infecciones A. Holguín 2010

Sangre

DETECCIÓN DE SUBTIPOS Y RECOMBINANTES DEL VIH

Plasma (RNA viral) PBMCs (DNA proviral)

Grupo O

Grupo N

SIV

PCR nested Grupo M

Secuencia genética Alineamiento de secuencias con otras de subtipo conocido

HIV-1 HIV-2

ANALISIS FILOGENÉTICO Esencial longitud >300 nts

Webs subtipaje rápido/programas recombinación

A. Holguín 2010

Mayor interés comercial

Investigación básica

Diagnóstico

Carga viral

Diseño y ensayos de fármacos

Ensayos clínicos

Subtipo B más estudiado 10% infecciones

resistencias

algoritmos de interpretación de resistencia genotípica

vacunas

prevalentes en países industrializados A. Holguín 2010

CRF02_AG CRF01_AE Distribución del VIH-2 y grupo O del VIH-1

Otros recomb

Distribución de las variantes no-B del VIH-1 más representativas

A

B

D F,G,H,K D

C A. Holguín 2010

>50% cepas en pandemia son recombinantes entre subtipos: CRFs o URFs

A. Holguín 2010

PANDEMIA EN AFRICA SUBSAHARIANA PRINCIPALMENTE GENERADA POR SUBTIPOS no-B Y RECOMBINANTES DEL VIH-1

90% de los 33 millones de infecciones a nivel mundial A. Holguín 2010

Variantes del VIH circulando en España

A. Holguín 2010

Epidemiología del VIH en España Subtipo B HIV-2

HIV-1

prevalente

>170 Group N

0

Group O

>5

subtypes

Todos

Group M recombinants Prevalencia no-B

Múltiples CRFs y URFs Recombinantes entre CRFs

aprox. 10-15% nativos VIH+ 10-20% en nuevos diagnósticos en sudamericanos VIH+ residentes

>95% sub-Saharianos VIH+ residentes

A. Holguín 2010

% variantes no-B por phy (pol)

2000

2007

TOTAL

8.9%

32.2%

NATIVOS

3.8%

10%

AFRICANOS

75%

96.3%

SUDAMERICANOS

11%

20%

Las infecciones por variantes no-B del VIH-1 están aumentando en España

Favorecido por inmigración y movimientos de población

1.430 nuevos diagnósticos (2000-2007) 8% de pacientes VIH+ en Madrid 1,8% de VIH-1+ en España A. Holguín 2010

Variantes del VIH-1 en la cohorte nacional CoRIS

(2004-2009)

A. B 88%

84% de infecciones no-B en España están causadas por recombinantes del VIH-1

Total of sequences analysed (n=670)

URF 3%

CRF 7%

G 1%

Non-B subtypes and recombinants (n=83)

CRF02_AG 37%

F2 5% F1 5% C 4%

CRF non-02 19%

A1 1%

PR

RT

PR

RT

1

9

2

10

18

3

11

19

4

12

20

5

13

21

6

14

22

7

15

23

8

0

1300 0

1300

1300

A1

C

F1

J

CRF01_AE

CRF03_AB

B

D

G

K

CRF02_AG

Unknown

Yebra.., Holguín et al. En preparación

RT

17

16

0

1 CRF01_AE 2 CRF03_AB 1 CRF06_cpx 1 CRF11_cpx 1 CRF12_BF 4 CRF14_BG 1 CRF15_01B 2 CRF19_cpx 1 CRF20_BG 1 CRF28_BF 1 CRF42_BF

URF 28%

B. PR

“Pure” non-B subtypes 2%

A. Holguín 2010

LA DISTRIBUCIÓN DE LAS VARIANTES DEL VIH-1 DE UN PAÍS/POBLACIÓN DE ESTUDIO DEPENDE DE LA TÉCNICA DE SUBTIPAJE EMPLEADA

Análisis filogenético: técnica gold standard para subtipar LA EFICACIA DE CADA TÉCNICA DE SUBTIPAJE RÁPIDO DEPENDE DE LAS VARIANTES DEL VIH-1 PREVALENTES EN LA POBLACIÓN DE ESTUDIO Yebra ..Holguín . Antiviral Research 2010

A. Holguín 2010

Potenciales implicaciones clínicas de las infecciones por variantes no-B

A. Holguín 2010

Causan 90% de infecciones mundiales

Diagnóstico genético

Caída de linfocitos T CD4+

Eficacia de vacunas

En aumento en Europa y EEUU

Generación continua de nuevos recombinantes

Implicaciones clínicas de infecciones por variantes no-B del VIH-1

Seguimiento (determinación de carga viral) Con polimorfismos naturales en posiciones de resistencia ¿Respuesta a terapia a largo plazo?

¿Virulencia?

Vías diferentes de R Progresión a SIDA

Herramientas rápidas (1. interpretación de resistencia 2. Subtipaje rápido)

A. Holguín 2010

Efecto de la variabilidad genética del VIH en el diagnóstico genético y en la cuantificación de la carga viral

A. Holguín 2010

Diagnóstico + del VIH en niños 1. DIAGNÓSTICO SEROLÓGICO-DETECCIÓN DE ANTICUERPOS: Técnicas ELISA/Western-Blot >18 meses 2. DIAGNÓSTICO GENÉTICO: AISLAMIENTO DEL VIRUS: Técnicas PCR/cultivo viral/carga viral/p24