UNIVERSIDAD PERUANA CAYETANO HEREDIA

FACULTAD DE MEDICINA ALBERTO HURTADO “DIAGNÓSTICO DE TUBERCULOSIS UROGENITAL POR PRUEBAS DE AMPLIFICACIÓN DE ÁCIDOS NUCLEICOS: UNA REVISIÓN SISTEMÁTICA”

Alumno: Altez Fernandez, Carlos Alonso

Asesor: Ugarte Gil, César

Lima-Perú 2016

DIAGNÓSTICO DE TUBERCULOSIS UROGENITAL POR PRUEBAS DE AMPLIFICACIÓN DE ÁCIDOS NUCLEICOS: UNA REVISIÓN SISTEMÁTICA PALABRAS CLAVE Genitourinary Tuberculosis, Nucleica cid amplification tests

RESUMEN Introducción: La tuberculosis urogenital es el tercer tipo más frecuente de tuberculosis extrapulmonar. La clínica de esta enfermedad es inespecífica y las pruebas que se utilizan rutinariamente tienen bajo rendimiento; el diagnóstico es entonces muy difícil. Las pruebas de amplificación de ácidos nucleicos han significado un gran avance en el diagnóstico de tuberculosis. Sin embargo, no existen revisiones sistemáticas ni metanálisis de estas en pacientes con tuberculosis urogenital. Objetivo: Evaluar el rendimiento de las pruebas de amplificación de ácidos nucleicos en el diagnóstico de tuberculosis urogenital y estudiar las causas de heterogeneidad de los estudios. Diseño de estudio: Revisión sistemática de estudios de rendimiento diagnóstico. Análisis: Se seleccionarán un primer grupo de estudios de la búsqueda leyendo los abstracts de los mismos; los seleccionados serán revisados a texto completo para determinar si cumplen o no los criterios de inclusión y exclusión. Los estudios que pasen esta segunda revisión pasarán al análisis cualitativo, se decidirá luego si es posible hacer un metanálisis si la heterogeneidad es baja.

1. INTRODUCCIÓN La tuberculosis (TB) sigue siendo un problema de salud pública a nivel mundial, y su incidencia no ha disminuido, especialmente en los países en desarrollo; la Organización Mundial de la Salud (OMS) ha reportado 9,6 millones de casos nuevos en el 2014 (1). En el Perú en el mismo año se reportaron 30 mil casos nuevos, según cifras reportadas a la OMS (1). La TB extrapulmonar representa el 10% de casos, dentro de este grupo, la forma urogenital se presenta en el 27% de pacientes, siendo la tercera forma más frecuente, después de la tuberculosis pleural y linfática (2). El curso y las características de la enfermedad dependen de los órganos afectados y de la respuesta inmune del paciente (3). El riñón es el lugar donde más frecuentemente ocurre la siembra hematógena de Mycobacterium tuberculosis, luego la enfermedad se disemina por contigüidad al resto del tracto urinario; otro lugar de siembra es el epidídimo y muy rara vez, la próstata(4). La clínica de la tuberculosis urogenital es poco específica, así como también los hallazgos radiológicos y de laboratorio. Además, el rendimiento y practicidad de las pruebas usadas rutinariamente es pobre. Así, la baciloscopia en orina tiene una sensibilidad de sólo 50% y no puede diferenciar Mycobacterias tuberculosas de atípicas; el cultivo en medio sólido, tiene una sensibilidad de 80%, y además demora de 6 a 8 semanas en crecer; finalmente, el cultivo en medio líquido es más rápido, pero no se usa rutinariamente por su alto costo(5). El advenimiento de las pruebas de amplificación de ácidos nucleicos para detectar secuencias de nuclétidos únicos en Mycobacterium tuberculosis ha significado un cambio mayor en el diagnóstico de tuberculosis, estas pruebas arrojan resultados en un tiempo más corto y tienen una sensibilidad y especificidad alta. Sin embargo, la mayor parte de la evidencia científica está centrada en la forma pulmonar(6). En la actualidad no existe ninguna revisión sistemática ni metanálisis sobre el rendimiento de estas pruebas en el diagnóstico de tuberculosis urogenital. Por lo mencionado anteriormente, la enfermedad es subdiagnosticada y el tratamiento definitivo tiende a demorar(4). Este hecho es preocupante, pues en países en desarrollo aún se reportan muchos casos de enfermedad renal terminal por tuberculosis no tratadas (2). Esta investigación es muy importante para generar evidencia del nivel más alto y motivar la toma de decisiones en salud pública.

2. OBJETIVO Objetivo general: 

Evaluar el rendimiento de las pruebas de amplificación de ácidos nucleicos en el diagnóstico de tuberculosis urogenital.

Objetivo secundario: 

Investigar la heterogeneidad de los estudios y las causas de esta.

3. MATERIAL Y MÉTODO 3.1

Diseño del estudio:

El presente estudio es una revisión sistemática de estudios de rendimiento diagnóstico. De acuerdo a la data recolectada y la heterogeneidad encontrada se decidirá hacer o no un metaanálisis. El diseño metodológico sigue los criterios recomendados por el grupo Cochrane para revisiones de este tipo (7) 3.2

Criterios de selección de estudios

3.2.1 Tipos de estudios: Se incluirán todos los estudios primarios que evalúen el rendimiento de las pruebas de amplificación de ácidos nucleicos para el diagnóstico de tuberculosis urogenital. Se incluirán estudios de tipo transversal y de cohorte observacional. Se excluirán los estudios de tipo caso-control, por el alto riesgo de sesgos de este tipo de estudio para evaluar el rendimiento de pruebas (8). Sólo se incluirán estudios en los cuales la data se pueda extraer en la forma de verdaderos positivos (VP), falsos positivos (FP), verdaderos negativos (VN) y falsos negativos (FN) basados en la referencia estándar presentada más abajo. 3.2.2

Participantes:

Se incluirán estudios en personas adultas (mayores de 18 años) de ambos sexos, en quienes hay sospecha de tuberculosis urogenital por datos clínicos, radiológicos o de laboratorio. 3.2.3

Pruebas índices: Incluiremos estudios que utilicen cualquier prueba de amplificación de ácidos nucleicos para el diagnóstico de tuberculosis en orina como en muestras histológicas. Las pruebas son: Enhanced Amplified Mycobacterium Tuberculosis Direct Test (E-MTD, Gen-Probe, San Diego, EUA); Amplicor Mycobacterium tuberculosis Test (Amplicor, Roche Diagnostics, Basel Suiza); COBAS ® TaqMan ® MTB Test (Roche Diagnostics); GenoType MTBDRplus (Hain, Lifescieces, Nehren, Alemania); y Xpert ® MTB/RIF (Cepheid, Sunnyvale, EUA)

3.2.4 Condición diana de diagnóstico: La condición diana a diagnosticar es tuberculosis urogenital activa.

3.2.5 Referencia estándar: Se requerirá que los estudios diagnostiquen tuberculosis urogenital por lo menos considerando uno de las dos referencias estándar: a) Referencia estándar microbiológica:  

Tuberculosis es definida como cultivo positivo. No tuberculosis es definida como cultivo negativo.

b) Referencia estándar amplia: Incluye al menos un cultivo o criterios clínicos donde: 



Tuberculosis es definida como cultivo positivo, o baciloscopía positiva, o decisión clínica de tratar tuberculosis; y que luego de por lo menos un mes de seguimiento haya resolución de signos y síntomas. No tuberculosis es definida como cultivo negativo, no tratamiento dado; y resolución de los signos y síntomas en el seguimiento.

3.3 Métodos de búsqueda para la identificación de estudios: Búsqueda electrónica Para identificar todos los estudios relevantes, se utilizarán las siguientes bases de datos: PubMed, Embase, Scopus , Cochrane Library, Lilacs yWorld of Science. La búsqueda se realizará desde 1995 hasta febrero 2016; no habrá restricción en cuanto al idioma y tipo de publicación. La estrategia de búsqueda será personalizada para cada base de datos. En el caso de PubMed, se usarán términos MeSH, palabras clave y textos relacionados. Para la búsqueda en Embase se usará la plataforma Ovid y se usarán “map terms”, palabras clave y estrategias de “explode/focus”. Para las demás bases de datos se utilizarán palabras clave. La estrategia completa se encuentra en el ANEXO 1.

Otras fuentes: Se buscará también estudios en los libros de resúmenes la UNION World Conference on Lung Health de los años 2014 y 2015.

3.4 Colección de data y análisis: Selección de estudios: Dos de los autores de esta revisión primero revisarán independientemente los títulos y resúmenes identificados de la búsqueda electrónica para determinar estudios potencialmente elegibles. Estos últimos serán examinados a texto completo por los mismos dos autores, de manera independiente, quienes evaluarán la inclusión de los artículos de acuerdo a los criterios de selección ya establecidos. En caso de discrepancias, se resolverán por medio de la discusión o por la participación de un tercer revisor. Extracción y manejo de datos: Dos de los autores de la revisión extraerán la data de los estudios incluidos en las siguientes características: o o o o o o o

Autor, año de publicación, diseño del estudio, país. Edad y sexo de los participantes Items para el formulario QUADAS-2 La referencia estándar Número de FP, VP, FN y VN para las pruebas índice. Variabilidad intra-letor e inter-lector (estadística kappa) Resultados faltantes o no

disponibles

Se desarrollará una plantilla en Microsoft ® Excel para recoger estos datos. Dos autores llenarán esta plantilla independientemente, Se contactará a los autores en los estudios en los que falten datos o se necesiten clarificaciones.

Evaluación de la calidad metodológica:

Se utilizará la herramienta QUADAS-2 (Quality Assessment of Diagnostic Accuracy Studies) (9) para evaluar la calidad de los estudios incluidos. QUADAS2 consiste de 4 dominios: selección de paciente, prueba índice, referencia estándar y, flujo y tiempo. Se evaluarán los 4 dominios por el potencial riesgo de sesgos y problemas en aplicabilidad. Dos autores completarán independientemente la herramienta QUADAS-2, se resolverán las discrepancias en una discusión o a través de un tercer autor. Se presentarán los resultados de la evaluación de calidad en el texto a través de gráficos y tablas.

Análisis estadístico y síntesis de datos: Se realizará el análisis descriptivo de las características de los estudios incluidos usando el Software Stata V. 13 y se presentarán las características más importantes de los estudios en las tablas correspondientes. Se usará la data reportada en las tablas de 2x2 para calcular la sensibilidad y especificidad y el intervalo de confianza al 95%. Se presentarán los resultados de los estudios individuales a través de la curva característica operativa del receptor (ROC) y el gráfico Forest Plot usando el software Review Manager del grupo Cochrane. Cuando fuera posible se realizarán metaanálisis para calcular la sensibilidad y especificidad ponderadas usando el siguiente enfoque: Primero se agruparán estudios de acuerdo al tipo de prueba de amplificación nucleica utilizada; luego se harán subgrupos de acuerdo al tipo de muestra: urinaria o histológica. Se usará una aproximación de efectos aleatorios bivariada para el metaanálisis de la sensibilidad y especificidad ponderada y para la realización de la curva ROC resumen. La aproximación bivariada permite calcular los valores ponderados manejando las posibles fuentes de variación causadas por: la imprecisión de la estimación de sensibilidad y especificidad en los estudios; y la variación y correlación de sensibilidad y especificidad entre los estudios (10).

Investigación de la heterogeneidad: Primero se investigará la heterogeneidad a través de la examinación de los gráficos de Forest Plot y la cuerva ROC. Si la data lo permite, se analizarán las fuentes de heterogeneidad como covariantes y se realizará una metaregresión Análisis de sensibilidad: Se realizará un análisis de la sensibilidad limitando la inclusión de artículos que reportaron el resultado de las pruebas índice sin considerar los resultados de la referencia estándar. Evaluación de sesgos: No se usarán métodos de evaluación de sesgos como regresiones o gráficos funel plots porque estos no han resultado útiles para estudios de rendimiento de pruebas diagnósticas (11).

3.5 Aspectos éticos El protocolo será revisado por el Comité Institucional de Ética de la Universidad Peruana Cayetano Heredia.

4. REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS 1. World Health Organization (WHO). Global Tuberculosis Report 2015. Ginebra: WHO; 2015. 2. Figueiredo AA, Lucon AM, Junior RF, Srougi M. Epidemiology of urogenital tuberculosis worldwide. Int J Urol. 1 de septiembre de 2008;15(9):827-32. 3. Bultitude MF. Campbell-Walsh Urology Tenth Edition. BJU Int. 1 de febrero de 2012;109(3):E10-E10. 4. Daher EDF, da Silva GB, Barros EJG. Renal tuberculosis in the modern era. Am J Trop Med Hyg. enero de 2013;88(1):54-64. 5. Norbis L, Alagna R, Tortoli E, Codecasa LR, Migliori GB, Cirillo DM. Challenges and perspectives in the diagnosis of extrapulmonary tuberculosis. Expert Rev Anti Infect Ther. mayo de 2014;12(5):633-47. 6. Mehta PK, Raj A, Singh N, Khuller GK. Diagnosis of extrapulmonary tuberculosis by PCR. FEMS Immunol Med Microbiol. octubre de 2012;66(1):20-36. 7. Reitsma JB, Rutjes AWS, Whiting P, Vlassov VV, Leeflang MMG, Deeks JJ. In: Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Diagnostic Test Accuracy. Deeks JJ, Bossuyt PM, Gatsonis C, editor. 2009. Chapter 9: Assessing methodological quality. The Cochrane Collaboration [ http://srdta.cochrane.org/]. 8. Rutjes AWS, Reitsma JB, Di Nisio M, Smidt N, van Rijn JC, Bossuyt PMM. Evidence of bias and variation in diagnostic accuracy studies. CMAJ Can Med Assoc J J Assoc Medicale Can. 14 de febrero de 2006;174(4):469-76. 9. Whiting PF, Rutjes AWS, Westwood ME, Mallett S, Deeks JJ, Reitsma JB, et al. QUADAS-2: a revised tool for the quality assessment of diagnostic accuracy studies. Ann Intern Med. 18 de octubre de 2011;155(8):529-36. 10. Reitsma JB, Glas AS, Rutjes AWS, Scholten RJPM, Bossuyt PM, Zwinderman AH. Bivariate analysis of sensitivity and specificity produces informative summary measures in diagnostic reviews. J Clin Epidemiol. octubre de 2005;58(10):982-90. 11. van Enst WA, Ochodo E, Scholten RJ, Hooft L, Leeflang MM. Investigation of publication bias in meta-analyses of diagnostic test accuracy: a meta-epidemiological study. BMC Med Res Methodol. 2014;14:70.

5. PRESUPUESTO Y CRONOGRAMA

5.1 PRESUPUESTO Y FINANCIAMIENTO

El estudio será autofinanciado por los investigadores

Descripción

Costo

Materiales de escritorio

Lapiceros, archivadores, etc

S/. 40

Impresiones

Ficha de datos, protocolo, trabajo final.

S/. 60

Fotocopias

Ficha de datos, protocolo, trabajo final.

S/. 40

TOTAL

S/. 140

5.2 CRONOGRAMA

Junio 2016

Búsqueda bibliográfica Elaboración del protocolo Aprobación por comité de ética y facultad Recolección de datos

x

Julio 2016

Agosto Setiemb Octubre Noviembr re 2016 e 2016 2016 2016

x x x

x x

x

x

Análisis estadístico

x

Redacción de manuscrito

x

ANEXO 1 Estrategia de búsqueda PubMed: ("Nucleic Acid Amplification Techniques"[Mesh] OR "Polymerase Chain Reaction"[Mesh] OR "Real-Time Polymerase Chain Reaction"[Mesh] OR "Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction"[Mesh] OR "Multiplex Polymerase Chain Reaction"[Mesh] OR "genexpert”[tw] OR "genotype”[tw]) AND (("Tuberculosis, Urogenital"[Mesh] OR "Tuberculosis, Renal"[Mesh]) OR ("Urogenital System"[Mesh] AND "Tuberculosis"[Mesh]) OR “Genitourinary tract tuberculosis”[tw] OR (“Extrapulmonary tuberculosis”[tw] AND “Urine”[tw])) Embase (a través de los comandos de Ovid): 1. exp *urogenital tuberculosis/ 2. polymerase chain reaction/ or exp *gene amplification/ or exp *nucleic acid analysis/ 3. exp kidney tuberculosis/ 4. Urogenital system.mp. 5. exp extrapulmonary tuberculosis/ 6. exp urine/ 7. 5 and 6 8. exp *female genital system/ 9. Genexpert.mp. 10. (MTBDR* or "Genotype MTBDR*").mp. 11. tuberculosis.mp. or Mycobacterium tuberculosis/ 12. 4 and 11 13. 8 and 11 14. 2 or 9 or 10 15. 1 or 3 or 7 or 12 or 13 16. 14 and 15

Lilacs: (tw:(tuberculosis urogenital)) OR (tw:(tuberculosis genitourinaria)) AND (tw:(pcr)) OR (tw:(pruebas amplificación nucleica)) OR (tw:(genexpert)) AND (instance:"regional") AND ( db:("LILACS"))

Scopus: TITLE-ABS-KEY (genitourinary tuberculosis ) AND TITLE-ABS-KEY ( Nucleic acid amplification test) Web of Science: Tema: (Nucleic acid amplification test) AND Tema: (Genitourinary Tuberculosis) Cochrane Library: Genitourinary Tuberculosis